1939年10月，陈诚由第九战区司令长官改兼第六战区司令长官。第六战区长官部设在湖北鄂西重镇恩施，任务是防止日军在占领武汉三镇以后，进一步进攻湘西，向川东逼近，因而陈诚负有拱卫重庆政府的重任。
1939年，中国抗战的形势非常严峻。国民党上层人物中的悲观、失败主义情绪十分严重，汪精卫、陈公博、周佛海等亲日派头子公然叛逃投敌。出于对抗战前途的忧虑，第六战区司令长官部的一批青年军官认为中国所以在抗日战事中一败如斯，主要是国民党上层统治集团中有一批贪官污吏、昏庸腐朽的官僚以及亲日降日的军政大员把蒋介石包围，使蒋介石的主张不能贯彻始终。
在这些少壮派看来，倘若要使中国得救，必须进行一次军事行动，把蒋介石身边的那些昏庸腐朽的人物清除出去，使真正抗日爱国和廉洁踏实肯干的精英人材进入高层领导，辅佐蒋介石领导抗战和治理国家。
某种程度上，这些青年军官把陈诚作为理想的辅佐领袖的人材。这次密谋就是“清君侧”计划。这些青年军官深知自己的力量有限，不足以成大事。于是，他们一方面利用部分青年军官进入陆军大学深造的机会，进一步在陆大中寻找知音，以扩张力量；一方面积极与在华帮助中国军队训练的美国军官进行联系，寻求外力的支持。
美国朝野上下也有许多人谴责国民党政府的贪污腐败和无能现象。到后来，美国总统罗斯福的信心也产生了动摇。1943年的开罗会议期间，他直截了当地问驻华美军司令官、同盟国中国战区参谋长史迪威：“你认为蒋介石能支持多久？”
史迪威回答：“如果日军再发动一次1942年那样的夏季攻势，蒋介石就会垮台。”
罗斯福又问：“那么，我们是否应该寻找另外某个人或几个人来支撑局面？”
史迪威表示：“这样的人选很可能都要投靠我们。”
出于美国对蒋政权的失望和“换马”动机，一部分驻华美军人员以及美国战略情报局的特务对中国一些青年军官的“清君侧”的密谋活动逐渐引起重视，并在暗中给予必要的支持。但是，以史迪威为首的美国人不只是要清除何应钦等亲日派将领和政客，而且要彻底倒蒋，建立一个由陈诚、薛岳、胡宗南等青年将领领导的政权。
“清君侧”计划很快被军统人员截获，送到戴笠手上。无疑，这是一份重大的情报，就是撇开戴笠和陈诚的私仇不说，这也是一个极重大的案件。
但是，戴笠经过一番缜密的考虑，决定暂不打草惊蛇，只是由军统组织和特检处加强对六战区长官部及陆大内这批青年军官的监视，以搜集新的证据。
戴笠的考虑是：
其一，军统对这批人的“政变”计划没有完全了解，难以窥视全貌；
其二，这批“政变”分子的中坚只是一些参谋幕僚人员，并不是带兵官，并且主要矛头不是指向蒋介石，可以用一段时间静候他们的发展变化；
其三，也是最重要的一点，目前尚不清楚陈诚有没有牵连在内，在没有抓住陈诚的把柄时，过早出击，会给陈诚以脱身之机，反而功亏一篑。
“清君侧”的密谋活动仍在秘密进行，但是他们的组织工作似乎相当严密，在相当长的一段时间内，特务们并没有搞到更多的情报和证据。然而，戴笠也不急躁，他知道有些事情是需要耐心和时间的。
果然，进入1943年，情况有了转机。
1943年2月，蒋介石命令成立“中国远征军司令长官部”，调心腹陈诚任远征军司令长官。
陈诚就任远征军司令长官后，第六战区仍由他负责，只是由他向蒋推荐调孙连仲暂代。同时，陈诚又从六战区司令长官部带了一大批人员到楚雄组建远征军司令长官部。这样，一批策划“政变”的青年军官开始渗透进远征军司令长官部，并在这里继续进行计划并组织实施。在不长的时间里，青年军官们已经拟定了“政变”的组织章程、行动计划，并决定将行动时间定在“西安事变”7周年纪念日——1943年12月12日举行，这的确是意味深长的。
但是，这批青年军官忽视了一个重要问题。原先，六战区司令长官部偏处鄂西一隅，交通闭塞，军统势力难以渗入。而远征军司令长官部距昆明仅100多公里，云南是军统力量经营多年的地方，人员集中，势力雄厚，况军统对策划“政变”的青年军官早有监视，因此，军统云南站很快将青年军官们的“政变”组织章程、行动计划以及行动日期搞到手。特别是戴笠查清了在这批青年军官中有一名与陈诚关系密切的亲戚。
这时戴笠认为，打击陈诚的时间到了。一方面他当时已与胡宗南、汤恩伯联盟，自己的实力大大增强，而陈诚是“三王”集团的主要政敌，必须首先给予打击。另一方面距离这批青年军人发动“政变”的时间越来越近，必须先下手为强，否则一旦贻误时机，将遗患无穷。
于是，戴笠带着这一案件的全部案卷，亲自向蒋面报，并在暗中透风给何应钦，要