元朝末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，在中国完成了一次外来政权全身而退的“奇迹”。元朝的灭亡，只是使蒙古帝国失去了中国的领土，而蒙古帝国依然存在。
残元政权的灭亡
1368年，享国运不足百年的元朝被朱元璋领导的起义推翻了，与辽、金、西夏等少数民族政权不同，末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，在中国完成了一次外来政权全身而退的“奇迹”。这得归功于从成吉思汗开始的近似于疯狂的扩张，使得蒙古帝国幅员辽阔，汗国、部落林立，而元朝的版图只算蒙古帝国的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，对于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元朝的灭亡，只是使蒙古帝国失去了中国的领土，而蒙古帝国依然存在。
元顺帝是元朝皇帝中少有的接触汉文化较深的一个，大都陷落仓皇北归的打击，对于他来说是极大的，虽然依然还是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去国怀乡”的忧愁，尤其是明朝军队对于他的继续打击又接连不断，更使他惶惶不可终日。终于，1370年5月23日，他怀着悲愤和郁闷，在沙拉木伦河畔的应昌去世。
元顺帝的儿子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，他将残元政权又维持了八年，并厉兵秣马盼望着有朝一日重登中国皇位。然而，他非但没有机会实现这一愿望，还面临着深入到蒙古地区的明朝军队的攻击。1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国将彻底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被誉为“万里长城”的徐达一路上势如破竹，爱猷识里达腊几乎到了绝望地边缘。所幸，明朝的大军由于战线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。
1378年，爱猷识里达腊怀着满腔遗憾去世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任残元皇帝所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。
1388年，一支10万人的明朝军队在大将蓝玉的率领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败脱古思的军队，残元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的残元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以至于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了，合法的蒙古帝国大汗不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
群雄纷起争汗位
残元的灭亡，使明朝失去了政治上的敌人，蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一王朝残余势力。因此，永乐皇帝对于贵力赤表示了极大的友好，承认了他对于蒙古各部的宗主权。但是，贵力赤也并没有保持汗位有多久，便在1400年被阿苏特部首领阿鲁台和卫拉特部首领马哈木的联军打败。阿苏特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古西征而进入中国，元朝军队中有一支由他们组成的军团。而卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，定居在贝加尔湖西岸。
阿鲁台和马哈木都不想成为蒙古帝国的大汗，他们最为希望的还是自己的部族独立于蒙古人之外而获得承认，因此，在打败贵力赤后，便向明朝效忠，表示自己不同于其他争夺蒙古帝国汗位的部族。这样的臣服是明朝求之不得的，给了他们极大的支持的支持。依靠这种支持，卫拉特部将其霸权扩张到从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
然而，阿苏特部和卫拉特部对于蒙古中部和东部控制都没能长久，贵力赤之子额色库重新崛起，要与阿鲁台和马哈木争夺大汗宝座，双方进行了十几年的战争，直到额色库于1425年病死。
在额色库不停的与阿鲁台和马哈木争夺最高宗主权的同时，在1403年，残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟了自己的汗位，宣布自己为蒙古帝国的大汗。作为黄金家族的后代，本雅失里无疑要比阿苏特部和卫拉特部具有号召力，不久，包括阿鲁台在内的各蒙古部落聚集在这位正统代表者一边。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，对这位新一任蒙古大汗的敌视是不言而喻的，永乐皇帝下旨要本雅失里作出臣属的明确表态。但希图重现祖上功业的本雅失里怎么会向推翻自己家族在中国皇位的朱氏家族表示臣服呢？于是，永乐皇帝亲自率军进入蒙古，直抵成吉思汗故地——鄂嫩河上游平原，于1410－1411年击溃了本雅失里和阿鲁台的军队。这次失败