备的豚鼠们在一个家电制造商的电脑里发现世界的命运掌握在它们的小爪中。
团队成员达尔文是队长，坚决要不惜一切代价取得成功;布拉斯特是位有着许多想法同时对所有事情都极度热爱的武器专家;而华蕾斯则是一位性感的武功高手;再加上飞檐走壁的侦察员-苍蝇莫奇和精通电脑和信息技术的星鼻鼹鼠斯贝克尔斯在执行任务期间，它们遇到了形形色色动物王国里的其它成员，其中包括宠物店里不务正业，胆小怕事，但最后救了达尔文的赫尔利和敏感，疯狂保卫自己领土的白鼬--巴克…… 展开了一场前所未有的精彩冒险。
最后，他们得知这场阴谋的幕后操纵者竟然是他们的好伙伴斯贝克尔斯，因为斯贝克尔斯深恨人类对鼹鼠家族的捕杀。在达尔文他们的努力劝说下，斯贝克尔斯终于醒悟，从而化解了一场灾难。
这就是豚鼠特工队的来源。灾难化解，但是，人类政府没有因此放过它们。因为感受到豚鼠特工队的压力和威胁，政府开始抓捕对付它们！
抚养它们的科学家也因此为了保护他们死了。豚鼠特工队的成员们却因为科学家的死前遗愿，没有解散豚鼠特工队、反而跟你一个志同道合的惩恶锄奸自称“超杀女”的人类少女，反而成立脸新的队伍“Z战队”！
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