等到朱棣继承皇位的时候，倭寇开始在大明海上活动，切无恶不做，朱棣要立威，而获得统治权的不久的足利义满，也想借着这次机会肃清南朝的残余势力，打击海上盗贼，同时也想发展与明朝的贸易，获取丰厚的利益。于是，两国恢复了关系。与永年初年，双方建立了勘合贸易关系，明朝给予足利幕府贸易凭证，即勘合，日本方面凭勘合来中国进贡，进行贸易。明朝发展与日本的关系，主要是为了消除倭寇对中国沿海地区的侵扰，足利幕府也积极剿捕倭寇好保持海上的安全。
不曾想，才平静了几年的海上，倭寇重新出没，拒不完全统计流窜海上的倭寇还不在少数，这些倭人性情狡黠，经常以船装载着方物、兵器，出没于海滨，如果见有机可乘则用所带兵器大肆掠夺，如果见无法下手则陈出方物而自称朝贡。种种恶行，惹得天怒人怨，而日本又许久也没派出使者来进贡，宣宗也不知个种情况，鉴于这种侵扰只限于个别地区，时间亦短，尚未成为明朝东南地区的严重祸患，不至于一棍子打死，就派了使者去了一趟日本，不曾想人家根本就不承认有倭寇去过大明，还提出在海上为非作歹的根本上大明自己人，是打着他们的旗号在兴风作浪，目的就是煽动两国的关系，好从中获取好处。
对于这件事，宣宗自然是十分在意，事实上对假倭寇之事，他不是一无所知，早在，明朝初年，因为明初的朝贡贸易厚往薄来，造成许多日本人冒充朝贡使者到明朝这里来骗钱。很多到中国来冒充朝贡使者的日本人没有日本朝廷的管辖，朝贡完了以后他们滞留在中国沿海抢劫。这是明初的倭寇。为防止倭寇朱元璋就颁布了海禁政策。洪武三十年所颁的《大明律》对海外经商限制得很严格，它规定凡私自携带铁货、铜钱、缎匹、丝绵等违禁物下海，及与外番交易者一律处斩，而且禁止私人制造具有二桅以上的出海大船。而对于勾结外族的”谋反大逆”更是异常严厉：凡”谋反大逆”，一律首从皆凌迟处死，本宗亲族祖父、父、子、孙、伯叔、兄弟、侄、堂兄，同居的异姓亲族外祖父、岳父、女婿、家中奴仆，凡年满十六岁以上皆斩。
为了不被诛九族，海盗及走私者必须千方百计掩饰自己的出身。有明一代，造反起义者往往以绰号来掩饰真实姓名，在东南沿海一带，中国人就直接可以假扮日本人来掩饰身份。而对于地方官来说，自己辖区的人起来造反大大拖累政绩，因此也乐于统统以”倭情”上报。从洪武末年一直到永乐末年，将近二十多年的时间里，都是这么干的，起先这些人从根本上是元末争斗的时陈友谅、张士诚的旧部，迫于贪酷，困于饥寒才做了倭寇，随着大明的局势稳定，朱元璋又禁止下海，沿海一带的平民迫于生计，才下海做了海盗，渐渐形成了倭寇的主体，随着局势的稳定，东南滨海地区人口增加迅速，而土地没增加，人地矛盾突出。从宋朝以来，当地居民一直将出海贸易视为衣食之源，海商、水手、造船、修理、搬运加上种种服务，可以说大海养活了起码百万计的沿海居民。在福建，有句话叫做：”海者，闽人之田。”明朝海禁令无情地把当地居民的”田”给剥夺了，饭碗跟着也砸了。在广东潮州、福建泉州、漳州地区一向是通商出海的发舶口，”潮漳以番舶为利”，不许贸易等于断了他们的生计。对茫然失所的沿海居民来说，眼前摆着两条路：要么忍饥挨饿，要么铤而走险进行海上走私。
因为在本乡本土，所以倭寇在东南沿海地区拥有令人难以相信的支持。作战时，屡屡发生看似荒唐的一幕：倭寇天时地利无所不占，如鱼得水。而代表正义之师的官军，反而不受欢迎，举步维艰。不少沿海平民百姓甚至直接支援倭寇，参加过抗倭战争的明人万表记录道：”杭州城歇客的店家，明知是海贼，但贪图其厚利，任其堆货，且为打点护送。铜钱用以铸火铣，用铅制子弹，用硝造火药，用铁制刀枪……大船护送，关津不查不问，明送资贼。””近地人民或送鲜货，或馈酒米，或献子女，络绎不绝；边卫之官，有献红被玉带者……与当地海盗头子素有交情，相逢则拜伏叩头，甘心为其臣仆，为其送货，一呼即往，自以为荣，矜上挟下，顺逆不分，良恶莫辨。”以至于日本把他们当做大明人，大明则把他们当做日本人，两边都不讨好，而他们干脆纵横海上，碰上了机会，肆无忌惮的抢掠，弄得天怒人怨，而东南沿海一带，岛屿众多，朝廷有意剿灭，却苦于寻不到人，好不容易寻找的，这些人也十分的狡猾，自己不出战，鼓动那些真倭寇来抵挡，这些倭寇虽缺乏统一指挥，只以小股力量杀人越货，却体现出日本下层社会结构的严密，其大小头目对下属能施以严格管制和指挥，还采取了飘忽不定的狡诈战法并配备了仿西洋火枪而制成的鸟铳，因而屡屡以少胜多，让朝廷很是头疼，面对这一次又一次的恶行，皇帝也不能不闻不问，有意给这些倭寇一些教训，但碍于大明出兵在即，决定还是把事情弄清楚了，才好下手。
身为内阁首辅，杨士奇被皇帝先一步知道这事儿，对于这些倭寇的看法，他个人完全同意杨峥的看法，海上的控制权，自永乐后一直被大明牢牢的控制，中间虽有落败，但实