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就如同后世苏联解体之与中国改革开放的大发展一样。
朱慈烺明白，眼前依靠着重组三个军团与一个独立师一个近卫军可以说暂时减轻了国防压力。但若是不解决北疆的边患，帝国就很难说可以维持长治久安，更别说朝着海外开发。
当然，嘉靖年间那是老黄历了。当今蒙古人对大明的影响，便主要在于蒙古人而今是跟着女真人干的，也就是被建奴统治了。
首先是漠南蒙古。
万历四十四年，也就是公元1616年的时候，努尔哈赤建立后金。这时候的努尔哈赤已经控制了女真各部，朝着明国扩张以后的努尔哈赤没有停止住自己征服的脚步，开始朝着蒙古草原进发。
那时候，蒙古察哈尔林丹汗（虎敦兔汗）雄踞一方，也有重新统一蒙古的雄心。位于后金和察哈尔部之间的科尔沁六部和喀尔喀五部，成为双方争夺的重要对象。
科尔沁部s首领明安和喀尔喀部的锡伯、卦勒察两部曾参加反建州的九部联军，失败后科尔沁部嗣首领奥巴首先服于后金。林丹汗率部逾兴安岭攻奥巴，被后金军败于赵城。喀尔喀五部中的锡伯、卦勒察两部也先后为后金和林丹汗攻灭，其余巴林、翁牛特、扎鲁特三部亦相继臣服于后金。后金还诱使作为察哈尔东部前锋的土默特、敖汉、奈曼、喀喇沁四部离林丹汗而附已，林丹汗势力日削。
1628年，后金兵大破林丹汗于锡尔哈、锡伯图、英汤图一带，也就是后世内蒙古林西至克什克腾旗一线，由此，林丹汗势力被逐出西辽河流域。
到了1632年，也就是崇祯五年的时候，后金主皇太极会同归附的蒙古各部大举进攻林丹汗。后金军冒雨西进，越兴安岭至达勒鄂漠。林丹汗不意敌军突至，渡上都河西奔，部众沿途散走十之七八。随后，林丹汗一路逃至喀喇莽乃，闻追军将至，仓猝走归化城，又西渡黄河而南。后金军在追击中飞骑散发布告，瓦解察哈尔部众。皇太极进归化城后，兵骑四出，俘获甚众，土默特余部亦降于后金。
两年后，林丹汗死于青海。
再过一年，后金军继续进攻察哈尔余部，林丹汗之子额哲归降皇太极，并献上据说是当年元顺帝离开中原时带走的传国玉玺，鄂尔多斯部也为后金所并。至此，漠南蒙古遂被并入后金版图。
失去了蒙古人这个已经与大明议和，双边关系恢复正常的屏障，大明便直面建奴全部的压力。
以至于世人说：“明未亡，而插先毙，诸部皆折入建州；国计愈困，边事愈棘，朝议愈纷，明亦遂不可为矣。”
漠南蒙古降顺后，向建州进九白之贡（白马八匹、白骆驼一头）表示臣服。
这意味着磨难蒙古成了建奴手中可以使用的力量，让他不再担心会被蒙古人从后方横插一刀。为此，不仅让建奴可以通过蒙古人从正北方进入满场的长城防线，更拥有了海量的兵源，在整个战略势态上反而包围了大明帝国的京师北面。
故而，倪元璐这才会要求首先解决蒙古的问题。
当然，蒙古问题也不止于此。除了漠南蒙古以外还有漠西蒙古以及漠北蒙古。
漠北蒙古就是喀尔喀蒙古，这历史就很远了，可以追溯到15世纪末。当时木真十五世孙巴图孟克，也就是达延汗统一东部蒙古后，将漠南、漠北原来各不相属的大小领地合并为6个万户，分为左右两翼。
喀尔喀万户属左翼，共十二部。内五部居喀尔喀河以东，巴图孟克封授第五子阿尔楚博罗特；外七部居河西，封授幼子格埒森扎·札赉尔珲。巴图孟克死后，内五部逐渐南徙，在后世清初编旗，属内札萨克旗即内蒙古；格埒森扎留居故地，仍号所部为喀尔喀，辖地逐渐扩大，据有漠北地区即外蒙古。
当然，眼下这些事情也还没发生。只不过土谢图汗、札萨克图汗、车臣汗都与建奴有了联系。
再其后就是漠西蒙古，也就是莪鲁特蒙古或者说卫拉特蒙古。现在这年头称呼他们为瓦剌。
历史上蒙古民族是由两个基本部分组成的。古代两分为“草原百姓”和“林中百姓”（斡亦剌惕、不里牙惕）。到后来为东部蒙古（中央蒙古）和西部蒙古（以卫拉特为主）。
瓦剌先世为斡亦剌惕。原居住于叶尼塞河上游八河地区，人数众多，有若干分支，各有自己的名称。成吉思汗立国时，忽都合别乞领有四千户。与成吉思汗黄金家族有世婚关系，在蒙古国中一直享有“亲视诸王”的特殊地位。
总的来说，瓦剌分为四大部：绰罗斯或者说准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特。另有辉特等小部。
元朝皇室衰微时，瓦剌遂乘机扩大实力，积极参予各派系纷争。在马哈木、太平、把秃孛罗分领瓦剌时，瓦剌实力强大，被称呼为四万卫拉特，示意自己人丁繁茂，实力强大，拳头大。这点人口对于汉人而言不多，但对于蒙古人而言，这些就都是可以作战的力量。
那时的瓦剌辖境除叶尼塞河上游外，还包括额尔齐斯河上游、科布多东南札布罕河流域等地