而且这里需要提一下的是，在大久保忠俊这个倒霉蛋死掉之后，三河国的名门、松平家的谱代重臣大久保一族，至此灭族而且家名决断了，从大久保忠世，上和田城，再到大久保忠俊，大久保家用自己全部的族人，完成了自己松平家重臣的义务。
本来黑田家同心众在看到本多忠胜的表现之后，还想用铁炮弄死本多忠胜的。但是非常可惜的是，像本多忠胜这种已经练武到了一定的境界的武人，对于各种声响非常的警觉，在对着他的铁炮刚刚要响起的时候，他就已经预知了自己身前的危险，所以马上低身打了个滚，虽然最后左手还是受了伤，但只是一点点擦伤，对整个人没有任何的影响。
到了最后虽然经过松平元康的劝阻，本多忠胜压下自己心里对于石川数正等人的恨意（他一点也不愧就是自己先开始杀别家的武士的），不再去杀本家的武士，而是他的愤怒还是需要排泄，于是他开始专门屠杀对面的一向宗信徒，尤其是脑袋上没有毛的和尚，不管是真和尚，还是假和尚，反正刚刚死了不少亲族，而且还被主公严厉的教育了一顿的本多忠胜，现在自非常的不开心。
而对于他来说对好的排解方法就是杀人，不停的杀人，杀着这些让自己失去亲人的秃驴，杀这些让自己被主公责骂的坏人，杀这些搅乱三河国大好形势的敌人。只要杀到满脸是血，杀到别人恐惧，自己才能开心起来。
而这些一向宗的信徒，许多都只是之前地里的农民，几时见过如本多忠胜这般剽悍的武士？加上确实这个时候，本多忠胜已经杀了许多人，一身的血，任谁看了都会觉得害怕吧！
于是在本多忠胜的神威之下，一向宗大军终于溃退了，整个战斗虽说看起来血腥，但是只持续了半个时辰不到的时间。但是对于松平家来说，虽然赢得了最后的胜利，但是确实一场灾难，众多的优秀家臣死在了自己人的手里，实在是松平元康没有想到的。
松平元康根本就不知道为什么自己的手下会自己打起来，而且自己安排进入一向宗的家臣也基本上全部殒命，要早知道会有这样的结果，他一定会告诉手下，哪些是自己安排过去的卧底，哪些是可以杀掉得罪人。但是现在再想这些，已经死完了，只能接受现在的结果。
最后松平元康身边活下来的武士就剩下了石川数正、酒井忠次、内藤正成、植村家存、松平清宗、松平近正、奥平定能、米津常春、本多忠胜、神原康政这寥寥十几人，以及两千多人的以农兵为主的队伍。
值得一提的是，历史上松平家的重臣，此时同样混在一向宗队伍里面的板仓胜重以及他的父亲，在大军四散的时候，被同心众在了乱军溃退之中直接掳走，这种时候众人都是各自逃命，谁还管得了一对父子是死是活的呀！
而参加了一向一揆的牛久保众家主牧野成定的手下大林贞次（德川十六将之一）也死在了两军对垒之时，至于死在了谁的手上就不知道了。
而指点参加了叛乱的樱井松平家和大草松平家，也在战斗中失去了所有的核心族人，算是家名决断了。另外还有深沟松平家在叛乱中，被攻破了城池，满门灭族。
永禄7年闰12月2日（1564年1月15日），原来历史上的马头原合战还是发生了，而且和历史上一样的是，最后胜利的一方还是松平元康。
松平元康通过这一场合战，算是彻底的击溃了三河国的一向宗大军，原本人数众多的一向宗大军分崩离析，石山本愿寺的三个坊官狼狈的带着两百多人逃往石山御坊。而松平元康终于第一次，也是最终变成了整个战役中优势的一方，也是笑到了最后的一方。
但是松平元康鉴于，最后自己还是要依靠这些人来统治三河国，不可能将这上万参与了一向一揆的人全部都杀光。毕竟三河国人口就那么多，把他们杀光那自己倒是过瘾了，三河国确实尸横片野，自己可就无人可用了。
于是为了自己以后的土地有人耕种，有人可以被征召为自己打仗，在路上拦住人问人借老婆用的时候，有人可以主动的送上老婆给自己，松平元康最后被迫最为胜利的一方，向一向宗势力提出和议。而一向宗见到大势已去，只能同意双方进行和议。
只是松平元康开出的条件实在是不怎么好，他要求所有参加了一向宗这次暴动的寺庙必须改宗，这一下子让一向宗寺庙又不能接受了，自己本来及时一向宗的和尚，怎么能背叛自己的信仰，加入别的宗派呢？当然了去别的宗派，自己除了阿弥陀佛，也不会念那些经文呀！
于是一向宗向松平元康交涉，同意以后不再叛乱，同意废除守护使不如，同意帮助松平家，让信徒为松平家出力，但是坚决反对该宗这一条。
什么，你们还敢反对？这一下松平元康彻底的怒了，自己在这一次叛乱之中，失去了数十位优秀的家臣，还不是因为你们这些秃驴，现在已经给你们机会了，你们还是不知道悔改，这简直是不可原谅的。
于是以领导叛乱的一向宗四座寺庙为首的，一向宗的所有大小庙宇，在松平元康的命令下被全部烧毁，胆敢反抗