广东商人造船需禀报海关，给予红单以备稽查，故所造船名红单船。这种船体大坚实，行驶快速，每艘可安炮二三十门。后来，广东官员雇募它们用于海防。在太平天国时期，清政府把红单船武装调至长江流域镇压农民起义，起到了很大的破坏作用。
道光三十年（1850年）十二月，太平天国在广西桂平起义。咸丰二年（1852年）十二月，克武昌。钦差大臣向荣奏请调广东水师镇压太平军，清廷命他飞咨两广总督叶名琛等调拨应用。[第4册，p314）三年正月，太平军离武昌沿江东下。清廷谕两广总督叶名琛、广东巡抚柏贵：现在赃匪东窜，江防万分吃紧，已命向荣驰赴江宁迎头截击。著叶名琛、柏贵即将该省外海水师拖古战船并快蟹、大扒等项凄足百只，多备子药，遴委水师勇干镇将大员统带，星速由海道驶抵江宁，听候该大臣拨用。[第4册，p543）
二月，太平军攻克南京，定为首都，改称天京。清廷谕叶名琛、柏贵迅即选派水陆精兵二三千名，并酌派大员管带，迅速前往江南，以助攻剿。[第5册，p14）
三月，向荣奏请速催广东水师、上海火轮战船驶入长江会同陆路进攻。[第5册，p438）孙瑞珍奏请雇觅广东红单船赶江南向荣军营攻剿，称红单船俱出顺德之陈村等处，以贩油为业，往来吕宋、暹罗诸国，船只之快速，炮火之精锐，点发之娴熟，较之额设师船得力不啻数倍。所有舵工、水手皆父子兄弟，一遇敌皆合力向前，无推诿溃散之虞。船大者约计水手60余人，次亦四五十人或第6册，p148）清廷即谕叶名琛、柏贵迅将所雇红单船配带炮、药派黄开广带领速由海入江，听候向荣等调遣攻击。[第6册，p207）又命叶名琛饬候补道伍崇曜雇觅火轮船只为攻剿太平军之用。伍崇曜，又名伍绍荣，原名元薇，字紫垣，广东南海人。其祖父伍国莹于1784年（乾隆四十九年）创设了广州十三行之一的怡和行。父伍秉鉴，以敦元为商名报册承充，行务大有起色，跃居十三行行首。因乳名亚浩，外国人呼为浩官。按当时行商子沿父名惯例，伍崇曜对外仍称伍浩官。[2（p223）
当时，伍崇曜正卧病在床，得到通知后，即派亲信与英国代办领事官巴夏礼、英国公使文翰，美国副公使伯驾、公使马沙利等商雇外国兵船。因为密迪乐已在天京，与太平天国有两不相犯之约，故没有结果。叶名琛又命署顺德知县马映阶至陈村雇募红单船大号船8艘，中号船12艘，配足弁兵、炮械、火药、铅丸，由署香山协都司陈国泰管带，于五月二十一日起程，开往江南。并打算再雇多艘，由署海安营游击吴全美管带，陆续起程。所有船价、口粮并添配弁兵一切，即在部拨江南军需粤海关税项下动支。[第7册，p194）陈国泰，广东新安人，出身武生。[3吴全美，字碧山，广东顺德人。[4
六月二十一日，广东又雇得红单船大号6艘，中号8艘，除原船水勇照数应募不计外，每船加配水师各营弁兵帮同驾驶，共394名。又添配洋装大铁炮94尊，由一千数百斤至六七百斤不等。广东地方当局拨给火药五万斤[第8册，p129），由吴全美统领起程开往江南。八月，福建巡抚王懿德奏请将吴全美、陈国泰所率船队暂留厦门十五日，借以镇压该地民众的起义。[第9册，p447）九月，王懿德又奏请使陈国泰带领第一批共20艘开往江南，吴全美所带14艘暂缓起程，继续镇压厦门的起义军。[第10册，p202）十月，王懿德又奏称红单船多有损坏，须修补才能驾驶。清廷令王懿德饬红单船迅即开行，若须修理，亦著赶紧督办。[第10册，p642）吴全美、陈国泰等于十月二十三日自厦门放洋，开往江南。[第11册，p86）
十一月，署礼部左侍郎宋晋奏请特谕伍崇曜，迅再添募红单船百号。雇募之费，伍崇曜如能独力支付，助成巨功，固属至善，否则，前太常寺卿龙元僖家业亦优，可协办此事。令丁忧给事中苏廷魁督带，奋力清剿。咸丰帝接受了这项建议。[第11册，p171）吴全美等率船队由厦门开往福州修理，行至崇武外洋，陡遭风浪，船身损坏，遂开回广东修理。[第12册，p126）十二月，伍崇曜递禀帖给叶名琛、柏贵，说其父伍秉鉴承充洋商50余年，前后捐输银二百一十三万余两。鸦片战争之后，洋商裁撤，伍秉鉴旋亦病故。咸丰元年，他自己奉旨办理接济团练经费，伍氏家族共捐输银十万零七千九百四十九两。现在遵旨捐输雇觅红单船经费，谨捐银四万两，呈交广东藩库，作为红单船经费，不敢仰邀甄叙。[5
咸丰四年二月二十九日，叶名琛派红单船50艘由广东放洋，再次开往江南。六月初六日，吴全美等抵吴淞口，上海有截留之意，清廷谕两江总督怡良、江苏巡抚吉尔杭阿，命红单船入江与艇师合队。二十二日，行抵镇江焦山，因风逆未能即上。七月初二日，至瓜洲以西，江北大营钦差大臣琦善召吴全美到营，面授机宜。[6吴全美、陈国泰进攻瓜洲，为红单船与太平军之首次作战。吴全美部被向荣调赴上游，陈国泰部泊瓜洲大口以上。[7闰七月，