作和使用的过程中，还必须非常精确地控制反应堆中的每个反应步骤，否则在点燃堆芯后很可能直接爆炸。
当然，如果完美的解决了这些技术问题，那么方舟反应堆就是一款非常实用和可靠的能量源了。成熟的方舟反应堆在启动后，只需要极短的时间就能输出大量的能量，并能维持堆芯的燃烧很长很长时间。
相反，现实世界流行的氢元素反应堆，虽然点火较为容易，却难以维持长时间的聚变反应。
不过，即使有着上述优势，但方舟反应堆也不能说是完美的聚变反应堆了。因为和依靠氢元素聚变产生能量的传统核聚变反应堆不一样，依靠重金属聚变的方舟反应堆并不是清洁的能量源。因为钯具备严重的毒性，而治疗重金属中毒本来就是医学难题，托尼一开始直接把方舟反应堆安装在他的胸口，想要避开钯中毒的伤害是不可能的（在阿富汗的爆炸袭击之中，他的血管里残留了许多细小的弹片，必须有一个电磁铁时刻放在胸前，才能吸住弹片，不让其进入心脏，导致托尼丧命。而方舟反应堆就是给电磁铁供电的）。
而且，他还得当钢铁侠整天飞来飞去，惩恶扬善，对钯的消耗自然愈发厉害，而中毒的情况也更严重。
所以，在《钢铁侠2》的剧情前期，发现自己中毒程度已经很严重，估计活不了一年的托尼，一度自暴自弃，极其颓废，做出了许多荒唐的事情……但是，在王秋他们进入漫威世界之前，托尼就已经成功解决了这个问题——依靠他父亲霍华德。史塔克留下的线索，托尼天才地使用粒子加速器，创造出了一种安全无毒的新元素，用于代替会让他中毒的钯，从而让自己成功战胜了钯中毒的生命危机。
再接下来，史塔克工业集团公开出售的民用版方舟反应堆，也都是用了这种新元素来代替钯。
然而，这种新元素的发现和应用，对于钢铁侠托尼。史塔克来说当然是一个好消息，但对于想要对这些民用版方舟反应堆进行逆向测绘，从而进行山寨复制的现实世界中国科研人员来说，却无异于一个噩梦……