毛森受命后，于浙北于潜县乐平设立指挥部。此地接近抗日前线，便于指挥敌占区工作。梅乐斯并派皮尔上尉到乐平协助毛森开办爆破人员训练班，广泛深入敌占区搜集情报，狙杀日寇汉奸，炸毁敌伪控制的桥梁等。
在此次东南行程中，戴笠再次绕道江西铅山五都拜会顾祝同，商量成立第三战区长官部调查室事宜，得到顾的支持。戴将调查室设于铅山城内万寿宫，并任命毛万里为第一任主任。其任务除监视第三战区的各级将领、搜集三战区的中共情报外，主要是配合中美所东南办事处、忠义救国军、东南挺进军等军统组织的工作。
地处浙西山区的淳安是军统建成较晚的第三个前沿根据地。由于淳安位于新安江畔，深藏浙西山地，背靠皖南山区和赣东北山地的国民党第三战区，故这里成为杜月笙、戴笠合开的“通济公司”前进办事处的所在地，专营从上海采购走私物资到大后方的中转站与阴阳界口。
戴笠在1944年的东南之行中，突然发现淳安的重要战略地理位置，决定进一步将淳安建成对京、沪、杭进行反攻的前沿基地。指示设立军统淳安站，并将中美所前进指挥所设于此处，军统浙江省缉私处、货运处、贡示特别站、忠救军调查室等军统组织也先后迁至淳安或周围地。1年后，这里更成为戴笠组织指挥大接收的前沿大本营。
军统的三大前沿根据地在抗战胜利前夕成为军统的工作中心，戴笠在后期几乎在这三个地区及重庆之间穿梭往来以指挥军统活动，对军统在抗战胜利时的大接收确是起到了前沿和捷足先登的作用。
随着抗战胜利的即将到来，蒋介石不但在政策上，而且在工作部署上，都做出了重大调整。
一方面，对抗战采取避战观战的方针，以达到保存实力，准备内战的企图；另一方面，则在其反共方面进行具体部署，把注意力和工作重心再次转向西北，从抗战前线的大军中分出兵力调往陕甘宁边区，进行封锁围堵，对各战区的中共武装也都予以严密监视，伺机给予打击。对此，就连美国驻华大使馆二等秘书戴维斯都看出了蒋介石的企图，并向美国政府报告说：“蒋介石与日本有勾结的迹象”、“国民政府囤积租借物资，以备内战”，“美国应要求国民政府解除对共产党的封锁”。
1945年初，戴笠执行蒋介石的反共指示，专程到西安视察，与胡宗南商量抗日战争的形势及胜利后的合作问题，并了解部署军统北方区的策反活动与反共措施等工作。
1944年夏，日军发动中原战役，国民党数十万大军望风披靡，军统局在中原和华北地区的特务组织完全垮台。戴笠下令把原晋陕区改组为北方区，其管辖范围包括山西、陕西、河南、河北、察哈尔5省。并派军统大特务、军统华北办事处主任文强任北方区区长，名义上由北方区统一指挥整个华北的活动，实际上对于华北地区的特务组织根本未做恢复的打算，只是要求华北的特务组织除策反活动外，主要是集中力量配合胡宗南的数十万大军对陕甘宁边区进行更严密的监视、封锁及破坏活动，及时根据胡宗南在军事方面的要求，供应关于陕甘宁边区和进步势力方面的情报，并对各地的中共地下组织进行破坏打击等等。
戴笠在西安期间，召见军统北方区区长文强，在询问了对华北五省的策反工作部署后，说：“西欧战场继北非战场而取得胜利，即将决定第二次世界大战的胜利。不论日本如何顽强，失败的命运是挽救不了的。中国的问题不是对外而是对内。对内是与共产党争天下的问题。好在校长胸有成竹，早有准备，前途是必操胜算的。校长将策反任务交给我。我估计华北、东北的汉奸武装不会少于150万，东南、华中约有百万之多，华南约20多万，共计约300万人，战斗力虽不强，摇旗呐喊，不失为一大力量。本局早已注意策略，执行曲线救国，等于将鱼养在池塘里，当下网的时候就撒网，当吃的时候就吃。我手上掌握的近20万游击部队，受过美式训练和持有美械轻装备的已超过10万人。打算在将来反正的汉奸部队中挑选精锐20万人，练成‘戚家军’，一并奉送给胡宗南来统驭打天下。”
由此可见，戴笠此次西安之行，与胡宗南共同分析抗战形势及胜利后合作的问题，都是围绕反共问题而大作文章的。
在西安期间，戴笠抽出时间视察了中美所牛东训练班。该班也是因1944年夏季的中原战役而由河南临汝县风穴寺迁过来的。戴笠感到这个班是唯一设在反共前线的特训班，因而十分重视，并与梅乐斯来该班视察过，强调要把该班办成西北地区训练反共特工武装的基地。
鉴于美军的进攻势头越来越猛，日军在太平洋上的战略要地一个一个地丢失，其海上交通线日益置于盟军舰队、潜艇和飞机的打击之下，因而在沿海的移动与补给受到越来越大的影响。
为此，日本大本营要求于1944年4月下旬从河南境内的黄河北岸发动攻势，1个半月打通平汉铁路，6月至9月打通粤汉和湘桂铁路。这是日军在中国大陆上发动的最后一次大规模进攻，故又称“最后一