下一个被审判的是礼部尚书启秀，关于启秀就很好审判了，启秀一直以来就是坚定的后党，主张惩戒西方的大臣之一，且他的罪责还有支持慈禧废除光绪皇帝立大阿哥溥儁为新皇帝，因此启秀必死无疑。尽管启秀也作了申诉，但他的申诉基本上没什么用，给他打官司的诉师倒是赚了不少银子，启秀还是被判了一个绞刑，家人九族一百一十二人被发配新疆戍边。
启秀死后受审的大臣则是兵部尚书刚毅，这厮是一个非常排斥汉民的满洲大臣，庚子五大臣也是受他的攻击被杀，尤其是兵部汉尚书徐用仪，一直以来与兵部满尚书刚毅不对付，两人水火不容，因此刚毅也趁机害死了徐用仪。刚毅最终也判了绞刑赐死，这位引发了庚子祸乱的魁首之一，受到了应有的惩罚，家人九族一百四十三人被发配新疆戍边。
接下来审判的是大学士崇琦，崇琦是满清皇朝260年间唯一一位满人状元，当年他考中状元的时候，名动天下，因为满人做官容易，很少有人认真苦读，更别说和一群江南才子们竞争考中状元了。而崇琦作为满人的骄傲，此后官运亨通，一直做到内阁大学士，与大学士徐桐一并成为大阿哥溥儁的师傅，教导溥儁学习帝王之学。
不过这位帝师人品可不咋地，当年他的女儿因端庄贤惠相貌可人被选为皇后，但同治生性风流，又因慈禧不准同治处理朝政，所以同治无事可做便出宫风流，最终染病而死。至于死因，清史之中记载为天花，民间传闻太医院消息同治死于梅毒。不管同治如何死法，崇琦之女才十七岁便成为了皇太后。而正牌皇太后慈禧成了太皇太后，便不能再垂帘听政了。慈禧于是在同治皇帝同辈之中选了一个年龄最小的堂弟载湉为帝，即光绪皇帝，而此时的重崇琦之女就有一些碍眼了。为了能继续垂帘听政，慈禧暗示崇琦，其女不可活。崇琦为了保住自己的官位拍慈禧马屁，找到女儿劝他为同治殉节。女儿知道父亲的心思，再加上与他恩爱的同治皇帝已死，悲恸之下绝世而死。
这种逼死亲生闺女的举动虽然给崇琦这位260年唯一一位满人状元带来了政治上的荣耀，被慈禧赐官赐爵，但是却遭到了满朝满汉官员的排斥，而崇琦自己大概也知道自己名声不好，想要继续做官就只能紧抱着慈禧大腿，从此之后成为后党最坚定的支持者。
不过就这次庚子祸乱而言，崇琦并不是罪魁祸首，他之所以也要被赐死的原因在于他是强烈主张大阿哥溥儁为帝取代光绪的幕后推手之一，妄图谋朝篡位的罪名足以让他诛灭九族了。最终唐致尧判处崇琦绞刑，没收全部财产，家人九族一共五百三十九人全部发配宁新疆戍边。
辅国公载濂，被判处绞刑，家人奴才一共一百七十七人被发配新疆戍边。
直隶总督裕禄，被判处绞刑，家人九族三百七十四人被发配黑龙江戍边。
而最后这两位就是瑞敏郡王载漪和他的儿子大阿哥溥儁了，关于他们的判罚，才是最引人注目的，毕竟一个可能做皇帝，一个可能做太上皇，且载漪才是引起庚子祸乱的最大魁首之一，对他的判罚如果太轻的话，不但洋人不满，百姓不满，连皇上也会不满。光绪能够赦免慈禧的死罪，却无法赦免他们父子二人的死罪，这二人必死无疑。
朝廷从上到下，记者从国内到国外，无一例外都盼着这两人死呢，当然也有一些人不同意他们被处死，毕竟一个是曾经的皇太子殿下。
围绕着他们是否被判处死刑人们争论起来，在报纸上吵得不可开交，其实就大阿哥溥儁来说，他受到牵连的更多一些，也罪不至死。但他又应该是最该死的一个，因为他曾威胁到光绪的皇位，有他活着一天，光绪不开心一天。
光绪不开心了，曹跃也不开心，这小皇帝要是不开心就要关心国事，就要索要权力，曹跃岂能开心的起来，所以曹跃也盼着溥儁之死。
当赵舒翘在狱中自杀之后，载漪和溥儁大概也感觉到自己生命所剩无几了，为了避免家族受到牵连，在判决前，两人在监狱之中上吊自杀。
根据狱卒交代，这两人自杀之前并没有任何征兆，连遗书都没有写，但仵作说这两人其实先前打算撞墙自杀，可能是撞墙之后非常疼有没有死，只能上吊自杀。
虽然他们自杀身亡，但是他们还是被宣判了，两人均被判处绞刑。行刑官将他们的尸体挂在绞刑架上，打开地下的挡板，两人的尸体被吊在菜市场三天三夜。而至于他们的家人，也许是因为他们自杀承担罪责的原因，只是在削为平民并没收了全部财产后，自行生存。但他们两人毕竟是皇族，他们的家人也沾亲带故的，其他几位王爷贝勒赏赐一些，这些人还能生活的很好。
接下来，在曹跃的指示下，刑部尚书金笃男开始对庚子之祸的其他人进行处罚，但是他的目标就是这些八旗子弟和曾经支持义和团的地主士绅们。这种貌似“正义的审判”也并不那么正义，因为在庚子之乱的时候，五十万义和团进京，不管是八旗子弟还是士绅地主，如果不支持义和团就要被义和团的暴徒们杀害，他们只能委屈生活，因此这次秋后算账才显得有一些不近人情