“军统”和“中统”是国民党的两个最大的特务组织。其特务活动范围虽未正式划分，但各有中心任务。蒋介石认为，戴笠是黄埔军校学生，所用干部也大都是军校学生，专搞军事情报、监视国民党军队，以及为他排除异己，从事绑票、暗杀等一类活动，较为适宜；而“中统”在搞政治党派斗争以及文教界方面的活动较为熟悉。然而，军统头子戴笠，千方百计派人打入共产党内部进行破坏，想在反共活动中大显身手，争夺头功，为此，曾多次与“中统”发生摩擦。当时许多中统特务骂军统“不务正业”。
1938年，“军统”迁往重庆，选定中二路罗家湾原重庆市警察局警士教练所为局本部办公地点。后经几次扩建，成为一组庞大的办公和宿舍区。原来大门对着枣子岚垭，以后把大门开在中二路，原来的大门便成了后门。共占地二百亩左右。
旧的军统局二处，发展至1937年，直属工作单位已有六个区、二十余站、一百多个组队，在编工作人员，已达三千六百余人，拥有电台约二百座，分布在全国各地。控制和利用的公开单位，仅警察机关，就多达四十个以上。
军统局迁渝以后，戴笠呈准蒋介石，逐步调整机构，加倍扩大编制。开始时，内部设有四处四室，十六个以上的科，另有一个设计委员会，两个训练班，一个有系统的电讯机构。外勤设三十余个区站，约三百个工作组队。还有特务武装“忠义救国军”和一些难以数计的直属工作组。其基本工作人员，约有七千人左右。最多时，内部扩建到十个处。即：第一处为秘书处，第二处为情报处，第三处为行动处，第四处为电讯处，第五处为译电处，第六处为总务处，第七处为人事处，第八处为会计处，第九处为警卫处，第十处为训练处。此外，还有二十余个相当于处的室、区、组、委员会等机构。外勤区站及直接控制利用机构也随之不断增加。然而，军统机构从无固定，根据戴笠的需要，时多时少，随意变动，有时连人事部门亦难以掌握。
特务总队是专门担任军统内部、中美特种技术合作所和军统有关单位的武装警卫、便衣警卫，以及在各集中营担任看守和杀人刽子手的。它有三个武装大队、一个便衣中队和1个看守所。看守所设在重庆望龙门两湖会馆，是临时囚禁革命人士和违纪军统特务的地方。在这里审讯时便于使用各种惨无人道的酷刑。审讯完毕后，分别送进各集中营去长期囚禁或杀害。军统特务们称这个看守所为“小学”，因为戴笠把被禁闭的特务称作“修养人”。先经过这所“小学”，才能进到“中学”和“大学”里去长期“修养”。被特务们称为“中学”的集中营设在重庆磁器口小歌乐山北面的白公馆看守所。这是四川军阀白驹在抗战前修建的一所叫“香山别墅”的两层楼房，后被军统占用做看守所。叶挺将军就曾在这所房子里被囚禁过几年。1944年后，中美合作所的美国特务看中了这所房子，要做宿舍，戴笠便在中美所西端渣滓洞煤炭厂旧址另建了一些房屋，把白公馆的犯人全部移到那里。
白公馆后面洪炉厂山坡上，还有一些单独的平房，是囚禁个别重要政治犯的地方。
被军统特务称为“大学”的息烽监狱，是军统设在贵州息烽县阳朗坝的一所规模最大的集中营，可以囚禁四、五百人。中共四川省委车耀先、罗世文及马寅初等许多中共党员、进步人士都在这里被囚禁过。
另外，在西安冰窖巷还设有一个西北看守所。因当时在西北地区被捕的中共人员和去延安参加抗日的爱国人士很多，除了在胡宗南的青年训导大队、劳动营等集中营囚禁外，重要的都送进这个看守所。
这些看守所，除囚禁中共人员和进步人士外，还把军统违纪特务也送进去关在一起。这种混合囚禁，实际上是个阴谋。这样做既可利用特务们监视牢房内的革命人士，了解一些用酷刑拷打所得不到的情况，又给犯错误的特务一个立功机会。有的特务被判了长期徒刑，往往很快恢复了自由，并继续得到重用或提升，这便是在囚禁中替他们做了工作。当然这种事情并不多见。大多数忠贞不屈的革命者，是经过酷刑而不叛变的。中共四川省委车耀先、罗世文两位烈士被囚禁多年，特务们用尽了一切办法都没有收到效果。息烽监狱主任周养浩不得不亲自出马劝说，然而得到的答复是：“我不能出卖良心和人格。”那时候，只要在这些集中营关上两三年，没有一个不被折磨得身体残废或瘦弱不堪的。
1943年以后，为了加强军统在重庆的反共反苏活动，破例成立两个小组，由军统局局本部直接领导：一个是设在重庆水巷子一号的“特别侦察组”，另一个是“外事侦察组”。军统凡是加“特别”两字的单位，都是干些见不得人的勾当的。这两个组几乎完全由戴笠、毛人凤亲自指挥。特别侦察组的主要任务，是对付当时在重庆的中共许多组织，千方百计派人打进《新华日报》、新华书店，以及八路军和中共办事处等组织。当时监视中共在重庆的机构和负责人，本来已经有稽查处、警察局、刑警处、渝特区的重庆组、化龙桥组等不少公开和秘密单位，但戴笠还嫌不够，