列重大考古发现中，人类发现许多无法解释的奥秘，这些奥秘都被《死海文书》很好的解释，并且，许多事情也已经被《死海文书》预言，人类意识到《死海文书》可能就是揭开一切奥秘的关键，于是开始破译《死海文书》的信息，终于，人类揭开了自身来源的秘密，同时也知道了未来即将发生的事情。
因为根据《死海文书》记载，第二次冲击发生之后的20年后，第三次冲击人类就会彻底灭亡，第三次冲击的一个诱因就是使徒与亚当接触，为了人类的生存与延续，人类必须进化才能生存。
于是，一部分人类按照莉莉丝遗留的讯息，开始一个巨大的计划，让人类走上进化的永生之路，也是毁灭之路。这也就是人类补完计划，消除人与人之间个隔阂，洗刷世间的一切罪恶、悲伤，将人类再次融合成初始的状态、回到莉莉斯，再得到亚当的生命之果，成为永恒的生命。
当然，真正知道这一切的，只是一小部分人，如今他们已近是人类的高层，幕后操控着一切。
从第二次冲击至今，人类补完计划逐步进行，破坏了白之月、封印了亚当，成立nerv并建造eva抵御使徒。如今消灭使徒只是补完计划的一小部分，但也是相当关键的一部分，可是，谁也不会想到，出现了一个《死海文书》绝没有料到的变数。
nerv总部的一个漆黑而巨大的的房间中，悬浮一块块如同墓碑一般的黑色石碑，上面暗红色的01、02……07的数字，以及七只眼睛以倒三角形组成的标志——色ele，也就是人类补完委员会。
石碑中间一道光亮笼罩着一个办公桌，坐着nerv司令碇源渡，依旧那副阴沉脸，双手交叠在鼻下的姿势。
天顶之上，一段影像资料正在播放，在漆黑的房间中显得尤为醒目，影像播放完毕，房间中沉寂了一会儿，一个石碑传来一个低沉的声音：“超常生命体01，作为人类名为兰斯，《死海文书》中没有任何记载，原本以为只是一个无足轻重的小意外，但是，这次与第七舰队作战暴露了他的能力，他对人类补完计划的威胁显而易见。”
“至今我们无法找到任何关于他的详细资料，如今唯一能够想到的答案，只有外来生命再一次闯入了地球这一条，《死海文书》也不可能预料地球之外的事情。”
“盗取了生命之果，并在短时间完成进化，作为一个追求进化的生命体，他一定不会放过亚当或者莉莉丝，如果让他得手，我们人类如何自处？人类补完计划又怎么完成？”
“我们必须加快人类补完计划的进程！”
“但是，人类补完计划需要使徒的血染红大地作为祭奠，仪式所需要的时间，并不是我们想加快就可以加快的。”
“第六使徒被其以未知的方法捕捉、吞噬，那么只有他来作为替代品，也许也会是更进一步进化的一个契机。”
“尽管还不知道他的极限，但他已经拥有生命之果，以其本身的智慧，已经接近于神的存在！实在太危险，千万年的进化，他可能在几天的时间完成，不能再等，必须尽快解决他。”
“将其抓获进行研究？还是设法将其排除？”
“抓获有多大把握？排除又需要付出多大的代价？”
“这一切都难以预料。”
接下来，七个石碑展开讨论，最终意见并不统一，但是较为一致的一点是，不能放任兰斯不管，必须采取必要的措施，最好能让其成为人类补完计划的一环，但是，面对一颗可能已经是神之境界的生命，其中风险也是可与预见的。
“交给你了碇.源渡，尽管你只是负责eva与nerv的正常运作，但是，目前能够对抗这种生命的，大概也只有eva了。”
“我会尽力的，但是不能保证时间，毕竟对于目标的了解太少。”
“这一点，我们清楚，一切交给你了。”
石碑上的红光消失，陷入黑暗中，一声开关跳动的声音，周围恢复明亮，只有碇.源渡坐在空旷的大厅中。
“出现了意料之外的变数，你有什么打算？”冬月耕造问道。
“无论什么，就算是神，也不能阻挡我前进的脚步。”碇.源渡面无表情，只是淡淡地道。
…………
一个小时之后，nerv指挥大厅。
nerv基地警报长鸣，卫星探测到位于北极的伯达尼基地发生爆炸，突发事件让nerv所有工作人员紧张忙碌了一段时间。之后，很快传回来关于这次爆炸的情报，人类从永恒冻土中挖掘出来，用于解剖研究的第三使徒，终究还是逃脱了封印，五号机与第三使徒激战，最终与第三使徒同归于尽，伯达尼基地也在五号机的自爆中彻底抹除。
一干工作人员对于伯达尼基地的结局心惊胆战，但是，得知第三使徒毁灭，也都放松了一些。
“如你所料，他们果然出手了，这是太平洋第七舰队与兰斯战斗的影像。”赤木律子面色阴沉地出现，拿了一份影像资料丢到葛城美里面前。