对于郑芝龙，张由松极度厌恶，这家伙在历史上，绝对不是一个好人，人品差得很，比三姓家奴吕布还要差得多了，人家毕竟是马上搏战的英雄帅哥，一人独战三英的，郑芝龙呢？先为海匪，再为明官，再为清官，最后，窝囊地被自己的儿子连累，让满清朝廷摘了脖子上的吃饭家伙，丢人现眼。
所以，张由松决定扫清郑芝龙的势力，不给他一点儿面子，要让这个大汉奸在历史上没有意义出头露面的机会！
在福州，张由松正式宣布，废黜郑芝龙的南安公的称号，贬为平民，并且宣布其为叛国者，任何人都有逮捕其归案的义务，“倘若不予逮问，视若同罪，倘若逮治，功在国家，必得重赏。”
虽然两胜敌人，张由松还是觉得，自己的兵力太少，郑芝龙的匪军太多，敌人至少还有十万，如此`多的兵力，想要消灭，不是一时半会儿的。
“皇上，郑芝龙本就是海匪，生性强悍凶残，如果我军强攻，则会使他顽抗到底，如果我军诱导以利，则可以坐收成果，轻重缓急，请皇上定夺。”黄宗羲建议道。
他的意思是，要赦免郑芝龙的罪行，保存其势力，同时，要他投降，搜索唐王，逮捕治罪，这样，官军可以不战而胜。
“皇上，黄大人所言，颇有道理。”顾炎武也赞成老黄的。
现在，张由松的身边，人才增加了不少，还有陈子龙，张煌言，对，张煌言深得皇帝的赞赏。他们也都向皇帝进言，希望采取怀柔的手段，促使郑芝龙投降。
张由松请大家将利弊都讲出来，然后决策。最终，他独裁方案，执行了强硬进攻的方案：“你们只知道其一，不知道其二，我朝招安郑芝龙，本就是一个错误，是没有办法的办法，所谓私人武装强横，国家公器自然衰败，罪犯成官员，则置我大明的国家法典于何在？可是，也不能就说当时招安郑贼是完全错误，那只是权宜之计。我朝北面受制于靼子，中原被侵伐于李闯张献，没有办法啊，现在，我朝必须严惩郑贼！”
张由松讲述了严惩的原因，一，要维护国际法典的严肃性，因为，国典不尊，国家的整个制度都将成为儿戏了，是罪罚是功赏，必须明确。二，郑芝龙首鼠两端，又拥有庞大的武装，迟早都是国家的祸害，能够尽早拔掉就拔掉，否则，必然引起割据等尾大不掉故事，三，郑芝龙残余叛乱，是唐王集团的核心罪犯之一，如果他都可以赦免，则一切人都可以赦免了，四，如果铲除了郑芝龙，可以由国家控制东南海疆，负责对外贸易。实现税收方面的重大突破，可以富国强兵。
在讲述了这一切的问题以后，张由松表示，郑芝龙的问题，最主要的是性质，一，黑道社会，二，颠覆现有政权。当然是大逆不道。“必须予以严惩，绝对不能含糊。”
“可是，皇上，您素有仁君之名，百姓官员都对进寄予厚望，希望能够迅速平定福建，若是严惩，必将使战斗长期下去，闽浙广海疆万里，郑芝龙若不胜，可以远走海外，又有在东南一带为祸害，骚扰我大明，使东南永难安定！”这是张煌言担忧的。
“朕自然知道，然后，国家要强大，必须有强权！连内贼都不能除者，何奢言恢复山河？”张由松恼火了。
说白了，也不是张由松多有原则，而是他对郑芝龙这个祸害不对眼儿，天生反感。
“皇上，只有尽快结束南方战乱，才有实力北顾中原啊。”黄宗炎提醒道：“南方三王之乱，都是枝节，只有中原争夺，才是天下逐鹿，兴亡关键。”
“不错，可是，树欲静而分不止，此间恶贼，迟早灭之，今日早灭一日，则百姓早得一日福气，朕何不为民请命，剪除此贼？”张由松道：“后患不除，必为所伤，郑芝龙狼子野心，非人臣之数，朕早就看了出来，”
“皇上，那，郑成功为您的义子，素来小心谨慎，循规蹈矩的，又在北方抗击靼子有功，现在被郑芝龙赚回安平，该如何处置？”陈子龙提出了这个问题，他希望利用郑成功的关系，提醒皇帝改变政策。
这是一场政治大辩论，张由松也谈不上过高明，但是，对于原则问题坚决不松口：“好，说得好，郑芝龙的儿子郑成功者，亦为朱成功，为朕的养子，朕很喜欢他，他从小就学习儒家经典，性情淳朴，对朕忠心耿耿，可是，朕不能因为他的缘故，就轻易地赦免了其父的大罪，”
“皇上，两广的桂王，尚在叛乱之中，如果赦免唐王和郑芝龙，或可令桂王束手就范，我朝廷可不战而恢复岭南之地，不亦快哉？”张煌言道。
张由松看着他的脸，“可是，朕赦免了鲁王，唐王是否收手？郑芝龙又是否服罪投降？”
“皇上，这，”
这一场辩论，皇帝顽固不化，坚持高压政策，并且希望高压政策可以威慑东南，使所有的异己势力都受到震撼，以后不敢轻举妄动。而群臣则是权宜之计，希望省时省力，先稳住郑芝龙再说，本质没有区别，只是手段方法不同而已。
若干年后，大家在评论这一点儿时，感慨地说：“皇上高瞻远瞩，坚决拿