9月2日。清廷诏准自1906年起废科举。本日，清廷沼准湖广总督张之洞、直隶总督袁世凯请废科举以推广学校的上奏，下令自1906年起废科举，兴学校，将育人取材合于学校一途。至此，中国历史上延续了1300多年的科举制度最终废除了。清廷在废科举的谕旨中说：“三代以前，选士皆由学校，而得人极盛，实我中国兴贤育才之隆轨，即东西洋各国富强之效，亦无不本于学堂。方今时局多艰，储才为急，朝廷以近日科举，每习空文，屡降明诏，饬令各省督抚广设学堂，将俾全国之人，咸趋实学，以便任使，用意至为深厚。前因管学大臣等议奏，已准将乡会试中额，分三科递减。兹据该督等奏称，科举不停，民间相率观望，欲推广学堂，必先停科举等语，所陈不无为见。着即自丙午科为始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试，亦即停止，其以前之举贡生员，分别量予出路，及其余各条，均着照所请办理。总之，学堂本古学校之制，其奖励出身，又与科举无异。历次定章，原以修身读经为本，各门科学，尤皆切于实用。是在官绅申明宗旨，闻风兴起，多建学堂，普及教育，国家既获树人之益，即地方亦有光荣。经此次谕旨后，着学务大臣迅速颁发各种教科书，以定指归而宏造就。并着责成各该督抚，实力通筹，严饬府厅州县，赶紧于城乡各处，遍设蒙小学堂，慎择师资，广开民智，其各认真举办，随时考察，不得敷衍瞻徇，致滋流弊，务期进德修业，体用兼赅，共副朝廷劝学作人之至意。”
拒约会领导人马达臣等3人在广州被捕。先是，美国总统罗斯福的女儿艾丽斯与美国国防部部长塔夫脱等人要来中国游历，他们进入中国的第一站就是广州，将于近日到达。官方整顿市容，准备迎接，而广州市民则在街上张贴不欢迎的标语。两广总督岑春煊张贴告示，令撕去一切张贴，调查张贴者，严行惩办。美驻广州领事照会岑春煊，说拒约会鼓励人民张贴标语，让岑春煊查办。本日，岑春煊命广州知府和南海、番禺两县令，乘抵制美国华工禁约的拒约会开会之机，将其领导人马达臣、潘明信、夏重民逮捕。
9月3日。周馥奏准江北提督管理鲁、皖两省边界处捕务。江北幅员辽阔，中属安徽辖境，北接微山湖系山东辖境，一直是盐枭盗匪出没之区。向来两省捕务不相关照，以致匪类此拿彼窜。因此两江总督周馥奏请以后凡安徽、山东两省边界相连江北各州县的缉捕重要事件，由江北提督就近管理。清廷批准。
宋教仁在东京将《二十世纪之支那》杂志社的财产、印信等移交给同盟会接收代表黄兴，孙中山出席监收。
美国总统罗斯福之女艾丽斯乘船抵达广州，随行者有美国国防部长塔夫脱及议员30多人。
9月4日。清廷任命刘式训为出使法国大臣，周荣曜为出使比国大臣，黄诰为出使意大利大臣。
清廷将奉天府府丞兼学政改为东三省学政，奉天府府丞一缺被裁撤。奉天府府尹兼巡抚一缺，也被裁撤，所有府尹原管事务，均由赵尔巽认真管理。
9月5日。日俄两国在美国签订《朴次茅斯条约》。俄国被迫将中国旅顺、大连的租借权，长春至大连间的南满铁路及租借地，连同铁路沿线的一切权利让与日本，而保留自己在中国东北北部的权利。这是一个背着中国政府而签订的分赃条约。从此，日、俄就以长春为界，分割了中国东北三省，形成了南满北满对峙的局面。
日本驻华公使内田康哉拜见总理外务部庆亲王奕，告以日俄和议成立情形，又转述日本对于满洲善后问题之意。
9月6日。清廷饬令会议藏约大臣唐绍仪回京。
9月7日。两江总督周馥命苏州、江宁两地各拨银3000两救济上海遭受风暴潮水灾的难民。
9月8日。孙中山派冯自由、李自重到广州、香港、澳门等地联络同志及主持同盟会接收会员与筹建同盟会支部分会。不久，把香港兴中会改组为同盟会分会，陈少白任会长。
曾铸致书美商，指责美使胁迫清廷压迫拒约风潮，要求美国修改条约。
上海寰球学生会召开大会讨论抵制美华工禁约问题。
著名艺人汪笑侬为抵制美华工禁约，上演新编剧目《苦旅人》。
9月9日。中英在汉口签订《香港政府粤汉铁路借款合同》。参加签订人员，中方为湖广总督部堂张之洞；英方是汉口英领事。上月清廷从美国手中赎回粤汉铁路，这次又向香港英政府借款修筑，由香港政府借与湖北、湖南、广东3省共110万英镑。全文共10条。
上海士绅集议，选举董事创办地方自治，为全国首次举办地方自治之创例。
9月11日。清廷任命长庚为伊犁将军。
江宁布政使黄建、江苏布政使效曾缘事解任。
清廷下令各省学政专司考校学堂事务，以后学政事宜统归学务大臣考核，不再隶属礼部。
清廷以汪大燮为出使英国大臣。
驻京日俄两国公使照会清外务部：日俄和约签押，两国准将东三省境内兵