对一些年轻气盛的大特务，戴笠不但予以责骂训示，而且故意降级使用，以磨其锋芒。军统大特务毛万里曾任军统北平区站长、区长，1939年调重庆中央高级干部训练班受训后回到军统等待分配。戴知其恃才傲慢，好高骛远，就将他分配在重庆卫戍司令部稽查处当一名上校秘书。毛万里内心不服，大闹情绪，又遭戴笠一顿痛骂，说：“万字头上两只角，我是磨角人。”毛万里知道跳不出戴笠的手心，只得收敛锋芒，老老实实在稽查处干了几年，才得到调升外放，成为独挡一面的大特务。
骂人之外，戴笠惩处特务的方法是撤职查办。在军统内部，大特务们受到撤职可以说是家常便饭。赵世瑞被骂过之后，因恶习难改，坚持要讨小老婆，被戴笠一纸手令，免去缉私总处副处长的本兼各职，解甲归田。受到过撤职或免职处分的还有不少将级大特务，有的还被关押过。
至于中、小特务因失职或违反团体纪律被撤职、关押的更是不计其数。戴笠在西安一个会上，就曾经当场宣布将私自结婚的姜维世和陈友桂一对军统夫妇给以关押五年的处分，以维护戴笠宣布的军统特务抗战期间不准结婚的禁令，自此以后，特务们均采取秘密结婚的办法，或谎称是从故乡来的父母包办婚姻，在沦陷区的特务则申请结为“工作夫妻”。
关押军统特务，是戴笠处置违纪特工的最严厉的一着，其关押的地方，也根据其罪行等级有所区别。罪行较轻的关在望龙门看守所，特务们称之为“小学”；稍进一步则关押到白公馆看守所，谓之“中学”；罪行很大的则关到息烽集中营，谓之“大学”。
对于息烽集中营，军统特务沈醉在1941年5月8日的日记中曾有过一段记述：“明选等纵谈息烽在押之人犯种种惨事，闻之使人抱无限同情，尤使人惊心胆小。对今后一切更不能不立稳脚跟，那儿真不是开玩笑的，越听越使人恐慌。人世间之惨举，一幕幕如摆在眼前。诸事留心，不自由的生活真太惨！”
在1942年3月6日的日记中，沈醉又写道：“睡前谈杨（阳）朗坝之惨事太多，神经方面不无影响。为人莫犯法，犯法身无主，思之每为悚然。”
“管”不住，戴笠的手法就是加木为“棺”。抗战初期，戴笠为了整肃内部，表示军统的廉洁，即使是对一些罪不至死的特务，也动辄判处死刑。贵阳邮检所一个女特务因贪污了几十元汇款，由戴笠亲自审问后处决。当时这名女特务正怀孕，挺着个大肚子，向戴笠哀求能让她把孩子生下来再去死，戴笠也未答应。
戴笠对军统中、小特务有生死予夺之权，可以不经过蒋介石批准而处死。但有时为了沽名钓誉，在蒋介石心目中取得一个“治理严格”的名声，有意把一些具有宣传效果的案件报请蒋批准。
1940年春，戴笠的随身警卫员王春泉负债与财政部女职员李琼私自结婚，后为还债，借用军统局车队名义，私收重庆商行的运货定金。事发后，被戴笠以诈骗罪处以死刑，向蒋报告后，公开执行枪决。
同年冬天，戴笠的汽车驾驶员马福玉受命去浙江给局本部运一批贵重药品回重庆，因受局本部汽车队长黄四钦之托，顺便帮他夹带一箱走私的文具到重庆贩卖，被宪兵团查获。戴笠闻讯，认为马福玉丢了军统的面子，污了军统的名声，立即下令将马福玉扣押，送交军法处。经审讯后由戴笠亲自判处死罪，报蒋介石批准。
马福玉为戴笠安全开车十年，忠心耿耿，很得戴笠赏识，现在竟因受人之托带一箱走私文具而成死罪，毛人凤、张冠夫不免可惜，于是向戴笠求情，免其一死。戴笠回答说，我报批马福玉的死刑，是为了促批王世和外甥那个案件。结果，王世和外甥没有扳得倒，马福玉却被蒋介石批示枪决，在重庆西区公园执行。马福玉终为王世和外甥而枉送一命。
在抗战前期被戴笠关杀最多的，还是因贪赃枉法而犯案的。即使对一些出身权势之门的特务，戴笠也毫不手软。
一次，某中央委员因其子在军统供职时贪污被押，其人访戴笠要求宽大处理。戴笠虽然政治地位远不及中央委员，但权势之大又是中央委员不及的。结果，戴笠当面应允，待这位委员刚回到家，即报其子已被枪决。
还有一次，临训班一名教官调重庆工作后，偷窃同事公款三千元，事发后戴笠下令枪决。行刑时安排得别开生面，先让该教官去篮球场打球，一球在手举起，行刑人员的枪声已响，人即倒下。
事后，戴笠还说这是为了“不使殉法者以精神上的痛苦”，实际是杀鸡儆猴，威慑其他军统特务，使各位都听他的。
抗战期间，戴笠为了整肃内部，到底枪决了多少特务，实无从统计。据说，在军统成立十周年召开的“四一”大会上，戴笠曾将殉职者与殉法者的照片都在会场陈列起来，两种人加在一起，约五百多人。可见所谓殉法者，当不在少数。
戴笠为了笼络人心，对被处决的特务家属，给以与殉职者同样优厚的待遇，对其子女的抚恤也从厚从优，以此表示“团体”的关怀和“家长”的慈悲。