前几年他的母亲老是抱怨身体不舒服，而且郑重其事进行占卜，得到的结论是现在的居所不利于身体健康，因此从咸阳迁居雍城，原来这一切都是为了避人耳目，方便与嫪毐过快活两人世界。几年下来两人不但生下两个儿子，尤其使人无法接受的是嫪毐竟然企图为私生子争取名分，要求太后设法使孩子能继承王位。这件事本来只是伦理丑闻，现在成为篡位阴谋，性质变了，嬴政无论如何必须应对。
但嬴政没有马上出手，他很快就要亲政了，这件事留待亲政后处理更合适，有母后在，嬴政始终有点投鼠忌器。就在这欲擒故纵之间，嫪毐自己沉不住气，准备铤而走险。他现在是秦国的大红人，有大批追随者，耳目众多，嬴政对他的调查被他觉察了，这使他一下子陷入恐怖之中，感到即将大祸临头。嬴政和文武百官来到雍城，咸阳处于权力真空状态，嫪毐决定在咸阳纠集人马，直扑雍城蕲年宫，给嬴政致命一击。嫪毐没有料到的是，他既然给嬴政盯上了，他的一举一动自然难逃嬴政的监控，尤其是叛乱需要组织队伍，这么兴师动众的事瞒不过嬴政。
嬴政知道嫪毐要叛乱，反而暗自松了一口气，这使他处置嫪毐有了更名正言顺的理由。不管怎么说，以私通当朝太后为名处置嫪毐有损王室光彩，而对叛乱，人人得而诛之，这是不会有非议的。帝王所作所为关乎国家形象，必须要有章法，嬴政对此有本能的意识。
嬴政的几个主要大臣都赞同对叛乱采取果断措施。吕不韦高居相国之位12年，是国家的主要决策者，国家法治极严，一向对叛乱零容忍，这点不成问题，但是吕不韦对这一事件内心颇为纠结，他的复杂想法无法向嬴政坦白。嫪毐目前是他的最大政敌，他与嫪毐的竞争不但在秦国政坛人人皆知，而且传到了东方六国。按照魏国人的夸张说法，秦国四境之内，从执法官员到大街上拉车的，都在议论一个问题，那就是应该站在嫪毐一边，还是站在吕不韦一边。对吕不韦来说，这样的劲敌当然是除之而后快，但偏偏嫪毐原来是吕不韦的门客，是吕不韦推荐给太后的，这里面牵扯的惊人秘密，吕不韦是绝对说不出口的。但吕不韦不是优柔寡断的人，嫪毐得宠于太后就忘掉了旧日主子，把吕不韦这个相国晾到一边，对朝廷事务无论大小自把自为，吕不韦早就想收拾他，只不过碍于太后的关系无法下手。现在嫪毐叛乱对吕不韦是天赐良机，他强烈赞成对嫪毐雷霆一击，假如能从肉体上消灭嫪毐，所有秘密将伴随嫪毐埋藏地底，这样的结果对吕不韦来说最好不过。
昌平君、昌文君都赞同嬴政的决定，他们与吕不韦一样都是政坛老手，知道平叛不是问题，问题关键在嫪毐是太后的红人，他们不敢得罪太后，必须先看嬴政的态度，既然嬴政下了决心，吕不韦也支持，他们当然不会反对。
嬴政早已胸有成竹，决定由吕不韦与昌平君、昌文君统率部队平叛。派出三个主要文臣，嬴政有自己的考虑。吕不韦是相国，总揽国家军政事务，按秦国制度，丞相不是纯粹文官，平时治民，战时统军，历代丞相皆如此，名相樗里子、甘茂、张仪、魏冉、范雎都有统军破敌经历。在秦武王设立丞相官职之前，商鞅作为秦国制度改革的总设计师，总揽国家事务，仍然要亲自统军攻打魏国，秦国大臣文武一体，由来已久。吕不韦本人也曾率军灭掉东周，这次让他统军平叛完全符合其相国职责。这次叛乱是嬴政登基以来所遇到的最大危机，由相国统军因其地位崇高可以号令天下，除了秦王，谁都要听从指挥。同时，嬴政对国内政治势力格局了如指掌，他当然知道吕不韦与嫪毐的竞争关系。嬴政相信，对反击嫪毐，吕不韦一定会不遗余力。
安排昌平君、昌文君参与平叛，嬴政则是有深层考虑。嬴政登基继承王位以来，母亲赵姬成为太后，嬴政的祖母华阳太后成为太王太后，隔了一代，风头为赵太后盖过，权力大不如前，以华阳太后为首的楚系外戚势力受到抑制。昌平君、昌文君原是楚国公子，与同是祖籍楚国的华阳太后关系密切。昌平君的背景更是大有来头，他是楚考烈王熊元登基前以太子身份在秦国做人质时生下的儿子熊启。熊元在秦国呆了10年，在父亲楚顷襄王病重时仍然得不到秦昭襄王允许回国继承王位，只好丢下妻儿偷偷逃回楚国，熊启就与母亲一道留在了秦国。因为母亲是秦昭襄王的女儿，熊元在秦国并没有身在异乡的感觉，尤其是昭襄王的母亲宣太后是楚国人，宣太后的弟弟魏冉又多次封相长期把持秦国朝政，所以楚系势力在秦国根深叶茂，熊元作为楚考烈王儿子的特殊身份使他很受重视，成为秦楚邦交的筹码，在秦国政坛如鱼得水，最终身居高位，受封昌平君，进入列侯行列。嬴政与昌平君是表亲，利用王族中楚系这股力量，对付嫪毐所代表的赵系势力，显示嬴政打击政敌、平衡政治生态之精明。
嬴政在雍城精心布置平叛，嫪毐在咸阳则准备孤注一掷。他势力很大，有一批死党，包括咸阳城最高军政长官——内史，相当于今天首都北京的市长兼卫戍司令，以及负责宫廷警卫的卫尉，类似于今天的中央警卫部队司令，这些都是要害角色。还有负责君主射猎弓箭队伍的