起义原定于8月9日在汉口发动，拟以汉口为中心，湘、鄂、皖各地五路兵马同时响应，但因康、梁等人允诺的汇款迟迟未到，自立军粮饷无着，起义日期只得后延，待款而动。
然而，因长江沿岸戒严，安徽大通自立军前军未能接到起义延期的通知。秦力山、吴禄贞等人于8月9日准时起义，一举轰毁大通盐局，击毁盐局轮船、厘卡炮船多艘，夺得炮船8只，占领了大通县城。两江总督刘坤一、安徽巡抚王之春急调湖北、安徽两省清军全力进剿，另派3艘兵轮驶入大通江面进行堵截。经三天战斗，义军伤亡惨重，秦力山、吴禄贞只好率众退往九华山，随后解散义军。大通起义就此失败。
8月9日当天，唐才常从上海溯江西上，抵汉口指挥起义，但因炮械延误，起义时间一拖再拖。这时大通起义失利的消息传来，湖北清军又蠢蠢欲动。唐才常、林圭等人默察形势，决定破釜沉舟，于8月28日在汉口起义，湘、鄂各地同时并举，计划汉口自立军先夺取汉阳兵工厂，解决武器装备后一举占领武汉三镇，然后挥师西安，救回光绪帝（此时由于八国联军攻陷北京，光绪随慈禧逃往西安）。
湖广总督张之洞对自立军的活动早有了解。义和团兴起后，英国一面极力拉拢张之洞结成“东南互保”，一面策动康有为指使自立军拥立张之洞在长江流域宣布独立，建立“东南自立之国”。唐才常、林圭等奉康有为旨意，也曾劝说张之洞宣布独立，脱离清政府。在清廷、英国和自立军三者之间，张之洞反复权衡，态度暧昧。但到自立军起事前，慈禧与光绪已从北京安全逃往西安，清政府得以苟延残喘，于是张之洞决计剿灭自立军，并将这一决定通告英国驻汉口领事傅磊斯。
英国此前也暗中支持唐才常，有意把自立军作为可资利用的肢解中国的途径之一。但此刻八国联军正与清政府洽谈媾和条件，对慈禧采取“保全主义”；同时英国也惧怕自立军起义动摇它在长江流域的统治秩序，故转变态度，支持张之洞扑灭自立军。
8月21日晚，张之洞下令清军包围唐才常、林圭在前花楼街宝顺里4号的住所和设在汉口英租界内李慎德堂的自立军总部，并于次日清晨逮捕了唐才常、林圭等30多人，查获自立军大批军械、印章、书札及“富有票”等。次日清晨，唐才常、林圭、傅慈祥等20余人在武昌紫阳湖畔被残酷杀害。
退往九华山的秦力山、吴禄贞得知唐才常等人被害后，立即解散部队，分别潜伏。新堤自立军右军一部及湖北蒲圻、麻城、沙市、巴东和湖南常德、岳州等地的自立军及会党组织也曾举行起义或开展零星、分散的斗争，但在张之洞严厉镇压下也相继失败。
唐才常领导的自立军是资产阶级革命派、保皇党及各地会党等诸多社会力量组成的联盟武装，其成立伊始，政治纲领就自相矛盾，宗旨模糊，兼之对英帝国主义和洋务派官僚张之洞抱有不切实际的幻想，因而起义未给清政府造成沉重打击即迅速失败。但自立军起义是戊戌变法后在长江流域掀起的有10多万人参加的武装斗争，锋芒直指掌握清朝实权的后党顽固派，在当时具有进步意义。这次起义还吸引了革命派参加，导致了保皇派的分化和革命派的发展，为推动两湖地区资产阶级民主革命运动创造了条件。
两宫太后“庚子西狩”
1900年8月10日，八国联军大败屯军河西务的李秉衡军，清廷知联军不可阻挡，攻陷北京乃迟早之事，遂下诏“西巡”，并准备车辆。12日，慈禧太后令赴使馆求和，朝臣个个推辞，均不敢往。13日，八国联军进逼北京城下，皇宫日夜不安。14日，八国联军攻城，外城破。清军退人内城，与八国联军展开激烈巷战，城中大乱。慈禧太后忧心如焚，一日召见朝臣五次。朝臣越到越少，夜深12时召见，只王文韶、刚毅、赵舒翘三人到。慈禧不禁垂泪道：“只剩你三人在此，其余均舍我母子二人而去，你三人务必随驾西行。”三人诺诺。
1900年8月15日晨，内城巷战更紧。慈禧换上蓝布衫，梳汉式头，扮作乡下农妇。光绪换上黑纱厂衫和黑布短裙。慈禧诏令妃嫔不准随行，并不顾光绪泣求，推珍妃于井中，而后出西华门奔德胜门，出德胜门西奔而去。太后和光绪均乘驴车，同行人很少，只有太监数人步行相随。沿途不时有人赶上同行，到怀来县时，已有载漪、奕勖、载勋、刚毅、王文韶等大臣10余人，各部司10余人，护驾将士200多人。这一日，两宫等忙于逃难，滴水未进。护驾将士以随驾为名开道，驾尚未到，乱兵已至，抢的居民铺户，处处皆空。銮驾未到，民户已跑光，食物已抢尽。当晚抵贯市，两宫等已饿了一天，有民户献上麦豆，众人捧在手里吃了。当晚住在清真寺中，天冷无卧具，村妇送来未干的布被，两宫只好将就铺上睡下。贯市富商李姓，请圣驾喝小米粥，并奉上三乘驼轿，两宫和皇帝这才吃顿饱饭，免了乘驴车之苦。
16日，两宫携皇帝再行，白天酷热，行路很苦，傍晚才到居庸关。整整一日，两宫只吃了两个鸡蛋，其他人却都饿着。17日，抵怀来县，