攻城。十八日，攻取昆明的战役开始。是时，征南大将军赖塔进军银锭山，绥远将军蔡毓荣领兵夺取重关和太平桥，勇略将军赵良栋、征南将军穆占等挥军夺至皇阁，并克取东、西二寺。二十二日，清军再次集结兵力，猛攻昆明，赵良栋、蔡毓荣、建义将军林兴珠、征南大将军赖塔分别率部攻取得胜桥、大东门、草海和华浦。吴军将领余从龙等出城投降而又受命入城招抚吴部余众。
这期间，吴部将军线緎等密谋，要生擒吴世璠及其心腹郭壮图降清。二十八日，吴世璠闻变自杀，郭壮图及其子也自刎而亡。二十九日，线緎、吴国柱等一些吴部将领开城迎降。清军入昆明城，立擒吴部大学士方光琛及其子侄，并于军前处以磔刑。戮吴世璠尸，传首京师。是役，吴部投降文武官员一千五百八十余人，士卒五千一百三十余名。至此，云南大捷，三藩乱平。
玄烨赋诗曰：“洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。”“回思几载焦劳意，此日方同万国欢！”
康熙二十一年正月，玄烨命将吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级由刑部悬挂示众，其死党夏国相凌迟处死，巴养元等五人立斩枭示。余者视参加三藩之乱的情节分别处分。
吴三桂起兵反叛初期在军事上占有优势，但他并未乘胜前进，反而贻误战机，给了清政府组织反击力量的机会。这几年中，在玄烨的指挥下，图海、赖塔、杰书、岳乐、赵良栋、蔡毓荣等满汉将帅，统领四十余万官兵，历勇厮杀，连败敌军，收复失地。康熙十五年十月耿精忠率部投降，十六年四月尚之信降，十七年八月，称帝半年的吴三桂忧病而死，十九年正月，除云贵外、川、陕、湘、赣、粤、桂、闽、浙已全部平定。
后玄烨命贝子彰泰为定远平寇大将军，统军取贵州，入云南，赖塔为征南大将军，由广西进滇，赵良栋以勇略将军兼云贵总督统率川军，自蜀入滇，满汉大军40余万，兵分三路，直抵昆明城下，清军猛攻，于康熙二十年十一月克城，吴三桂发动的“三藩之乱”，至此彻底平定，结束了滇、黔、闽、粤严重割据分裂的局面。
然就在扫平三藩后不久，十五阿哥胤祚因病夭折于南三所，玄烨痛失幼子，下令厚葬十五阿哥。
这还是玄烨即位之后头一个夭折的阿哥，珠锦做皇后这么多年以来，她的贤惠大度固然为人所称赞，但最让人钦佩的便是，这么多年以来，皇上的每一位阿哥和格格生下来后都不曾夭折，全都平平安安的长大了，这是最让朝野上下所称颂的。
须知非但皇家，便是一般的八旗世家，家中的孩子自小夭折的也不少，若说暗地里，死在嫡妻手里的孩子也是有的，偏偏到了玄烨这里，一个阿哥格格都未夭折，全都平安长大了，这就是最奇之处。
可如今这最奇之处被十五阿哥的夭折给打破了。
按说十五阿哥只是有些病弱，并不是养不活，这一点孟贺兰早就对玄烨和珠锦说明过了，因此二人对十五阿哥活下来并不担心，因此才命孟贺兰尽心医治的，但十五阿哥还是夭折了，就上述两点都足以让玄烨和珠锦起疑了，十五阿哥本来是不该夭折的，那他为什么会夭折，又真的是因病而夭折的吗？
帝后起疑，自然是暗暗命人排查，这一查，还真是查出来证据了，原本十五阿哥并非夭折，而是被乌雅氏拐着弯儿给害死的。
乌雅氏做的极其隐秘，珠锦派去的人并未查到什么，而是玄烨派去的人查出来的，若非梁九功细心，可能那么一条隐秘的线索也就被放过去了。
珠锦得知真相后简直不敢置信，乌雅氏好端端的，害死自己的儿子做什么？
去审问乌雅氏的人回来，乌雅氏是因为怨愤，因为妒忌，因为不甘心屈居人下不甘心被皇上冷落，失去她的恩宠，因此才起了这个心思的。
原先胤祚病时，皇上时常就去探望，乌雅氏起了心思，便利用胤祚的病来争宠，以期皇上能多去她宫中瞧她，皇上一开始是如她所愿的，但后来不知为何，皇上竟不怎么来了。即使乌雅氏故技重施也无用。
又兼与胤祚搬去南三所，她不怎么能见到皇上了。这心里的一腔怨愤就全迁怒到了病弱的十五阿哥身上，便想着反正是个病恹恹的皇子，要之无用，就起了坏心将十五阿哥的药给换了，让十五阿哥的病情恶化，使得十五阿哥最终夭折。
而乌雅氏的打算便是，借由丧子之痛让皇上怜悯她，爱惜她，重新得到皇上的恩宠，然后再生一个健健康康的皇阿哥出来，借此固宠。只可惜她还未接下来行动，她的此事就败露了。
珠锦听了这些话，只瞧了玄烨一眼，见玄烨不语，她也长久的没有出声，心里只想着，乌雅氏是宫女出身，她做惯了宫女，突然得到这样的恩宠和机遇，就算她再是谨慎小心，又哪能不生别的心思呢？
她知道玄烨选择乌雅氏是因为乌雅氏的出身低，将来利用完了冷落之后不至于生事，但是也恰恰是因为乌雅氏的出身太低了，在骤然冷落之下，乌雅氏的心思走偏了，她受不了这样的局面，一门心思只想着要争宠，就干出了这等恶事来了。