1764年（乾隆二十九年），清政府为了加强伊犁地区的防务，从盛京将军所属的盛京、开原、辽阳、义州、金州、兴京、牛庄、抚顺等15处，抽调锡伯官兵1020名，连同眷属四千余名迁移到新疆伊犁察布查尔地区屯垦戍边。从此，锡伯族形成了东西分居、小聚居大分散的局面。
奉命调遣的锡伯官兵于1765年（乾隆三十年）抵达乌哈里克城（今伊犁霍城县境），在此休整半年。锡伯军民原编为十个扎兰，抵达伊犁后，伊犁将军将十个扎兰缩编为六个牛录。伊犁将军根据锡伯族军民的生活和生产特点，决定将他们安排到伊犁河南察布查尔地区屯垦戍边。
1766年（乾隆三十一年）正月，伊犁将军命锡伯族军民向伊犁河南岸迁徙。他们迁到察布查尔地区后，根据实际人口（到伊犁后经查，跟随而来的和途中降生者700余人），伊犁将军增设两个牛录，以为八旗。经朱批允准，在原有佐领、骁骑校各六员的基础上，增设佐领二员、空蓝翎4员，将原有1000余名官兵分设八旗，每旗为一个牛录，每牛录各设佐领1员、骁骑校1员、空蓝翎2员、领催4员、披甲121员不等。八旗设领队大臣1员，总管、副总管各1员。并奉旨颁发新的总管关防和佐领图记以及八旗旗纛：一牛录为镶黄旗，二牛录为正黄旗，三牛录为正白旗，四牛录为正红旗，五牛录为镶白旗，六牛录为镶红旗，七牛录为正蓝旗，八牛录为镶蓝旗。其中一、三、五、七牛录为左翼四旗，二、四、六、八牛录为右翼四旗。至此，伊犁锡伯营基本组建。按清制，锡伯营领队大臣由满族官员担任，驻惠远城，总管、副总管治理八旗事务，其办事机构为总管档房，设于本营；八个佐领分驻八个牛录，其办事机构为旗下档房，他们与骁骑校、领催等管理牛录的军事、生产及民间诉讼等一切事务。锡伯营的组织结构是逐步得以完善的。1814年（嘉庆十九年）将满营空蓝翎二缺移至锡伯营。1829年（道光九年）又增设防备2员，添设前锋校四员、前锋36员，至此，锡伯营设有领队大臣1员，总管1员，副总管1员，佐领8员，防御4员，骁骑校8员，前锋4员，委官8员，空蓝翎6员，空金顶64员，委笔帖式2员，领催32员，前锋36员，披甲1300名左右。
清代的伊犁是新疆政治、经济、文化和军事中央。伊犁将军坐镇伊犁，管辖天山南北。清政府调遣锡伯族军民驻防伊犁地区，主要任务是戍边、防守台站、驻守卡伦，换防喀什噶尔和塔尔巴哈台。
清政府为了加强对天山南北的管辖，设立了众多的卡伦和台站。其中锡伯营管辖的有18处，如固尔班托海卡伦、安达拉卡伦、沙巴拉托海卡伦、托里卡伦、马哈沁布拉克卡伦、春稽卡伦、乌里雅苏图卡伦、额木察罕乌苏卡伦、霍依图察罕乌苏卡伦、塔木哈卡伦、察罕托海卡伦、托赉图卡伦、沙喇托罗海卡伦、厄楞莫多卡伦、头勒克卡伦、察林河口卡伦、塔木哈色沁卡伦、大桥卡伦和达尔达木图卡伦。g
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