义和团的口号是“扶清灭洋”、“助清灭洋”等，这些口号是当时帝国主义同中华民族的矛盾上升为中国社会最主要的矛盾的产物，是反对帝国主义侵略、反对封建主义压迫的朴素情感的反映。“灭洋”显示出义和团对帝国主义及洋教势力的切齿痛恨，是中国人民要求民族自立的精神体现；“扶清”则表明义和团对清政府抱有幻想，对帝国主义与清王朝互相勾结的反动本质认识不清，以致后来为清廷所利用，走入歧途。
义和团在山东迅猛发展引起西方列强和教会势力的恐慌，德、美等国逼迫清廷罢免了毓贤，于1900年初，任命袁世凯署理山东巡抚。袁一上任即发布《查禁义和拳匪告示》，严厉镇压和防范各地人民反帝斗争，山东义和团运动转入低潮。
1898年前后，义和团运动逐渐波及直隶的大名府、冀州、深州、景州等地。1900年初，义和团在山东受挫，转移到直隶，并迅速发展壮大，逐渐形成以天津、北京、保定三角地带为中心的战斗基地。同年4月，义和团在北京设立坛口，利用揭帖、谶语、预言碑等形式广泛揭露帝国主义侵略罪行，吸引群众参加反帝斗争。同时，保定府和天津城内的义和团组织也逐渐增多：在静海，有以张德成为首的“义和神团天下第一坛”和以曹福田为首的“署理静海一带义和神拳”；在新城，出现了王成德、宋福恒两支义和团队伍。这些都是直隶地区举足轻重的反帝力量，后多进入天津，在抗击八国联军中起到了重要作用。5月，北京西南直隶滦水县高洛村及附近义和团民进攻村中教会武装，在石亭镇大败前来围剿的清军，一举进驻涿州城，向北京挺进。
在直、鲁义和团影响下，反帝怒潮遍及全国，东北、河南、山西、内蒙古、陕甘及江南一带人民群众反帝斗争也蓬勃兴起。
义和团运动在全国普遍高涨更加引起帝国主义列强的恐慌。他们一面威逼清廷派兵镇压，一面开始酝酿对华直接武装干涉。1900年4月，英、美、德、法四国联合照会清廷，限两个月内将义和团——律扫平，否则将派兵来华“代为剿平”。6月，英、美、德、法、俄、意、日、奥八国以保护公使及在华洋人为名，派兵400多人进抵北京，大批侵略军也相继开往中国，积极进行战争准备。此时清廷在对待义和团问题上逐渐形成主剿与主抚两派，在对待八国联军态度上也逐渐形成主和与主战两派。主剿派以荣禄、奕勖、许应揆、徐用仪、袁昶等人为代表，主张镇压义和团以换取列强撤兵，极力反对与八国联军宣战。这一主张得到了李鸿章、张之洞、刘坤一等地方实力派的支持。主抚派以载漪、载澜、刚毅、徐桐、赵舒翘等人为代表，主张招抚义和团以抗拒八园联军，目的是利用义和团阻止英、美等国扶持光绪帝，进而实现废立阴谋，确保傅僬早日继位。掌握清廷实权的慈禧太后感情上倾向主抚派，却又惧怕与列强开战，因而在剿与抚、战与和的问题上一时举棋不定。她一面派聂士成率清军赶往芦保铁路及天津附近围剿义和团，以消弥列强发动侵华战争的借口；一面派刚毅等赶赴良乡、涿州等地探查义和团虚实，妄图加以利用。结果聂士成率领的清军遭到义和团有力抵抗，事实上已无力阻挡反帝运动的迅猛发展；刚毅通过观察看到义和团的强大，力劝慈禧因势利导，进行招抚。慈禧几经犹豫后，终于承认了义和团的合法地位，默许其进入北京。于是5月上、中旬，大批直隶义和团涌人京、津两地。至下旬，天津已有坛口300多个，团民约4万人；北京有坛口1000多个，团民10万多人。
义和团涌人京、津后，开始焚烧和捣毁教堂，惩处传教士及不法教徒。外国侵略者惊恐万状，在北京使馆区和天津租界构筑工事，蓄意屠杀义和团民，同时增派大批联军进犯北京。6月10日，英国中将西摩尔统帅英、德、俄、美等八国联军2000多人从天津租界分批向北京进犯，挑起八国联军之役。京、津各地义和团立即拆毁铁路，破坏电讯交通，配合清军在廊坊车站与侵略军激战，迫使其退回天津租界。从6月16日起，慈禧几次秘密召开御前会议，讨论与列强和战问题，主战主和两派争吵激烈。载漪为促使慈禧宣战，伪造了一个列强要求她归政的照会。慈禧见后大怒，遂下决心不顾一切与列强反目。6月17日，八国联军攻占大沽炮台，打通了海上至天津租界的运输线。20日，德国公使克林德在北京被清军击毙。当日下午，清廷决定与各国开战，命清军与义和团一起包围、攻打各国使馆及西什库教堂。各国使臣、侵略军、传教士及教民凭借坚固工事，负隅顽抗。次日，清廷正式向列强宣战，嘉奖义和团为义民，令英年、载澜、刚毅办理义和团事务。北京义和团开始被封建顽固派利用，走上歧途，成为他们报复洋人的工具。至22日，奥地利、荷兰、比利时、意大利等国使馆先后被焚。清廷与列强宣战，客观上促进了义和团运动的发展，反帝烈火在全国迅速蔓延，江南地区会党组织和广大民众也开始投入反帝斗争。
两江总督刘坤一、湖广总督张之洞极端仇视义和团，不顾清廷宣战谕旨，指使上海道余联源在7月3日与上海各国领