功，真正算起来，只有锦州防御战才是袁的功劳，但当政的魏忠贤却以袁不救锦州之事，责之为“暮气”，袁遂辞职回乡。
崇祯元年，魏忠贤被诛戮，群臣推举袁崇焕负责辽东军务，于是这次袁崇焕担任“兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务”也，被委以重任，。
崇祯元年七月，袁崇焕入京对答辽东功略，出惊人之言：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复。”崇祯皇帝给予厚望，答道：“复辽，朕不吝封侯赏。”
五年平辽，以当时的形势来看，只怕难以实现。虽然袁崇焕没有机会完全施展战略，但按照他自己所说：“恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正著，战为奇著，和为旁著之说”。想靠步步为营来推进，得以五年平辽，确有妄言之处，《明史》也有：崇焕顿首谢。帝退少憩，给事中许誉卿叩以五年之略。
崇焕言：“圣心焦劳，聊以是相慰耳。”由此可见，袁崇焕也自知失言了。或者说，安慰安慰皇帝吧，毕竟崇祯刚刚当上皇帝，正是斗志爆表的时刻。
当然，在我们想来，五年平辽即使不成功，但只要能够确保辽东局势的稳定，抵抗清兵的进攻，甚至跨越辽河在辽东建立堡垒，这都是可以办到的事情，势必归功于袁崇焕的。
袁崇焕刚到辽东，就发生了缺饷兵变事件，于是“闻变驰与广密谋，宥首恶张正朝、张思顺，令捕十五人戮之市；斩知谋中军吴国琦，责参将彭簪古，黜都司左良玉等四人。发正朝、思顺前锋立功，世荣、涵淳以贪虐致变，亦斥之。独都司程大乐一营不从变，特为奖励。一方乃靖。”
袁此次督师辽东，显然要大施拳脚，立志有一番作为的。新官上任三把火，此次以督师身份，得皇帝器重，又有限期平辽重任，用法不免过急过苛。从袁到辽东一系列行动来看，停辽东巡抚、登莱巡抚；控制皮岛的后勤补给，诛杀毛文龙；定兵制，核虚报，减冗兵。说到底，是为了集中权力，jing兵简政。
袁提议撤掉辽东巡抚、登莱巡抚，那是为了集中权力。经抚不合误国，熊廷弼和王化贞是有过先例，何况明末崇祯在山海关一带设四督师、六巡抚、八总兵，百无一用，可见越分权，越混乱。对权力的分割，像来是帝王之术，这也是家天下和国天下的冲突所在。
从表面上看，袁有du cái的嫌疑，甚至有人批评其建立袁家军，yu成为“辽东王”，然而辽东是军事重镇，却严重依赖京师提供后勤补给，如果没有大量的白银和粮食送入辽东，这座军事重镇就会崩溃。这一点，无论是袁崇焕，还是以后的吴三桂，心里都很清楚。没有帝国的支持，山海关、宁锦防线的存在就没有意义。没有du li的经济来源，始终是受人以柄，从这点上看，当时任何人都没有可能成为辽东军阀的。
控制毛文龙的补给，其后杀掉毛，也是为了集中权力。
毛文龙独据皮岛，于后金有牵制之功，本来是一支奇兵。但毛不服从文官督军约束，狮子开大口要军饷的事情不少，加上其和魏忠贤的关系非同一般，在清流重新把持朝政后，自然对其攻击良多，而朝鲜方面也对毛印象不佳。
袁崇焕试图控制毛，最后杀了毛，究其用心，是为了使桀骜不逊的毛之军队真正为辽东所用，为明帝国所用。初衷虽好，结果未必尽佳。
总的来说，袁杀毛仍属于不顾大局，太过冲动的行为。加上得到皇帝的批准，属于越权行为。不过人既然已经杀了，无法挽回，当给予袁崇焕一个严重jing告处分，责令其戴罪立功。
然后人批评袁崇焕将毛文龙诛杀而导致皮岛失守，却又过苛了。皮岛之瓦解，尚可喜等人之降清，实在是在袁崇焕被捕后又发生太多事情才导致的，不宜一味推到袁崇焕身上。何况如果袁不是几个月后就被捕，给他时间对皮岛善加安抚，说不定不会发生叛变事件呢。
崇祯二年三月，清兵绕道入关，袁崇焕千里营救，几经血战，最终崇祯将袁逮捕入狱，后凌迟处死。
清兵绕道入关，此为论述袁崇焕防区失守之一大要害，当略论之。
其一，因为文人担任的高级军事长官都是临时xing职务，职权也含糊不清，根据和皇帝的关系，跟朝臣的关系，和地方的关系，实际职权各个不同，。就辽东经略来说，孙承宗以内阁大学士身份督师辽东，是帝师，深受皇帝器重，又曾在内阁任职，后勤保证自然优先支援，地方管辖也不敢异议；王化贞担任广宁巡抚的时候，熊庭弼的辽东经略并挂兵部尚书衔，职位应当在其之上，但王化贞是阉党一派，又得兵部尚书支持，所以把握重兵，更有实权；袁崇焕任辽东巡抚的时候，王之臣为辽东经略，他们的分工则是袁关外，王关内；袁崇焕督师辽东的时候，虽然挂兵部尚书衔，但实权不如孙承宗，控制力集中于在山海关、宁远一代，其对蓟辽或者其他地区是否能够有效实施所有军事行为的控制，尚是疑问。
其二，有证据表示袁崇焕是获得过情报的，也提醒过蓟辽总理