割让台湾的消息传来，台湾人民无比悲愤，在街上相聚痛哭，夜以继日。www.DU00.COm4月18日，大清前工部主事、移居台湾的丘逢甲上书抗议：“臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。设战而不胜，请俟臣等死后再言割地，皇上亦可上对祖宗，下对百姓。”两个月之内，台湾巡抚唐景崧向清廷发电20多次反对割让台湾。然而在清廷看来，台湾不如京城重要，而且台湾孤悬海外，难以长时间据守，所以清廷对丘逢甲和唐景崧的要求“悉置不答”。
5月21日，对清廷完全绝望的台湾绅民决定成立“台湾民主国”，拥立唐景崧为总统，同时成立抗日联军，决心与日本抗争到底！
29日，日本“台湾总督府”直属部队和近卫师团共2万余人进犯台湾，他们先炮击金包里，制造将要在金包里登陆的假象，将台湾守军主力吸引过来，然后从基隆以东50里的澳底港实施登陆。6月3日，登陆日军攻陷基隆。7日，日军进抵台北，发现驻守台北的5000清军早已于昨日逃往南方。10日，驻守淡水的3000名清军放下武器投降。11日，台北总兵余清胜率领2000名清军投降，台北陷落。至此，驻台湾的清军逃跑的逃跑，投降的投降，“台湾民主国”实质上已经崩溃，总统唐景崧和大小官吏亦纷纷逃往厦门。
日本人以为台湾已经被征服了，然而他们无论如何没有想到，这场战争才刚刚开始，而且比之前的战争更加惨烈！
当清军和官员们纷纷撤走的时候，刘永福和他的黑旗军却留了下来，他决心组织台湾民众与日军展开不屈不挠的抗争。虽然这里只有100多万人口，而且没有铁甲舰，没有先进的火炮和连发毛瑟枪，但是日军将会在这里遇到前所未有的顽强抵抗，他们将为自己的侵略行为付出惨重的代价！
日军占领台北后旋即南侵，于6月22日击败吴汤兴组织的义军“新苗军”，占领新竹。然而日军顺风顺水的日子走到了尽头，就在他们庆贺胜利的时候突然接到报告：中坜的兵站遭到袭击！日军用机关炮猛列射击包围兵站的300多名义军战士，但是义军毫不胆怯，步步紧逼，非要端掉这个兵站！兵站司令官只好派骑兵突围求援，过了一会儿，骑兵又回来了——报告，敌人太多，我冲不出去！没办法，兵站司令官只好放弃兵站，带领部下突围而去。
兵站被袭击后两天，日军又接到报告：从台北过来的运粮队遭到袭击！义军战士先是从道路两旁的树林、竹林中向运粮的日军射击，然后且战且退，进入民房后继续狙击日军。民房的墙壁非常坚固，不怕刀砍枪击，日军运粮队没有火炮，便打算将民房烧掉。然而在夏季的南方，用鲜嫩的树枝和竹子放火可不是一件容易的事，日军折腾了半天才燃起大火，义军战士早就跑得没影了。
因为兵站、运粮队不断遭到袭击，日军只得暂时放弃南侵的计划，决定先“扫荡”新竹附近的义军。28日，日军进攻安平镇，途中多次遭到伏击，好不容易到了目的地，又被阻挡在竹林中的民房之外。好说，咱们放火烧竹林！然而火烧竹林实在是个技术活，日军忙活了两个小时愣是没让大火烧起来，只得垂头丧气地撤退。7月1日，日军卷土重来，这一次他们吸取了教训，带来了爆破筒。工兵用爆破筒在墙壁上炸开一个缺口，日军一拥而入，然后蜂拥而出——被义军密集的射击赶出来了！激战10个小时，安平镇岿然不动，日军再次无功而返。
7月13日，日军一支35人的运粮队在三角涌遭到义军袭击，一番激战后只剩下24人，这24名日军拒不投降，决定突围，然而突围的结果是15人被击毙，5人负伤。运粮队军曹江桥勇次郎命令伤者自尽，未负伤的继续突围。最后该运粮队仅3人生还。
义军的顽强抵抗和频繁袭扰让日军疲于应对，日军的“扫荡”计划破产，无法进一步南侵。桦山资纪只得向大本营请求增援。7月14日，日军第四混成旅团在基隆登陆，与“台湾总督府”直属部队、近卫师团合兵一处，疯狂报复义军和台湾人民，在十天时间内焚毁民房数千间，杀害抗日义军战士数百人，台北地区抗日根据地受到毁灭性打击。8月22日，日军进犯彰化。黑旗军在大甲溪、八卦山一带数次与与日军激战，勇将李士炳、沈福山、吴汤兴、吴彭年相继战死，精兵损失殆尽，终因寡不敌众败退台南。9月3日，黑旗军重整旗鼓向台中的日军发动****，在大莆林重创日军，之后又收复云林。日军被迫停止南侵，与黑旗军对峙一个多月仍无法前进，桦山资纪再一次求援，请求大本营派第二师团和联合舰队协助作战。至10月初，日军已向台湾派遣近5万士兵，2600余名役夫，30余艘舰艇，几乎达到了与中国大陆作战时的规模，而黑旗军所剩的5000士兵此时已弹尽粮绝，只能靠野菜和田鼠充饥。
日军在南侵过程中要面对的不仅仅是抗日义军，还有祖祖辈辈生活在台湾的原住民，几乎每一个村庄的居