护国战争打倒了袁世凯，但是根本没有触动滋生封建军阀的社会制度和社会经济基础。袁世凯在世时，北洋军阀内部，即有矛盾和山头，衰死之后，便形成派系，分别依靠不同的帝国主义国家，独霸一方。另外西南各省的武装力量也都拥兵自重，野心勃勃，形成地方军阍。此外，国民党也拥有一部分控制并不十分牢固的部队。
军阀割据的混战
皖系军阀集团，以该系首领段棋瑞为安徽人而得名。辛亥革命后，任北洋军第2军总统、湖广总督等职。民国成立后，段刭北京历任陆军总长、内阁总理。衰世凯称帝，段消极抵制。袁死之后，段再次出任内阁总理兼陆军总长，北京政府的实权实际落入以段为首的皖系军阀手中。民国六年（1917年）6月，国会拒绝了段提出的对德宣战案，并罢免其国务总理职，段在日本帝国主义支持下，指使他所控制的各省督军胁迫总统黎元洪解散国会，安徽督军张勋以调停矛盾为名，带兵入京，乘机拥溥仪复辟。段祺瑞马厂出兵，打败张勋，再次夺得总理职位，继续控制北京中央政权并竭力扩充自己的实力，借对德宣战，编练了3个师24个旅的“参战军”，实为段的内战主力。
直系军阀集团，以其首领冯国璋为直隶人而得名。辛亥革命时，冯任清军第1军总统，率部抵湖北镇压革命。袁任大总统后，冯就任总统府军事处处长兼管禁卫军，后任直隶总督。“二次革命”暴发后，冯率军南下，攻入南京，即以上将军衔就任江苏都督。冯在此任内，极力扩张在长江流域的势力。袁世凯称帝时，冯也有所抵制，袁死后，冯被选为副总统，冯与段祺瑞即成为争夺北洋集团和中央政府权力的主要对手。民国六年（1917年）7月，张勋复辟，总统黎元洪被逼走，张勋旋即战败，冯进京任代理大总统职。
奉系军阀集团的首领是张作霖（1875-1928年），甲午战争时，张投入毅军，曾被提为哨长，甲午战争结束，张退伍返乡。不久即在台安等地组织保卫团，自任团总。清光绪29年（1903年）张作霖的保卫团被新民县知府收编为新民巡防营，张任管带。光绪31年又被升为五营巡防统领，后又升为奉天前路巡防统领。辛亥革命爆发，张因镇压革命有功，控制了奉天局势，民国六年（1912年）9月，衰世凯任命张为24镇统制，后又授张中将军衔，任第27师师长。袁世凯称帝时，张乘机将奉天督军段芝贵逐走，裒被迫任其为盛武将军督理奉天军务兼巡按使。张即将奉天军队整编为3个师另1个旅，其后又逐次吞并吉、黑两省，成为关东王。形成皖、直两系之外又一支举足轻重的军阀势力。
另外，还有晋系军阀集团，其首领阎锡山（18 83 -1960年），辛亥革命时，山西新军起义，杀山西巡抚陆琦，占领省会，阎以革命党人身份，出任山西都督。此后，阎逐步裁撤旧军，新建陆军1个师和1个混成旅，另外在北方还有一些地方军阀，如刘镇华的镇嵩军，胡景翼、杨虎城的陕军，王天纵、樊钟秀的豫军等。
在南方，最大的军阀势力为滇系和桂系。滇系源出于清末新军第19镇。该镇由留日士官生蔡锷、李烈钧、李根沅等主持训练，军队素质和装备为西南各省之冠。辛亥革命之后，云贵总督李经羲及北籍将领靳云鹏、曲同丰等逃走，滇省军权由拥护共和的蔡锷、李根沅、唐继尧等掌握。民国二年孙中山发动“二次革命”失败后，袁世凯采取调虎离山之计，将蔡锷调到北京任将军府将军兼经界局督办，实为监视软禁。唐继尧继蔡为云南督军，护国之役前，唐曾徘徊观望，后迫于形势，于民国四年（1915年）12月宣布独立。护国战争胜利后，唐把云南军队由原2个师扩充为8个师，不但占据云贵两省，而且挥兵四川，与四川军阀为争夺地盘而战事连年不断。唐继尧成为割据西南，风云一时的滇系军阀首领。
旧桂系军阀首领为陆荣廷（1859-1928年），清光绪33年（1907年），孙中山在镇南关起义，陆时为十营统领，率部与革命军激战7昼夜，将革命军击败。后逐步升为广西提督。武昌首义后，广西也宣布独立，陆任剐都督。当广西新军离省参加北伐，陆荣廷发动兵变，迫使都督去职而自己取而代之。云南护国军起兵讨袁时，陆以进攻云南为由，向袁世凯索得大批饷械，趁机扩大桂军，后见袁世凯大势已去，便宣布广西独立，参加护国军，出兵广东，将广东督军龙济光赶到海南岛，陆由此占据两广地盘，并利用广东财富，扩大军队，势力急剧膨胀。势力最盛时，曾拥有7个军另1个师的兵力。滇桂两系军阀均与进步党粱启超等人有较密切的联系。
在西南、中南还有一些具有实力的地方军阀，如刘显世的黔军，刘存厚、刘湘、杨森等的川军，谭延闻、程潜的湘军，蓝天蔚、夏斗寅的鄂军等等。
以孙中山为首的中华革命党人在护国战争之后，也掌握了一批部队，分布于山东、广东、福建、四川等地。但倒袁胜利后，并没有利用时机大力发展自己的武装，反而为表明与北京政府的合作诚意，主动提出收束中华革命党军队，从事和平建设。