相对于遭到突然袭击需要时间去集结分散在各处兵力的日本陆军来说，日本人的航空兵部队的反应的确可以称得上快速，本来为了支援琉球之战日军便在九州地区集中了大量的航空兵力量直到现在仍未散去，这样一来就省去了集结的麻烦，自然调动快捷方便。
当日军大本营得知到了琼军登陆行动的第一时间便对九州地区的各个航空兵部队发去命令，开始组织起空中反扑来。
被琼军在自家门口事实登陆行动的日本人就像是被点着了尾巴一般暴跳如雷，行事倒也颇为雷厉风行，琼军登陆的当天下午便出动了第一波由378架各种飞机组成的攻击编队飞抵种子岛，对正在清扫种子岛残余日军部队的琼军登陆部队进行攻击。
如果地面部队没有空中力量的掩护想要单独应对如此庞大数量的机群显然太过困难，日本人的空袭将会对琼军的地面部队造成巨大的伤亡。不过，日军航空兵力量的反扑早已是被陈旭初考虑在了作战计划之中，是预料到的反应，对此陈旭初是做了应对策略的。
之前偷袭佐世保的陈旭初主力舰队在发动完两轮攻击之后也懒得去检查战果，直接掉头离开，在中午之前便调转船头奔赴种子岛了。全速前进之下总算是在下午1点23分和种子岛方面以两艘航空母舰为主的舰队汇合，并开始为登陆部队提供空中掩护和支援。在舰载雷达探测到了日军机群的情况之后琼崖海军航空母舰所搭载的大量Fw-190舰载战斗机立刻升空进行拦截。
琼崖的海军航空兵们早在琉球群岛的作战中就已经打出了真火气。尤其是这一批飞行员之中充斥着由沉没的4艘留守舰队航空母舰上转来的飞行员，更是一腔的愤怒无处发泄，正好逮到了日本如此大规模的日本航空兵，怎么可能放过？
而相对的，此时处在九州地区的日军航空兵部队都是一些在琉球之战中被打残了的正在休整中的部队，至于那些尚且拥有战斗力的部队则全部调往了奄美大岛等琉球剩余岛屿的前线机场准备用来迟滞琼军的夺岛进程，只是没想到。如今这种布置却是让琼军钻了空子，一下子打到了他们的软肋上。
激烈的空中交锋一直持续到傍晚，仓促出击的日军航空兵编队虽然数量庞大。但是其中充斥着大量的老旧飞机，甚至有不少侦查用水上飞机也被强行调用来执行轰炸任务，这些临时拼凑起来的部队不但装备杂驳而且飞行员的素质也比较差。大多数都是刚刚补充进部队的菜鸟飞行员。
日军的航空兵部队无论是人员还是装备都无法和琼军相提并论，在和琼军精锐海军航空兵们的较量中完全没能占到便宜，只能眼睁睁看着琼军的地面部队依靠着坦克集群的突击作用狂飙突进，完全视种子岛日军的防御如无物，任由坦克将那些尚未修筑完毕的半成品工事突的千疮百孔，短短一天时间便让种子岛的大局已定。
琼军登陆种子岛当天晚上，裕仁天皇便再次召开了御前会议商讨对策，被打了一个措手不及的日军几乎乱掉了之前全部的作战计划，于是是例行节目一般，会议刚刚开始陆军大臣杉山元便和海军大臣永野修身进行了激烈的争吵。互相指责对方的失误导致了琼军登陆的成功。
陆军大臣杉山元指责海军没有尽到巡逻的义务，居然让琼军舰队摸到家门口都没有发现，正是海军的玩忽职守导致了琼军出现在种子岛和佐世保。
对于杉山元的指责，海军大臣永野修身辩解说对于琼军下一个攻击目标一定是奄美大岛等琉球其他岛屿这一点无论是海军还是陆军都是一致认可的，前一阶段的防御计划陆海两军也都是根据这一种判断而进行的兵力布置。对于海军将监视的重点都投入到了奄美大岛附近的事情陆军是认可的，现在居然又跑过来说海军的不是，实在是无稽之谈。
琼军之所以能够躲过侦查是因为他们绝大多数时间都是在琼崖空军的护航范围之内航行的，他们海军的侦察机不会深入到那里进行侦查，然后又借着夜色利用雷达躲过日本附近海域的巡逻船，最终才能够完成突袭的。这根本不是他们海军能够阻拦的行动，海军不应该负责任。
紧接着，海军大臣永野修身反过来指责陆军居然对种子岛如此重要的一个战略要点都疏于防范，防御部队不止数量少而且还都是新兵，几乎可以说是一战即溃，必须要为目前种子岛糟糕的状况负全责！
对此，陆军大臣杉山元同样狡辩他们陆军已经下达了加强防御的命令，只是由于命令下达时间过短没来得及真正加强守备琼军就攻过来了
最终，争吵不休的两人好歹是被裕仁天皇给拦了下来，一番斥责之后又将会议给拉回到了正题上。进行了一番争吵讨论之后，最终在裕仁的调解下，陆海两军终于拿出了一套方案来。陆海两军的人都意识到零敲碎打的攻击并不能阻止琼军在种子岛等岛屿的行动，只有集中到足够的兵力才能够一鼓作气重新夺回种子岛等岛屿。
而陆军集中兵力需要时间，海军筹集足够的护航和运输舰只同样需要时间，航空兵部队的调配同样也需要时间，再加上无论是海军还是陆军都认为目前正面