熊野寺的主持拥有一本日本武功的秘籍，从不示人，一个名叫上野守直的武士千方百计想得到它。
忍者堀川奉令行动，他打听出秘籍收藏在寺内一间小建筑里，寺庙戒备森严，无法进入。于是他花了七个月的时间，挖了一条地道通到小建筑底下，这时才发现，该屋建在一块大石头上，根本无法挖通。
可熊野寺主持已经发现有人在挖地道想盗秘籍，他派人在地道口突然用火攻，将堀川活活烧死。
上野又派了另一名忍者八郎去盗秘籍。
八郎长得年轻貌美，且能歌善舞，他被当作侍童招进寺里，心术不正的僧侣将他打扮一番，当作同性恋的泄欲对象。
八郎终于引起了熊野寺主持的兴趣，两人也勾搭上了，八郎巧妙地利用副主持的嫉妒，打听出主持是是半夜躲在密室用很幽暗的灯光来读秘籍的。
一天晚上，当主持在密室幽光下读秘籍时，八郎像猫一样潜入密室，勒死主持，将秘籍收入圆筒，立时飞遁回去复命。
迫不及待的上野守直从八郎手中抢过秘籍，根本不理睬八郎向他讲述熊野寺主持在密室暗灯下阅读秘籍这一重要细节，自顾自走进房间，把秘籍从金属筒内取出，摊在阳光明亮的小桌上阅读。
奇怪的事发生了，还不等他看完第一段，整个秘籍的文字就开始褪色，这第一段讲的正是说明该秘籍是用一种一见光就消失的特殊墨汁书写的。
告诫秘籍的主人不要让它见光，否则文字会全部隐形消失。
一部具有极高价值的秘籍就这样被毁掉了，但忍者们在盗秘籍中所采取的各种非常手段却使人难以忘怀。
由于忍者们干的大都是涉及到上层权力争斗的秘密事件，而且危险性相当大，因此他们当中一部人的结局往往十分可悲。
危险首先来自雇主。这些阴险毒辣的社会头面人物在不择手段达到自己的目的后，怕事情内幕泄露，经常可能将执行任务的忍者杀死灭口。
忍者虽然本领超人，但难免有失算的时候，有一个忍者冒着夏日的酷暑，潜入一个诸侯住宅的地板后，一动不动准备偷听诸侯内宅的密谈。但在傍晚时分，被一个卫士察觉，卫士用长矛刺穿地板，将藏匿在下面的忍者杀死。原来夏日的蚊子围着忍者叮咬，忍者虽然没有发出任何声响，但嗡嗡叫的蚊子却暴露了他的行踪。
忍者最可怕的敌人是武士。武士在明处，忍者在暗处，防不胜防，故武士最憎恨忍者，忍者一旦被武士捕获，必然受到最残酷的刑罚处死。
活剥皮就是酷刑的一种，皮肤被一片片剥下来，极其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是绝对不肯让武士活捉的。这里讲述一位最富有传奇性的忍者的遭遇。
这位忍者名叫猿飞，因为他有象猿猴一样在树上攀援飞跃的本领，来去无踪；同时他徒手格斗的武功也很好，人们根本无法捕捉他。
有一次他被派去侦察住在某城堡中的一个将军，偷听到将军和一位大臣的密谈。
可当他离开城堡时被守卫发现，他立即跃上城墙，巧妙地避开了追赶的人，但当他跳落花园时，踩上了一只暗设的捕熊钢夹，将他的腿紧紧夹住。
这时将军手下的卫士围了上来，猿飞见状，一刀将夹住的腿砍断，单脚逃了很长一段距离。可终因失血过多，难以支持。
猿飞见卫士越来越近，知道自己没有希望逃脱，便索性站定、大声辱骂了追赶他的卫士，用剑毁掉自己的面容，使人无法辨认，然后挥剑砍断自己的的脖子。一个闻名遐迩的忍者就这样可悲地结束了自己的一生。
战国时代中，虽然同为大名服务，不过忍者和武士的身份分别可谓是台前和幕后，夸张的一些甚至是天上地下如忍者是家奴武士是家臣，但其实也要看具体情况而定。
忍者虽然本领超人，但执行任务中也经常有失算的时候。有一个忍者冒着夏日的酷暑，潜入一个诸侯住宅行刺。为了不发出声响他硬是用手在土中挖洞，用了十几天的时间才潜入室内的榻榻米之下。就在即将大功告成的时候，他身上的汗臭找来了苍蝇和蚊子，昆虫的嗡嗡叫声引起一个卫士的怀疑，于是卫士抽刀向下刺穿地板，将藏匿在下面的忍者杀死。
那些幸存下来的忍者当中一部分人也往往很寂寞的了却残生。
为何伊贺与甲贺的忍术如此发达呢? 伊贺与甲贺离京都跟名古屋算是很近，而且位在重山险阻围绕的封闭小盆地里，自成一个小天地。可是在战略上的位置却是十分的重要。因为靠近日本的中央近畿地带，所以受到京都的文化影响蛮深的。神社，寺院，庄园都很多。在后来庄园制度崩坏的时候，土豪们就一个个崛起。
忍者，简单的解释就是在古代日本一种受过特殊机构施以特殊忍术训练而产生出来的特战杀手、特战间谍。
其所呈现的是属于“派系组织性的单位”形态。
而这种“组织性的单位”有很多门派分布在日本各地，有官方及非官方性质的。
基本上忍者这