不过，关于方教授留下的探险队计划线路图，很快有人提出了质疑？
提出质疑的人当然是熟悉新疆和去过罗布泊的人，他们发现计划线路图上的路线是比较杂乱的，甚至相反的。
还有一个最大的疑点，计划线路图上没有写明从哪个城市出发？是从哪个方向进入罗布泊？
一般进入罗布泊的最佳路线，是从库尔勒市，或者尉犁县出发，沿着孔雀河直接往里开，在进入罗布泊洼地之前便能在孔雀河南岸经过楼兰古城，顺着孔雀河干涸的河床再往里，就可以在北岸看到龙城雅丹奇观。
那么如果他们第一站就要到龙城雅丹的话，也不是不可能。那需要从罗布泊的东面，甘肃的敦煌出发，穿过玉门关，进入罗布泊东都沙地，期间可能还要经过彭加木失踪地，然后进入罗布泊湖心腹地，再直接到达龙城雅丹，从龙城雅丹开始在孔雀河的下游进行探索。
另外从罗布泊北面的吐鲁番市出发，也可以先经过龙城雅丹，再到达孔雀河和楼兰古城。
可是为什么再去楼兰古城前还要去楼兰农场去补给呢？而所谓的楼兰农场应该是在罗布泊西南若羌县的米兰故城附近的三十六团场。如果从龙城雅丹到楼兰农场等于要经过楼兰古城向南走出罗布泊，所以为什么还要补给一次才原路返回进入楼兰古城？其实所谓的楼兰古城遗址目前也不过一片荒凉的残桓断壁，在那里有什么好探索的呢？他们到底发现了什么？
冬天的罗布泊是很冷的，尤其是夜里，最低温度可达到零下几十度。所以如果没有较好的装备和完全的准备，在这个时候进去就是找死，
搜救队到乌鲁木齐下飞机后，已经是夜里零点时分，但我们还必须连夜跟着车队赶到尉犁县，联合搜救队的指挥中心就在这里。
到达指挥中心之后，总指挥赶紧召开了一个全体会议。
会上讲述了这几天的搜救过程，但结果是令人寒心的。
根绝搜救中心采集到的情报，方教授率领的探险队的确是从吐鲁番市由北向南往罗布泊出发的，他们一共开了四辆越野车，征集了两位当地的向导，一共是十二个人。四辆车上全都配备了gps卫星定位系统。
但根据指挥中心调出的卫星导航资料显示，那四辆车从吐鲁番迪卡尔乡（海拔-31m）出发，经过岔路口饭店（海拔775m），金矿饭店（海拔830m），尖山铁矿（海拔1124m），黑山（海拔1239m），黑山口小树林（海拔1186m）河床灌林丛（海拔1099m）从这里右拐下河滩，第一站便到了龙城雅丹群。
汽车在雅丹群附近停留了约莫几个小时后，便一直在附近的河床徘徊，最后曾经距离的到达楼兰古城遗址附近，然后车队向南拐进入了罗布泊的湖心，之后便一直停留在那里。当时到达湖心的时间已经是晚上，估计他们是在湖心宿营扎寨。
而奇怪的事情便是在夜里发生的，大概午夜十一点钟的时候，四辆车的gps信号集体消失了，一直到今天再也没出现过。
三天后，当地公安局接到当地向导家人的报警，便开始了第一次的搜救。另外还有一点很奇怪，方教授率领的这支探险队，没有经过当地文物局的批准，更没有通过任何当局人员。
而方教授在教的大学也表示，这只是一次私人性质的探险行动，并不代表校方。但因为参与探险的大都是校内的教授和学生，所以校方希望政府全力搜救。
而当当地公安局按照探险队所走的路线进行第一次搜救无果之后，当局便成立了正式的搜尽中心，分别出动了上百人的部队，几十辆车的车队，顺着探险队车辆经过的痕迹，左右几百米地毯式的往前搜索，一直追踪到楼兰古城遗址附近的罗布泊湖心，到了他们曾经宿营的地方，除了找到探险队露营时吃过的几只空罐头瓶子，其他一无所获。
十二个人和四辆车完全的失踪了，就连一定帐篷也没有留下。
从营地根本就没有出去的汽车轮胎痕迹。但搜救队依然向东、南、西北三个方向进行了大范围的搜索，也曾到探险队计划线路途中准备去补给的楼兰农场去询问，得到的回答是，探险队根本没有来过。
所以搜救中心认为，探险队就是从露营地凭空消失的。更不是陷入了地下，因为他们当时露营的地方是很硬的盐壳，下面根本没有流沙。
而搜救的失败并不是最让人灰心的，让人意识到问题的严重的是，这几次参与搜救的人员，从罗布泊出来后都莫名其妙的患上了一种奇怪的病，几乎人人都是上吐下泻，吃不下饭。
和一般的痢疾很像，但是防御中心按照治疗痢疾的方法治疗，完全不起作用。后来经过细菌化验，发现所有人都是感染了一种从来没有出现过得病菌。
目前这种病菌并不传染，但是不排除它变异的可能。
至于这种病毒是从哪里冒出来的呢？防疫中心的工作人员也专门进入罗布泊做了研究，但根本没有任何收获。
当地人认为探险队的失踪可能是触犯了罗布泊内