嬴政以霹雳手段化解了叛乱危机，心情却一点也不轻松。对嫪毐及其党羽的审讯持续了几个月，一切内幕都摸清楚了，嫪毐与母后关系的重重帷幕被掀开，真相使嬴政恨得咬牙切齿。亲政以前嬴政这个名义上的秦王伫立在母后的阴影下，在嬴政看来，母后所作出的决定必然有其充分的理由，嬴政没想到母后许多事瞒着他甚至欺骗他，那些说给他听的堂皇理由都是借口，一切都是为了讨好那个可恶的男人。母后为了这个男人，远远地躲开儿子拒不见面，与私生子相处的时间比与王子相处的时间还多得多，母子之间，嬴政觉得自己得到的关爱还不如那些“野种”！
嬴政即位后长达9年不能亲政，按理说在他18岁大婚那年，或者在秦国普通男子通常行冠礼的20岁那年，本来就可以亲政，但是赵姬硬是说儿子尚未成年，还以秦昭襄王19岁即位22岁才亲政为由，极力推迟嬴政的亲政时间，抓住权力不放，这使对朝政早有自己想法的嬴政不能早日施展抱负，心里十分郁闷。更让嬴政窝火的是，赵姬正是利用推迟儿子亲政的这段时间，将给嫪毐的好处抬高到无以复加的程度，这反而膨胀了嫪毐的欲望，刺激了他的野心，最终引发叛乱。
嬴政无法忍受，他有睚眦必报的性格，记忆力很好，同时很记仇。他童年时期在邯郸受过的委屈他记得一清二楚，许多年后秦军攻灭赵国，嬴政亲自赶到邯郸，将当年欺负他们母子的那些人一个个抓起来全部活埋，狠狠地出了口恶气。这次嫪毐事件对嬴政的伤害使他无法原谅自己的母亲，他作出个惊人决定，把母亲赶到雍城软禁起来！嬴政心想，母亲既然长期背着他在雍城做那些见不得人的事，那干脆一辈子在雍城闭门悔过，再也别回京城咸阳了。
除了这项惊人之举，嬴政还下令将嫪毐的两个私生子装到麻袋里，用石块压死，这叫做“囊扑”，不出血留全尸，算是比较文明的一种死法。嬴政同时大范围惩治与嫪毐相关的所有人员：对直接参与谋乱的全部斩首，罪轻的也要服劳役三年，并将嫪毐门下的宾客、家僮共4000多户人家，剥夺爵位全部流放到边远的蜀地，统一安置在房陵县进行集中管治。嬴政不认为自己的镇压手段是打击面过宽，秦国制度的最大特点是赏罚分明，对奋勇平叛的要重赏，对追随作乱的自然要严惩。有功者要升爵，做坏事的要降爵甚至剥夺爵位，否则哪有那么多爵位可以封赏？即使封了，也没有那么多资源给封爵之人享用。
秦国的爵位不仅限于官员，平民百姓也有爵位，总共20级的爵位中，最低4级是民爵，其他16级是官爵。这是当年商鞅变法定下的制度，他在变法的第二年任左庶长，在爵位中排行第12级，后来率军攻打魏国时，已升至大良造，属第16级爵位，再后来被封为商君，这就与最高等级的第20级列侯类同了。封君与封侯的差别通常在于封侯有领地，封君则有待遇但不一定有领地。商鞅因为功劳大，他是有封地的。秦国史上最著名的将军白起，也是通过几十年攻城掠地的铁血生涯，历经左庶长、左更、大良造等爵位等级，最后得到武安君称号，成为列侯的。这种制度使普通百姓可以通过上阵杀敌和其他方式立功受爵，改变自己的地位甚至命运。吕不韦执政时曾出台一项政策：“纳粟千石，拜爵一级”，就是捐献一千石大米，可以提升爵位一级，开创了富人可以通过大量捐献财物而得到官爵的先河。
在秦国，地主和商人即使再有钱，社会地位也是不高的，一个穷人如果立有军功得到爵位，他在这些富人面前腰杆就挺得起来，富人们对此还不敢抱怨，因为即使天生的贵族子弟，没有军功也得不到爵位，这是商鞅时代定下来的规矩，尽管商鞅本人为此得罪王亲贵戚而付出了血的代价，但制度却保留下来，而且罕见地沿用了100多年历经六代君主而没有被那些爱折腾的人改变，堪称奇迹！这套制度使秦国一代比一代富强，而且养成了全民尚武、热衷建功立业的风气，把一个国家打造成有无穷能量的巨大战车。吕不韦为这套经典制度开了个小口子，当时是为了应付秦国多年罕遇的******，他可没想到这种做法对后世吏治腐败的影响。吕不韦是大商人出身，他对商人的看法与商鞅不同。商鞅认为商人不劳而获，对国家没有用处，他的这种看法两千多年来从不缺乏认同者。中国主流文化很少经济学成分，人们不认为将产品从一个地方运到另一个地方对经济有什么帮助。而吕不韦则觉得商人经营是要冒风险的，他们千里贩运货物也是辛勤劳作，商人能赚钱证明他们有本事，赚了钱捐出来报效国家就是有功劳。吕不韦不可能具备现代市场经济观念，认识到货畅其流可以拉动生产促进消费，他只是坚持自己的商人立场。
曾经在秦国政坛上呼风唤雨的吕不韦大概没有想到，他那巨大的权力没有因嫪毐的倒台而得以巩固，反而日益受到嬴政侧目。嬴政已经通过嫪毐的供词知道了吕不韦在嫪毐与母后关系中所扮演的角色，他很不喜欢吕不韦这种行径，但克制住了自己，没有发作，依然尊吕不韦为仲父，让他继续做相国。嬴政是天生的政治家，他用人取舍不会仅是看这个人有没有缺点或过失