一般，瞬间就在江南江北制造出了几十万失业的精壮汉子，偏偏这些人因为长期从事运输业的缘故，还拥有较高的组织性和明确的指挥体系，只要稍加训练，就是一支反乱大军！
之前，江北的漕帮就已经大半投了闻香教妖人，给讨贼官军制造了无数的麻烦。而江南的漕帮先是积极投身犯罪行业，使得江南地区的治安情况急速恶化，到现在又成了历次抢米骚乱的重要领导团体，弄得各府各县都是乱民遍地，眼看着昔日那场席卷陕西的流寇之乱，似乎就要在江南水乡再次上演！
无奈之下，身心都承受着巨大压力的周延儒首辅，只得下了狠心，暂时不顾长江上游方向的防务，调动南京朝廷名下唯一还算能打的机动野战部队南京兵部尚书吕维祺带着从扬州战场上撤下来的一万多“精兵”，火速开拔赶赴苏州、松江等地进行平乱。同时又命令困守衢州的浙江巡抚放弃浙西山区，率领残余浙兵赶往南直隶参与平乱。在一番极为血腥的杀戮之后，焦头烂额的南京小朝廷，总算是暂时把这些还没来得及成气候的乱党给镇压了下去，但也对这些地区的经济民生，造成了更加巨大的破坏。
毕竟，“贼来如梳，兵来如篦，官来如剃”的说法，在明末可不是什么夸张的虚言！
五月中旬，松江府上海县爆发抢米民变，打死举人、秀才及退休官宦十余人，县令火速调遣衙役、团练，筹齐八百余人，持刀棍入城弹压乱民，混战中烧毁民房逾二千间，死者不计其数。
五月下旬，浙江海宁卫欠饷兵变，乱军驱逐杭嘉湖参将及本卫指挥使，大掠海盐、海宁数县乡镇，又勾结杭州髡贼，以为逆乱之外援。时值南直隶大乱，官军无力进讨，遂退守嘉兴府城。
六月初，浙江巡抚率浙兵三千余人，会同浙北乡勇团练万余人，往剿海宁卫乱兵。数番接战之后，乱兵溃散，贼首阵亡，余部逃窜海滨，巡抚亲率官军乘胜追击，不料髡贼兵舰竟然进抵海盐县港口，发排炮轰击官军阵势，又遣精锐登陆逆袭。官军遂大溃，浙江巡抚中炮身亡，残余浙兵辗转撤往南京。
六月末，常州乡民武力抗税，当地官府弹压不力，朝廷遂遣京营往讨，杀贼三千余人方才平定。
七月初，太仓州漕帮首领陈某，裹挟奸民数万起事，驱逐昆山县令，盘踞昆山县城谋反。苏州、松江二府于七月末发兵联合会剿，全军覆没。贼兵反倒又破嘉定，杀嘉定县令后大掠而归，凶焰日炽。
八月初三，兵部尚书吕维祺誓师出征昆山，率留都京营及浙兵、乡勇、团练、卫所兵三万，合围昆山县城，以红衣大炮轰城，强攻十日后破城，贼首陈氏于乱中潜逃，不知所终。事后，官军于昆山县城纵兵大掠，斩首九千，吕维祺下令于东门外筑京观，以炫耀武功，震慑奸民……