督周馥即于次日致电安徽巡抚诚勋，要他妥善处理此事。最后恽毓龄不得不收回开除学生的成命，学生也于29日复学。
中国教育会召开会议，选举蔡元培为会长，钟宪鬯为副会长。
两江总督周馥委任关炯之代理会审公廨谳员。
6月26日。广东学政朱祖谋开缺，以于式枚继之。
扬州士商会议抵制美“华工禁约”。
山东潍县煤矿发生爆炸，矿工死亡数人。
6月27日。清廷定于阴历六月初二日（7月4日）在保和殿考试出洋毕业学生。
清廷定于在仁寿殿行万寿圣节礼仪，停止筵宴。
袁世凯奏请各省禁止抵制美货。
6月29日。清廷准大学士崇礼因病开缺。
6月30日。王文韶被开去军机大臣一职。大学士王文韶当差多年，勤劳卓著。现年逾七旬，每日上朝，起跪十分艰难，清廷体恤他，因此开去他的军机大臣差使，让其休养。
清廷命兵部左侍郎徐世昌入军机。
清廷调善耆为镶蓝旗满洲都统，以讷勒赫为镶黄旗蒙古都统。
本月。汴洛铁路（开封一洛阳，长183.8公里）开工。
四川打箭炉境内泸定桥竣工。
俄国新任驻华公使璞科第抵任。
内蒙古准格尔旗蒙古族牧民反对出卖草地作为教案赔款，在丹丕勒率领下起义，烧毁垦务局。
7月
7月1日。清廷命兵部左侍郎徐世昌任政务处大臣，并与铁良同为会办练兵事宜。
7月2日。袁世凯、张之洞、周馥联名奏请于12年后实行立宪，并派亲贵大臣分赴各国考察政治。
中国与各国交换《付还赔款办法来往照会》。本照会在北京交换，包括《外务部致驻京各国公使照会》、《驻京各国公使致外务部复照》。外务部照会规定了庚子赔款赔付以来所欠各国的欠款共800万两的交付办法，共4条。
7月3日。中英在北京签订《道清铁路借款合同》。参加签订人员，中方为督办铁路大臣太子少保尚书衔前工部左侍郎盛宣怀，英方是英国前驻沪总领事三等宝星福公司总理兼总代理人哲美森。道清铁路是指从河南省东北部的道口（今滑县），向西至沁阳县清化镇（今博爱）的铁路，全长90.5英里（合145.6公里），是一条单轨铁路，由英国福公司于1902年投资修建，1905年完工。修建此铁路的直接目的是开矿的需要，因为福公司在1898年从清廷获得了在山西、河南部分地区开采煤、铁等矿的权利。道清铁路经过的就是清化煤矿区。1905年这条铁路竣工时，国内资产阶级领导的反对帝国主义侵略，收回路矿利权的爱国运动正在轰轰烈烈地展开。英国方面估计，刚建成的道清铁路还只能足一条矿业铁路，要将它的运输能力全部发挥出来，还要过许多年才行。鉴于中国人民收回路矿利权运动的声势，英国方面与清外务部协商，决定将这条铁路归中国铁路总公司办理。由中国偿还修路投资，按归还借款的方式，逐年还本付息。于是本日签订《道清铁路借款合同》。通过此项借款合同，道清铁路虽然归中国铁路总公司办理，但此合同对福公司非常有利。因为合同规定借款按70万英镑计算，实际造价还不到借款总额的90％，福公司不仅收回的资本要比实际造价高，而且还获得了优惠的利率，以及各项酬金和器材免税免厘的特权。同时，还获得了日后中国将与该公司签订展筑清化到泽州一线合同的优先权。《道清铁路借款合同》共21款。与上述合同同时签订的还有《道清铁路行车合同》，该合同给予福公司代中国铁路总公司在30年内办理道清铁路“调度经理、行车、生利”的权益，并规定福公司在代办行车期间，中国铁路总公司将此段铁路每年所得余利提成20％给福公司。可见，此项借款与行车合同实际上保证了英国福公司对道清铁路起码有30年的控制权，清政府所得的只是名义上收回而已。《道清铁路行车合同》共10款。
7月4日。光绪亲临保和殿，举行第一次出洋毕业生考试。
7月5日。清廷命张之洞督办粤汉铁路。
清廷将安徽庐州府已故大学士李鸿章祠，列入庐州府祀典。
上海南市城内外豆腐业工人罢工，要求业主增加工资。
7月6日。俄国使臣璞科第在仁寿殿觐见光绪皇帝，呈递国书。
驻杭州美领事照会浙省商务总会，要求承办浙赣铁路。
外务部声明日俄议和条款如涉及中国未经与中国商定的一概无效。照会中说道：“前年贵国与俄（日本）国，两国不幸失和，中国政府深为惋惜。现闻将开和议，复修旧好，中国政府不胜忻幸。但此次失和，曾在中国疆土用武，现在议和条歉内，倘有牵涉中国事件，凡此次未经与中国商定者，一概不能承认。业经本部电知出使大臣，照达贵国政府，预为声明。”
7月7日。孙中山从欧洲东返途经越南西贡，致书新加坡华侨陈楚楠，说明此