就在大阪城完成的1585年也就是秀吉五十岁那一年他改姓藤原升任代表朝廷最高权势的关白一职。这关白一职自古以来都由藤原氏所独占特别是藤原家的近卫、鹰司、九条、二条、一条称为五摄家。因此秀吉乃先认前关白近卫前久为干爹（近卫亦为藤原一族）然后才晋升关白。
至于为何秀吉不担任征夷大将军而去当朝廷的关白一职虽然有种种说法但其实当时的战国武将一听到朝廷要赐给他们虚有其名的官位都会感动得流泪。所以秀吉晋升关白自然会感到无限的光荣。晋升关白后的翌（1586）年就在後阳成天皇即位的那一天秀吉晋升律令制度下的最高官位太政大臣。
关白一职虽然代表最高权势但从正统的律令制度来看仍属令外之官从此看来秀吉拟依律令制度的官位重建天下秩序。另一方面或许秀吉认为藤原这个姓太过老旧无法显现出他是历史上最大的伟人因此秀吉又获得天皇的许可改姓丰臣象征日本统治者的丰臣秀吉于焉诞生。
战国时代人民拥有大量的武器动不动就以武力来抗争因此连战国武将都感到害怕。1588年秀吉下达一道命令禁止百姓拥有长短刀、长枪、火枪等武器这就是有名的刀狩令。虽然在这之前也有其他的武将实施刀狩令但不像秀吉的刀狩令那么彻底而且是属于全国性的。
当时的农村究竟拥有多少武器我们从加贺国江沼郡所没收的武器即可一窥端倪：武士刀一千七百雾三支、腰刀一千五百四十支、长枪一百六十支、耙刀五百支、小刀七百支。另外出羽国仙北郡则没收武士刀二百五十支、腰刀二千七百三十支、长枪三百三十六支、火枪二十六支、弓七十六把、盔甲十二具、头盔五顶。农民的暴动固然可以用造反有理来解释但反过来说一个农村拥有这么多的武器不造反也很难。
在秀吉的刀狩令实施之后农民的武力可以说遭到去势。在日本史上有所谓的太阁检地这太阁当然是指丰臣秀吉而所谓的检地就是重新测量土地的面积并调查作物生产量的意思。秀吉在1591年12月辞去关白由他的养子秀次继承关白自己则成为太阁。太阁是关白禅让之后的称呼。就在秀吉成为太阁这一年开始作全国性的检地因此称为太阁检地。
其实秀吉从1583年起就开始检地在这之前其他的战国武将为了想要重建业已崩溃的土地制度因此也曾经做过检地的工作。太阁检地之所以具有特别的重要性那是代表丰臣秀吉已经完成了日本的统一工作同时也表示他为了将来出兵朝鲜而预先作国力调查。此外经过秀吉的严格检地之后每块田地的收获量都统计得很清楚农民具有耕作权同时必须担负缴纳年贡的义务农民与政府之间的剥削阶级（豪农）从此消失。
基督教是于1549年随传教士沙必略传到日本的三十三年后的1582年日本的基督徒已经到达十五万人可以说是一百个日本人当中就有一个基督徒可见基督教的传播度非常快。然而在1587年丰臣秀吉却出一道命令禁止基督教传教士进入日本。其最大的原因是丰臣秀吉唯恐基督教大名（诸侯）将领地捐献给教会再度出现类似一向宗信徒暴动的局势。
在禁令中的第一条提到日本是神国这表示日本开始吸收欧洲的文明已经不在印度、中国的圈子里。有人说这是最早的脱亚论就在长久的战乱接近尾声人们欢欣鼓舞地迎接和平的日子来临时1592（文禄元年）正月丰臣秀吉突然布出兵朝鲜的命令。秀吉的野心不止于朝鲜他最终的目的是要征服明朝甚至想要将帝国的版图扩大到印度、东南亚。虽然有人说秀吉出兵朝鲜的动机是由于他丧失了最心爱的三岁大的儿子鹤松（1591年）但是在这之前他已经向传教士说过要出兵朝鲜所以这个说法是不成立的。
比较可靠的说法是没有一个封建领主不想扩大自己的领土而且丰臣秀吉统一了日本之后已经没有领地可以犒赏有功的将领。如果占领了中国当然不愁没有领地可以分。就在出兵朝鲜的前后秀吉分别写信给琉球（159o年）、菲律宾（1591年）、高山国（台湾1593年）要求服从朝贡。当时的台湾正是中国等海盗的根据地是军事、贸易、交通的要冲。秀吉的军队在攻打朝鲜二十天后已经攻陷汉城可谓势如破竹日军的制胜关键在于拥有先进的欧式火枪。
就在秀吉得意忘形之际朝鲜的游击队开始在各地反击名将李舜臣更率领朝鲜的水军以龟甲船及船炮震天雷大破日本的军队控制了制海权。进入严寒的冬天之后明朝的救援军队又赶到朝鲜日军在饥寒交迫中牺牲惨重厌战气氛弥漫。秀吉本来想要谈和但是1596年9月1日看到明使的国书上面写着要封秀吉为日本国王并将日本当作明朝的属国。秀吉看了之后暴跳如雷当天晚上布命令再度出征朝鲜。
这次的出兵军队只有十四万而且仅能占据朝鲜的最南端。在第二次出兵的前后日军对朝鲜民众的残害更加激烈而且日军为了争取战功将战死的朝鲜军队的鼻子、耳朵割下用盐醋防腐寄回日本给丰臣秀吉由于以数量记功所以很多无辜的老弱妇孺都受到残害。这些鼻子与耳朵埋葬在京都方广寺大佛的西侧今日则称为鼻冢。