从二月底到如今，南京已经坚守将近三个月，二十万清军不分昼夜、不计伤亡的猛攻，还是使得南京城内兵力不足的隐忧显现出来。博洛不再局限于聚宝门一点，而是将兵力分散，突如其来的猛攻南京城门的某一点，城内守军对此只能是疲于奔命，阎应元也同样是无计可施。在这种情形之下，外城佛宁门、高桥门、上元门、凤台门相继失陷。逼迫着阎应元、李岩等人只能收缩兵力，据守内城。
城内储存的粮草虽然充足，但火药、弓矢、滚木之类的东西却是消耗的极快，不得不，史可法亲自带人开始在坊市中拆掉破旧的民房屋舍，以此来暂时补充。城内的老弱妇孺除担负着为守城士卒、民壮运送饭食、清水的任务之外，还顶着家中的铁锅、木板到城下去检视射进来的箭矢，仅此一项，每日里都有上百人因此而丧命。
其中最重要的便是火炮和火器的弹药日渐减少，清军攻城的猛烈程度超乎想象，就连阎应元、李岩这些久经沙场的宿将也为之惊骇不已。八旗军驱赶着绿营的兵丁奋不顾死的冲上来，层层叠叠，不见尽头，绿营兵但凡稍有退却，八旗军便立刻刀兵相向，这也使得绿营兵只能向前猛冲。
天气渐渐炎热，紧密残酷的战事使得双方都没有精力和时间看来收拢各自士卒的尸身，尸身一层层的累积起来，上元门的失陷便是因为尸身的高度几乎已经到了城院垛口的附近。这才被如潮水一般涌上来的清军攻克。虽然这样的战术让清军死伤惨重，但博洛却是不以为意。
死的都是绿营兵，八旗精锐本就不多。他可没打算消耗在这攻城战中。屯齐和怀顺王耿仲明苦劝了多次，如今南京已成旷日持久之势，再这么耗下去，清军也未必能够拿下南京。但博洛却是将南京攻守战当做了自己的奇耻大辱，恭顺王孔有德命丧城下，有名有姓的八旗将领死了十余个，绿营的副将、参将、佐领阵亡了将近一半。下层的号头、把总之类的军官更是几乎换了一遍。如果不能拿下南京城，那回去之后，博洛还有什么脸面面见多尔衮。仅是如此大的伤亡。便不是他一个多罗贝勒可以承担的起的。
更何况，此次湖广大捷，一举使得清军占据了战略优势，多尔衮和皇帝都对此次南下之役寄予厚望。如今吴三桂、洪承畴两路大军在四川、浙江、福建打得风生水起。吸引了西南、东南数省的明军，此时如果不能攻克明人的京师，那博洛只能是自裁以谢天下了。
也正是基于这样的想法，使得博洛断定此时明军除了路振飞的数万淮扬兵马可能回来救援，其余的明军都被吴三桂、洪承畴所吸引，根本抽调不出兵力来支援南京。南京城内不过区区数万明军，便是这样的一直消耗下去，也足可以将其全歼。
清军乌真超哈在聚宝门全军覆没。孔有德也被炸死，清军便没有了火炮的支援。于是博洛便大规模使用了制作工艺相对简陋的臼炮来轰击城墙。臼炮轻便灵活，威力和射程却是足够，只是射击精度便对炮手有着极高的要求。不过博洛的目标是城墙和城门，此时倒也无所谓了。臼炮专打石弹和铁弹，并不存在什么开花弹以弹片伤人。
明军苦于弹药不足，此时已经无法对清军进行有效的还击，只能任由清军以数十门臼炮对南京的城墙和城门进行轰击。
打到现在，聚宝门也是摇摇欲坠，瓮城的城门失陷，清军攻入瓮城与明军展开肉搏。太阳渐渐升到天空正中，将阳关直直泼洒下来，整个城头就如同是一座蒸笼一般，清军的士卒沿着云梯源源不断的爬上城头，但城上的明军却是越战越少。
就在早上日出之时，攻入外城的清军对太平门发动猛攻，李岩带领着忠贞营前往支援，但之后不久博洛麾下的两蓝旗精锐便带着大批的绿营士卒攻向聚宝门，意图使明军首尾不能相顾。聚宝门的防守也因此而变得空虚起来。
城头上的数十门火炮早已经拆卸，运往皇城，弹药所剩不多，迫不得已的时候，只能凭借着有限的火力据守皇城了。史可法、卢九德、朱和畑又抽调了一批城中的青壮前往城头助战，但显然是杯水车薪。
阎应元手中的铁锏沾满了鲜血和碎肉，双臂也渐渐变得酸麻起来，手中的铁锏仿佛是有千斤之重，每挥动一下，虽然能击倒一名敌军，但他自己却也是暗暗叫苦，双眼甚至已经开始模糊起来。
两名清军的白甲早已盯上了他，趁着阎应元被一众清军逼退，脚步踉跄之际，突然从左右两翼猛扑上来，手中的虎牙刀和长柄镰刀闪着寒光劈向阎应元。
不远处的陈明遇看得清清楚楚，但苦于兵少，一时之间竟然不能出手救援，只得高呼“小心”，同时带着几名亲随不顾一切的向着阎应元靠拢。
阎应元也发现了两名白甲的偷袭，但此时的他已经处于精疲力竭的状态，身上还有大大小小的数处伤口，脚步虚浮之间已经无法自如及时的防御，只能盲目的挥舞着手中的铁锏，好歹总算荡开了两名白甲的兵器。
但其中一名白甲，手中的长柄镰刀却是虚晃一招，左手中早已拽出了缠在背后的铁骨朵，一抖手之间，一颗拳头大小的铁骨朵已经被铁链甩了出