周士相成婚之后，一直留在南京，并没有回镇江。
大都督府已经由镇江迁到南都，衙所设在原两江总督衙门所在。随着宪令改制的推行，南都再一次成为权力中心。镇江那里则为第五战区指挥机构临时驻地，负责新二军和新三军的训练作战事项。
内阁由六大学士理政，首辅仍为文渊阁大学士郭之奇、次辅为华盖殿大学士张煌言、群辅为东阁大学士洪育鳌、武英殿大学士丁之相、谨身殿大学士袁廓宇、文华殿大学士扶纲。品阶皆定正一品。
六部改制动作并不大，只将原兵部职能归入大都督府，新设学部和库部，其它各部职事不变。
学部组建之后，以原永历朝廷大学士扶纲为学部尚书，主管中央至地方的学堂教育事，并主持两年一次的会试。
扶纲是崇祯六年举人、七年进士，郭之奇则是天启七年举人、崇祯元年的进士，所以资历上扶纲比郭之奇低了些。不过在永历朝廷，郭之奇一直在外联络招募兵马抗清，扶纲则始终伴随永历，并且出任过次辅。当年李定国从安龙将永历迁到昆明时，便曾有意由扶纲出任首辅，后因清军大举入滇，此事遂罢。
扶纲出掌学部，并用入阁理事，是周士相对扶纲一直以来坚持抗清的表彰，也是对以扶纲为首的原永历朝官给予的酬劳。
自扶纲以下，大量从安南归国的原永历朝官们陆续在六部及宫务院、地方任职，这批官员相对于南都原有官绅，无疑是周士相的天然拥护者。因为若不是周士相，他们很可能已经死在云贵的茫茫丛山之中，又或被清军捉获。相较生活还算安定的江南士绅，这批永历朝官们可谓是经历过生与死，希望和绝望。他们对于时局的演变有着切肤认知，对于国家遭受的苦难更是比别人多了终生难忘的记忆。
有人担心周士相大量启用原永历朝官，会使得朝堂中“拥桂”力量再次壮大起来，将来会成为隐患。对此，周士相不以为然，因为他很清楚，这批官员之所以会流落到安南，原因就是他们对朱由榔这个天子感到绝望。若非如此，他们也不会辞官弃印，脱离朱由榔。
因而，没有人比这批永历朝臣们更知道皇帝无能懦弱对于国家的危害性，从朱由榔仓皇从昆明南奔之日起，扶纲等人已经算是彻底的“弃桂”派了。再让他们投身于“拥桂”运动之中，只怕已经无一人再肯。
再者，扶纲等人当初回国之后必立即证明永历册封周士相为齐王事为真，这件事也已表明他们的态度。至少，不管是出于何种目的，这批永历朝官们是真心希望周士相能够掌舵大明这艘已经破烂的大船的。
虽然这批永历朝官们或多或少存在着种种问题，并不符合周士相心目中的“新官员”形象，掌握的治政能力也仍待提高，但他们的资历和态度却是周士相现在不得不倚重的。
现在经由广东培养出的那些官员们大多太过年轻，冒然提拔他们入“中央”理事，有些拔苗助长。
周士相不会拔苗过急，他有耐心，也有时间，等着年轻人一步步成熟，一步步取代旧官员成为新兴大明的骨干力量。
他自己就很年轻，今年也不过34岁。
库部由原户部分拆而来，主掌理财诸事。原太平军公库及各地银库皆归入库部主管，并负责粮票发行事宜。库部尚书人选在公布之后，引来了不少非议，因为担任库部尚书的正是原永历朝廷内阁首辅马吉翔的女婿杨在。
杨在和马吉翔还有皇亲王维恭是“咒水之难”唯一幸存的三位明朝官员。马吉翔在四川遭乱军所杀，王维恭则在桂阳光复之后随王皇后等前来南都，并无实际差遣在身。
永历被吴三桂安置在贵阳后，杨在曾奉吴三桂之命前往湖广欲说服忠贞营奉表永历。不过吴三桂万万没有想到，杨在却是一去不回头了。
杨在从湖北进入湖南，向太平军时任湖南巡抚赵四海表明身份，随后就被赵四海送到南都。
见过杨在之后，周士相觉得此人颇有理财之能，故让其在银库任职，表现颇是出色，不仅稳定了江南物价，还成功在江南推行了粮票，建立了由省到县的各级银库分支，堪称人材。
这次库部成立之后，周士相第一个想到的库部尚书就是杨在。虽然当年杨在和其岳父马吉翔做了许多有损国家之事，但任人为才，加之这些事情也并非杨在本意，所以对于杨在的任命是周士相破格了的。
工部尚书是原湖广总督张长庚，户部尚书由袁廓宇兼领，丁之相则继续治刑部事，礼部也仍由洪育鳌主持。
枢密院下设的审计院和裁判院以及大理寺三个衙门的主官一律称院使，品阶为正三品。
宫务院主事称院长，品阶为正二品。下辖太常寺、太仆寺、光禄寺、翰林院、鸿胪寺、尚宝司六机构都为正四品机构，其中尚宝司由原司礼太监潘应龙主持。原宫中大小衙门机构全部裁撤，各项职事都由宫务院协调。原送水、洗衣、清扫等事，则由顺天府承办。
枢密院摄政由周士相亲领，晋亲王李定国、顺亲王李来亨、闽亲王郑袭三人为辅