中国环境与发展国际合作委员会生物多样性工作组2001年考察了四川的造林工作后，曾发出了这样的警告：20世纪50年代后期四川飞播云南松种子和封山育林取得了成功，但是，当针叶林长起来后，却没有及时采取措施使它们按照自然规律演替，以致地面上只有厚厚的松叶层，由于松叶层很难分解，因此便没有形成腐殖层。这样的森林不仅涵养水份的功能很差，而且没有生物多样性可言，加之极度干燥和含有树脂，又极易引发火灾，可能成为人工制造的“绿色沙漠”！
长江上游水土流失面积和土壤侵蚀量，目前还没有一个准确的数据，据《长江上游生态屏障建设研究》课题组专家费世民、杨玉坡研究，整个长江流域水土流失面积已经扩展到56万平方公里，每一年土壤的侵蚀量已经高达22.4亿吨。水土流失主要发生于上游地区——面积约占全流域水土流失面积的91%。
四川是长江上游最重要的地区，但却已经成为水土流失和土壤侵蚀量最大的地区。据《长江上游生态屏障建设研究》课题组专家周立江等人调查，四川水土流失面积已经占长江上游流失总面积的56.8%，土壤侵蚀量占上游总量的61.5%。
由于水土流失严重，竟使干流河床每10年升高1米，有的支流和黄河一样，成为高出于地面之上的“悬河”。长江上游是长江主要的产沙和输沙区，输沙量竟相当于尼罗河、亚马逊河与密西西比河的总输沙量。侵蚀模数则以嘉陵流域和沱江流域最高——流失区平均每平方公里每年的流失量竟达6000吨以上。经过近年来开展“长治工程”和小流域综合治理等工程后，嘉陵江泥沙自20世纪90年代以来，已经出现逐渐减少的趋势但是金沙江及其大多数支流如横江、龙川江等含沙量却在继续增加，特别龙川江竟增加了160%！
专家们说，如果对长江上游地区的生态状况不认真进行治理，按现在的恶化程度推算，三峡工程建成后，每年将在库区淤积泥沙6至7亿吨，减少库容3.5亿立方米，巨大的水库将变成“沙库”，后果将不堪设想了。
长江上游草地绝大部分在高原高寒地区，气候恶劣，生态环境脆弱，再加上几十年来的超载放牧及其它原因，发生大面积退化已占整个草地的1\/3以上。川西北阿坝州、甘孜州的草地退化面积已占总面积的62%。不但鲜草产量和优良草种大幅度减少，而且草场的土壤日益贫瘠、板结乃至沙化，日益严重的鼠害让当地政府和老百姓们束手无策。据估计，长江上游鼠害发生的面积已约1300～2000万公顷（1.95亿～3亿亩）。每年消耗的牧草达300多亿公斤，到20世纪90年代，因严重鼠害造成的寸草不生的“黑土滩”已达400多万公顷（6000多万亩），以致四川的石渠等县都出现了生态难民。
长江上游本是我国乃至全世界生物多样性最突出的地区之一，对人类来说，这是又一笔巨大的、不可估量的财富，但是由于整个生态环境的恶化，据专家们估计，近40年来仅高山和亚高山地区便有约5%的物种永远消失。
长江上游有鱼类230多种，其中世界其他地区从来没有发现过的便有近100种，但是由于水环境的污染以及大型水电站的建设，有的已经绝灭，有的已经很难找到它们的踪迹。例如中华鲟因截断了产卵的洄游通道，曾在葛洲坝发生“集体自杀”，白鲟、胭脂鱼等数量都锐减。
尽管长江上游是我国水资源富集的地区，但和全国一样，目前的情况也并不令人乐观。据四川省水文局测定，岷江年径流量50年中已经减少了11.2%，嘉陵江减少30%，沱江减少11.1%。
由于水资源持续减少和用水量持续增加，历史上曾经河湖密布，挖地三四十公分便可见水的四川省会成都已经沦为全国严重缺水的城市之一，地下水每年下沉半米，而且污染严重。
在水资源减少的同时，长江上游水体污染已日益严重，全年排入长江的各种废水共42.6亿多吨，经过处理的仅占23%左右。污染最严重的是沱江，水质已经达不到三类水的标准，其次是岷江、嘉陵江；大中城市内河水质普遍达不到四类水标准。许多城市的岸边都形成了严重的污染带。
由于污染严重，环绕成都、昔日清澈见底的府河，虽然经过大规模治理，但如今仍然是藏垢纳污之所，大量工业废水和生活污水汇入河中，经处理过的不到1\/3，水质全部为五类，多项污染指数严重超标，其中石油类污染指数超标便达22倍以上。府河经彭山县江口镇汇入岷江后，又造成岷江的严重污染。铁灰色的河面上生长着大量藻类，淤泥中一捞便是大把大把的“红线虫”，河风吹来，阵阵臭味熏人欲呕……以致彭山县的自来水都有了异味。
2002年6月5日，在世界“环境日”到来的时候，岷江沿线还在大量排污，江水仍然是黑色的、死气沉沉的浑水。仅彭山至青神县沿江便有六家大型纸厂和几十家小型纸厂。据当地环保部门介绍，大型纸厂都建有污水处理设施，但不是为了对付检查便基本不用，因