高鸣。这货顿时心头大热，一晃三年不见，对这神雕当真是异常思念。正要现身相会，忽见滚滚浪潮底下窜出一道身影，破浪而出，冲天而起，在半空中一声清啸，身形转折，轻飘飘落在了沙滩上。只见此人上半身未着寸缕，右边胳膊几乎齐根而断，左手提着一柄木剑，正是杨过！
当年小宝将断臂昏迷的杨过交给神雕，便即离去。或许神雕果真寿高通灵，知其心意，先是外出捕猎奇异蛇胆为杨过固本培元，增强内力；待其伤愈之后，便将杨过引至独孤求败所立的“剑冢”，授以玄铁重剑。
杨过在那山洪瀑布之中，苦练一月有余，每日吞服蛇胆，功力大增，便携玄铁重剑重出江湖。他不想再与郭芙相见，悄然返回襄阳城，得知小龙女早在一个多月前便已不辞而别。杨过猜想小龙女多半是又去了“绝情谷”为自己索取情花的解药，决定前往探寻。
谁知半路撞上了黄蓉、郭芙和李莫愁——黄蓉自然是为寻找丢失的女儿郭襄而离开襄阳，此时正想方设法和抱着小郭襄的李莫愁套近乎。
原本杨过想要突然出手帮黄蓉夺回女儿，却从她们三人的谈话之中，猜出了小龙女当日离开襄阳的真正原因——事发缘由，皆因那武三通是个脑子不大清楚的浑人，竟会将那晚自己为了阻止武氏兄弟手足相残，故意胡编的瞎话当成了真事，遇见郭芙便冒冒失失的上前连声道贺。不料却被无意中经过的小龙女听到，致使心性极其单纯的小龙女信以为真，当即伤心欲绝，这才不告而别。
杨过聪明绝顶，心想姑姑伤心之下，第一个念头多半便是回到古墓，终老此生。那时杨过心中实在恼怒到了极点，想到自己的手臂被郭芙斩断也就罢了，如今连姑姑也误会自己移情别恋，不知伤心到了何等程度。他一气之下，狂放不羁的性子登时发作，竟然出手将尚在襁褓中的郭襄抢走，直奔终南山而去。
以杨过彼时的功力，黄蓉和李莫愁如何能挡得住他？他没当场一剑劈死郭芙报仇，大半出于对郭靖的钦佩敬仰，已经算是顾全大局，极能忍耐了。
再说小龙女离开襄阳之后，当真是心伤若死，浑浑噩噩在江湖上游荡了几日，这才稍微清醒了一些，心中的第一个念头果然便是即刻回返古墓。不想途中巧遇中了金轮法王诡计的老顽童周伯通，也因此得知赵致敬暗地里早就投靠了蒙古人，不但帮着金轮法王暗算了师叔祖周伯通，还要返回重阳宫，下毒害死全真五子，在金轮法王等蒙古高手的帮助下夺取全真教主之位。
周伯通身中剧毒，小龙女一人又敌不过金轮法王，一老一少只得且战且走，在一座山洞里暂且躲避。那山洞狭窄弯曲，金轮法王等人攻不进来，便以“七彩雪蛛”封住洞口，小龙女和周伯通便也逃不出去。双方僵持不下，一连数日，小龙女却在洞中学会了当世独一无二的“双手互搏之术”，可左右手分使“玉女素心剑法”，武功陡增十倍。
其后小龙女引来山里的大群蜜蜂，冲破了雪蛛丝网，而周伯通也在无意中被蜜蜂蛰过之后，竟发现体内所中之毒渐渐化解，当真是吉人自有天相。此后二人杀出重围，一路追至终南山。
老顽童行事如何颠三倒四的不靠谱，赵志敬如何利用尹志平暗恋小龙女之事加以胁迫，其间过程，无需赘言。总之在重阳宫中，小龙女一人双剑，先是大战金轮法王，跟着又以一敌五，力败全真五子，最终只因一回眸间看到了藏身花海的杨过，心神俱荡之下，竟给金轮法王和全真五子前后夹击，身负重伤。
随即杨过现身，以一柄玄铁重剑连败数大高手，重创金轮法王，威镇重阳宫！
达尔巴和霍都王子几乎被杨过的重剑生生压死，危急时刻，霍都王子抛弃师父和师兄不顾，逃之夭夭。杨过有感于达尔巴对师门的忠义，因此饶过了金轮法王一命。当其时小龙女重伤垂死，杨过狂性大发，挟持“清静散人”孙不二，竟与小龙女在王重阳的遗像之前，大殿之内，拜堂成亲，结为夫妇。
夫妻俩回到古墓，借助“寒玉床”疗伤……李莫愁闯进古墓，以“五毒神掌”痛下杀手。杨过灵光闪现，运使欧阳锋的独门奇功，逆转经脉，借助李莫愁的掌力，一举冲关成功，治好了小龙女所受的内伤，却也令小龙女身中剧毒……此后杨过用计困住了李莫愁，便和小龙女躲进石棺之内，以“玉女素心经”的内功心法为爱妻驱毒……正当紧要关头，郭芙误以为是李莫愁躲在棺内，，问也不问一句，掀开石棺的盖子，扬手便是几枚“冰魄神针”，打在了二人身上，致使“五毒神掌”的毒质尽数倒流，剧毒深入小龙女的脏腑经脉，侵入周身诸穴，再也无力回天。
杨过狂怒之下，险些大开杀戒，幸得小龙女在旁劝解。这之后，夫妻二人巧遇一灯大师，在南帝的指点下，共赴“绝情谷”寻找一灯大师的师弟天竺神僧，请其化解小龙女体内的剧毒。
“绝情谷”风波再起，杨过为救程英和陆无双，再中情花之毒……裘千尺以“绝情丹”相胁，逼迫杨过娶自己的女儿，杨过宁死不从……公孙绿萼暗中指点杨过和小龙女救出了被困的天竺神僧，又为杨过盗取了“绝情丹”