因为之前有过军团一级的编制，现在新建军一级编制，难免和军团这一级职能重合，导致指挥系统混乱。所以周士相决定将现有各军团编制一律裁撤，正式恢复大都督府这一洪武年间节制中外诸军事的机构。
当日从广州北伐时，周士相用的就是大都督的名义，只是却没有恢复大都督府，而是一直以齐王府和军部来执行大都督府的功能。现在重新恢复大都督府，将齐王府和军部的相关职司并入大都督府，也算是周士相对太平军军政体系的一次整合。
周士相本人出任大都督，下辖五军都督，即中军都督、前军都督、后军都督、左军都督、右军都督。
五位都督的人选分别是中军都督铁毅、前军都督葛义、后军都督蒋和、左军都督邵九公、右军都督赵四海。
五军都督各自负责一块区域，亦称为战区。周士相亲自划分了五大战区，以数字为序，分别是第一至第五战区。
其中第一战区为江苏、浙江、福建三省，由前军都督葛义负责，下辖五大主力之首的新一军、胡启立的新四镇、甘辉的新五镇、耿仲德的新六镇以及两个暂字头的乙级镇。
第二战区为安徽、江西二省，由后军都督蒋和负责，下辖新四军，张勇的新七镇、李本深的新八镇，德的新九镇，及魏大龙（浙浑将领）的暂三镇。
第三战区为广东、广西、贵州三省，由左军都督邵九公负责，下辖五大主力之一的新五军，王兴的新十镇、张超的新十一镇、黄四成的新十二镇、塔新策的暂一镇、谭诣的暂二镇、犹三品的暂三镇、黄元才的暂四镇等。
第四战区为湖南、河南二省。由右军督赵四海负责，下辖郭登第的新十镇，以原湘西剿军四镇改编的两个乙级镇、两个丙级镇。
第五战区暂未划定辖区，由中军都督铁毅负责，下辖新二军和新三军。
新二军的驻地暂时在扬州，新三军则在苏州。两者驻地都是在第一战区内，不过却不归负责第一战区的葛义指挥，原因是因为周士相只是将北上辽东的计划暂时搁置，却非就此放弃。等到朝堂和军队整顿完成后，周士相仍欲北上辽东，届时新二军和新三军这两支主力军就是北上辽东的主力。
从防区职能上看，各战区不但是负责辖区内的武装力量，更要承担相应的使命。
第一战区和第二战区都位于对清第一线，显然，将来是要集中两个战区力量北进的。未来这两个战区的太平军可能都要移驻北方。
第三战区当下的任务则是收复云南和为进军川陕做准备，未来，第二战区很可能承担西北地区，甚至要肩负占领藏区和哈密等地的任务。
第四战区是五大战区中唯一没有主力军的战区，也是兵员最少的战区。周士相给第四战区的任务是着手“接管”湖北，配合第二战区进军中原。
单从编制和兵力上看，第三战区无疑是兵员最多的一个战区，甲级镇一个，乙级镇四个，丙级镇八个。只是除了王有喜的新五军外，其余各镇不是原先的地方治安部队，就是新近收编的吴三桂部降军，所以虽然兵员多达10万，可战斗力却在五大战区中排在倒数第二。不过云南方面的吴军将领已经有意向太平军投诚，四川境内又有庆阳王冯双礼、督师连城壁等明军力量在，相对明军而言，四川吴军力量可谓十分薄弱。
吴三桂任命的四川巡抚高民瞻基本已经放弃川东、川南等地，集中力量固守在保宁一线。因此第三战区在相当一段时间内和第四战区一样，不会遭遇大规模战事，只要稳打稳进，缓缓图之便可。
对于大量暂字头的丙级镇，周士相原意是趁机裁撤掉一半，投诚过来的降将和从前一样，先组织将官培训班，能用的调入乙级镇，不能用的遣散归乡。但这样做无疑和之前对降将的承诺不符，有过河拆桥的味道在内。所以保留这些降将及降兵，给他们丙级镇的待遇，是周士相不想做也得做的事。
安南的远征军经过这几年的扩张，不断吸收安南当地汉人及补充从国内送去的绿营俘虏后，已经有了四个镇的规模。现在卢光祖带回一个镇编在新五军内，且给的是整字头的甲级镇待遇，这对赵自强而言脸上肯定有光。
不过远征军其余三个没有归国的镇，都是给的暂字头。这主要考虑到远征军相对安南军队是强大，但主要兵员都是原清军的绿营，在国内太平军看来都是手下败将，战斗力弱。
卢光祖带回来的那个镇能给甲级镇的待遇，是因为他带回来的都是远征军抽调出来的精锐，在安南这几年也算是打出来了，进军贵州表现也十分突出，因此给一个甲级镇也说的过去。再者，西南方面降军太多，单王有喜一个甲级镇难以震住场面，所以给卢光祖部甲级镇的待遇是形势需要。而且，也可以借此安抚远征军上下，让他们努力表现，知道自己回国后不会被国内歧视。
对于大量暂字头的丙级镇，周士相的打算是北伐成功后，就将他们和大量的清军、吴军降兵就地转化为工程部队，用来修路和兴建水利等公共设施。
这个设想是周士相从前世