一九四二年虚云老和尚他应当时执政党国府主席林子超的邀请，到当时为了躲避倭寇入侵，而转移道川中的陪都巴渝启建了一场息灾法会。一九四四年南华重建告一段落，他又担起了中兴云门的重任，不过也正是因为这中兴云门之事，让这老和尚在一百余岁高龄之时还遭受了一场劫难。
云门寺是云门宗始创者文偃禅师的道场。数年前老和尚途经该地，见荆棘丛中残存破寺及祖师肉身一尊，当时这寺庙殿宇已然成为危房，若不是依靠文偃禅师真身法体上残留法力维持，恐怕早就坍塌了，老和尚见祖庭沦落至此，凄然泪下。便中言之于粤省绥靖主任李济深、省主席李汉魂。到南华工程结束，二李又请老和尚重兴祖庭，并亲送老和尚至云门驻锡，老和尚又开始了筚路蓝褛、重建云门的生涯，而是年他已高龄一百零五岁。
由一九四四年年到一九四九年，云门的殿宇堂寮完成了十之八九，殿中圣像八十余尊，也铺金设座告竣。在此期间，这华夏抗击倭寇取得胜利，但内战接至，历经三年，这败者败退夷州地外夷之力隔海相抗，而大陆这边国朝新立，建制称国，那虚云老和尚拒绝弟子延请同赴夷州，反而从香江返回内陆，在云门传法。
一九五一年春，当地县公安局派遣百余人包围粤省云门大觉寺。以该寺隐匿反革命分子、窝藏军械及金银为由，拘禁僧人，大搜寺内，毁坏大殿屋瓦及佛祖金像、法器，并将监院明空及职事僧惟心、悟慧、真空、惟章等二十六名僧人掳去，酷刑逼供，有被打致死与折断手臂者。又囚禁虚云老和尚，并搜去其毕生著述。当时云老年已一百一十二岁，然仍遭受毒打，并断绝饮食。事变起于农历二月二十四日，至五月二十三日始告平息。
当时虚云老和尚拟在云门山大觉寺开坛传戒，适值全国展开“镇反”运动。全寺僧人一百二十余人，于四月八日被当地县军警包围，将虚云和尚拘禁于方丈室内，门封窗闭，绝其饮食，大小便均不许外出，迫令交出黄金、白银、枪械。虚云答以“无有”，竟遭毒打，打得头面流血，肋骨折断，老和尚阖目不视，闭口不语，作跏趺坐入定状，连续四次遭毒打，军警将他从榻上推倒在地，以为已死，乃呼啸而去。入夜后，侍者入室探视，见老人倒于血泊中，乃扶其坐于榻上，并侍候汤药。
次日，那伙人见其未死，又予毒打，至四月十五日，老人渐渐倒下，作吉祥卧（如佛涅盘像），经一昼夜，全无静动。侍者以手试其鼻孔，气息全无，手脉亦停，以为老人已死，唯体温尚正常，面色亦平静。次日早晨，忽听老和尚微微呻吟，并睁开眼睛。侍者见师还活着，十分惊喜，立即扶师起坐，并告以入定已八日整。老和尚答道：“我觉才数分钟而已。”令侍者法云“速执笔为我记录”，乃从容叙说神游兜率天事。老和尚道：“今，云门之劫数，实云龙土龙之因也。天存二日，云当受天劫。”
当年二月十九日，虚云老和尚的弟子佛源和尚在佛前燃指供佛，得那文偃禅师真身法体上法力加持，在禀明虚云老和尚之后，躲避这在周围看守的军警，逃入山中，多亏了那文偃禅师真身法体法力加持的缘故，这佛源和尚虽一路上饱经劫难，却安然无恙，最终逃到江城，后辗转北上京城，最后得见这虚云老和尚的弟子李济深。
虽说这佛源法师得这文偃禅师真身法体法力加持得以顺利将云门事变之事揭露出来，为日后解决这云门事变立了莫大的功劳，而佛源法师也因此在日后，虚云老和尚启坛传戒之事，任引礼并增受戒品。赐师号佛源。旋与朗耀、法云同受云门宗法，但代价也是巨大，那偃禅师真身法体也因此法力耗尽，无法自保最后毁于日后那一场连绵十年的浩劫当中。
而当时继承虚云老和尚衣钵，已成为云门大觉寺主持的佛源法师正是那佛门惨事的见证者，在吸取教训之后，那佛源法师冒着生命危险，在浩劫动乱之中将那禅宗六祖惠能、憨山大师、丹田禅师的真身法体保护了下来，幸免于那一场浩劫当中，真可谓是功德无量了。
当时李济深乃民革主席，与宋庆龄、张澜同为建国时中央政府副主席，那佛源法师到首都后，火速将云门和老和尚的事一一向他汇报，李济深听后立即去周总理。总理得知情况后，也立即与身在粤省任上为粤省省长的叶帅通了电话，要叶帅立即采取行动保护老和尚的安危，并派人护送到北京。
而当时身为粤省省长的叶帅也不知出于什么原因，并没有理会，片面的听信云门当地政府的报告，不亲自了解，就向总理报告，说破坏寺庙，佛像，殴打囚禁僧人是没有的事情，反倒认定云门确实窝藏特务间谍，有点先入为主地拟将虚云和尚定为恶霸、特务进行清算镇压。
李济深、陈铭枢、叶恭绰最初联名致电叶帅，似乎未收到理想效果，遂报江城邓子恢和首都的总理、利瓦伊汉，强调虚云和尚在佛教界的声望和地位，须考虑国内外影响而加以慎重对待，请中央分别指示调查处理。陈铭枢又派佛教界人士吕九成参与调查，以求公正。最终在总理等人的压力之下，这云门事变才告结束。
就在云门事件初步平息的