6月11日偕同日本友人宫崎寅藏等自横滨乘船赴香港。孙中山对李鸿章怀有警惕之心，到港后只派宫崎代表他进省接洽，他本人则转到西贡等候消息。李鸿章一向对义和团主剿，对外国列强主和。7月间，清政府电召李鸿章北上，担任议和大臣；李决意北上，两广“独立”的计划遂告破产。不久，孙中山从西贡再次到香港，在轮船上召开军事会议，决定由郑士良等赴惠州准备起义，邓荫南、史坚如等赴广州准备组织策应，杨衢云、陈少白等在香港担任接济饷械事务。孙中山并已同菲律宾独立军代表谈妥借用其存贮日本的武器供惠州起义之用；日本台湾总督儿玉源太郎也答应予以协助，因此会后孙中山即转道日本赴台湾准备接应起义军。
9月，郑士良在惠州的三洲田（广东惠阳）集合会党群众600余人，准备发动起义。风声泄露，清署两广总督德寿迅即派水师提督何长清率虎门防军进驻深圳，陆路提督邓万林率惠州防军进驻镇隆，准备夹击三洲田的革命军。郑士良感到起义已不能再延，亲赴香港，电请孙中山火速接济武器。孙复电令起义军冲破清军拦阻，到距台湾最近的港口厦门接收武器。当郑士良赴香港之际，何长清已移驻沙湾，拟进横冈以取三洲田。
10月8日夜，起义军统领黄福亲率冲锋队80人袭击清军于沙湾，击毙清军40余人，夺得洋枪40余杆，子弹数箱，并拟乘胜取广州。此时郑土良带回孙中山的指示，全军遂改道东向，直趋厦门。15日起义军在镇隆再败清军，生擒归善县丞兼管带杜凤梧，夺得洋枪700余杆，子弹5万发。以后起义军又在永湖、崩岗墟连败清军。起义军所经之地，人民燃放爆竹迎送，踊跃投军参加。21日起义军抵达三多祝时，队伍已扩充到2万多人，准备直指厦门，迎接总部的给养援助。
这时孙中山才发现从日人手中取得的菲律宾独立军的军械全部是无法使用的废铁，同时已改组的日本内阁也严禁武器出口，不许孙中山从台湾进入内地。孙中山只得派人将情况通知郑士良。22日，日人山田良政等持孙中山手书赶到三多祝前线。孙中山手书指出：“政情忽变，外援难期；即至厦门，亦无所得。军中之事，请司令自决进止。”郑士良只好将起义队伍解散，率少数人退往香港；山田良政在归途中因迷路为清军所擒，被害。
当起义军苦战惠州时，史坚如在广州屡谋响应，皆因准备不及，未能如愿；遂决定孤注一掷，暗杀两广总督，以补未及起义之不足。10月28日，他引燃预埋在抚署衙门附近地下的炸药，震坍抚署后围墙一角；德寿却只从床上震落地面，并未受伤。31日，史坚如在赴码头途中被清军逮捕，不久在广州壮烈牺牲，年仅21岁。