话说，从女娲造人闭关后，又过去了无数世纪，整个盘古宇宙都一直在正常运转，鸿钧三个徒弟为了自身修炼准备闭关，就任命颛顼为天帝代管盘古世界事务。在颛顼的管理下，各界都在快速蓬勃的发展，尤其是女娲用息壤造的人类中，有几位通过自身的努力修炼，修为竟然都达到了鸿钧三个徒弟那样的高度。比如天帝颛顼、水神共工、火神祝融等。
水神共工却越来越不服天帝颛顼，他自己想要做天帝。就开始造反起来，与颛顼发生了大战。他们在交战过程中，水神共工把盘古世界西方支柱不周山给撞到了。导致天塌地陷，天河之水全部注入人间，天火到处蔓延不熄，盘古宇宙遭受到了前所未有的打击。后天娘娘还说到了谛说，原来那家伙就是那次遭劫，被一股无形的能毁神灭仙的天火把真身给烧掉了，但幸运的是留下元神逃了出来。
鸿钧三个徒弟出关后，发现对此无能为力，只好禀告还在闭关修炼的女娲娘娘，女娲娘娘接到禀告，立刻终止修炼强行出关。她看到整个宇宙到处都是满目疮痍，尤其是人间界，洪水泛滥，民不聊生。但是她也没有更好的解决办法，只好跟闭关修炼的鸿钧沟通，鸿钧经过推演知道了事情的始末，原来是盘古世界天道在作怪，鼓动水神共工发动大战，达到搅动整个世界运行规则目的，因为天地一乱，它就有机可乘。因为整个世界，就好比一个国家，从上到下都按规则制度运行，国家才会越来越昌盛繁荣，越来越强大。但要是到处都发生暴乱，狼烟四起，国家就会四分五裂。一旦基础乱了，整个国家也就乱了。盘古世界天道从盘古大哥消失后，已经不受任何约束地肆意妄为了。它想自己完全掌控盘古世界天地法则，让盘古世界完全按它的意志来运转。所以它暗中影响水神共工造反，引起世界动乱，削弱盘古大哥遗留下来的天地法则。
经过鸿钧道祖的指点，女娲来到冥界，鬼门关里的三生洞府，拜见了里面的主人石爷爷，寻求他给予帮助。石爷爷就给了女娲一块五色石，和一根铁棒。先要女娲，去倒塌的不周山那里，用这根铁棒替代不周山，重新撑起天地后，再炼化五色石补好各界漏洞。女娲拿着铁棒来到倒塌的不周山，把铁棒插在不周山附近的大海龙宫深处，口里念了声：“长”只见此棒立刻变得又长又大，下面半截直穿九幽定住，上面却顶着倒塌的天慢慢上升。这根棒身上出现了五个散发金光的大字：“如意金箍棒”。
随后女娲又来到地球，借助地球上浓厚的盘古世界本源气息和天地灵气准备炼化五色石。她在地球上的人帮助下，建起来了一个高大的天地熔炉，把五色石投入此炉，再把收集来的本源气息和鸿蒙之气、混沌之气都投入到天大熔炉里面，祭炼了九九八十一天，才完全把五色石祭炼成一块块跟天地吻合的五色石头。女娲把这些石头一块块放入到了天上各漏洞里后，全都完美地融合，没有一丝漏洞，在把天地修补完好之后，女娲娘娘又把水神共工镇压到九幽之下后，才重回鸿蒙空间闭关。因为强行出关，接着又祭炼五色石的原因，女娲连修为都差点跌下一个境界。盘古世界又重新恢复，回到了原轨继续运转衍化。
盘古世界从洪荒时期到了商朝末期这段时间，发展更趋稳定。四大部洲人口鼎盛，盛况空前，各界面治理的也是仅仅有条。直到一天，女娲闭关修炼时，总觉得的心神不定，预感到会有什么大事要发生，但是她始终推算不出到底是那里不对。
鸿钧道祖闭关修炼又到了紧要关头，也不敢打扰他。于是女娲就神游天下，她先察看了天地各界、四大部洲，都没有发现异常，最后来到源星球时，才发现问题出在这里。
源星球的东方大地，是由一个叫商王朝统管。因为源星球独特的环境，源星球上的人类依靠得天独厚的条件，通过自身的努力修炼，修为全都达到了一个非常高的高度。他们整体修为全部超出了其它四大部洲的整体水平。
严重的是，天道又出来捣乱了。商王朝由一个叫帝辛在掌权，而这个帝辛，已经被无形的天道影响。他由一个天资聪颖，闻见甚敏的明君，变成了一个忠奸不辨、随性行事的暴君。搞的天下大乱，生灵涂炭，整个源星球怨气冲天。他正召集源星球上的众神，准备讨伐其他四大部洲，如果让他得逞，那整个盘古世界又将狼烟四起，大好局面会被他搅乱。
女娲对抗不了盘古世界的天道，只好点化了一只九尾天狐，变成美女妲己前往大商朝都城朝歌，借机接近纣王身边助纣为虐、引起共愤。鸿钧道祖也预测到了这个情况，就炼了一块封神榜、一根打神鞭，赐予原始天尊，由他派一位弟子前往源星球召集其他众神，讨伐推翻纣王这股乱势力。
原始天尊就指派自己门徒姜子牙带着封神榜和打神鞭去往。姜子牙不负众望，召集源星球上的各路仙神，一起辅助武王姬发讨伐商王朝。最终以姜子牙为首的众神打败了以申公豹为首的乱势力。把双方陨落的各位仙神，利于封神榜成功封神，不让他们再有被天道利用的可能。在最后关键时刻，盘古世界天道，竟然引诱灵宝天尊叛变，鸿钧道祖在紧要关头，终于出关赶来制止。