吴三桂等人的反叛消息传到北京，举朝震动。大学士索额图提出杀掉主张撤藩者的头，取消撤藩令。达赖喇嘛也暗助吴三桂，提出“裂土罢兵”。康熙帝力排众议，在应付这一事变中却表现出他的雄才大略。他看出主要的叛变者是吴三桂，所以集中主要力量打击吴三桂，下令剥夺吴三桂的王爵，杀其子吴梦熊于北京。决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他叛乱分子采取招抚拉笼的手法，暂时停撤耿、尚二藩，其它叛变者只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。
战争开始后，清朝方面暴露了严重弱点。八旗兵斗志不强。湖南守将慑于吴军的来势凶猛，丢掉了许多城池。派到武昌、荆州的八旗兵不敢渡江前进。与之相反，叛军方面却屡屡得手。吴三桂多年来养精蓄锐，兵强马壮，先声夺人。但叛军内部也有致命的不可克服的矛盾。首先，人民群众渴望统一，与人民为敌的吴三桂显然得不到更多人力、物力、财力的支持；其次，叛军内部无法形成整体，不相统属，心志不齐，难以持久。而且吴三桂一开始即在战略上犯了保守主义的错误，以致陷于被动地位。当他以锐不可当之势占领湖南全省时，却立即收住了攻势，不再渡江前进，扩大占领地区，乃转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂骚动的目标，即趋向在西北陕甘和东南闽浙，遂遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合；一由四川犯陕西，企图与壬辅臣会合。这样一种打法，就给予康熙帝以调兵遣将、从容布置应付的机会。
康熙帝依据时局，运筹帷幄，以湖南为主战场，坚决打击湖南的叛军，辅以陕、甘、川线和江西、浙东东线，三个战场相互配合，把叛军分割开。江西地位重要，水陆皆与闽楚接壤，决计固守。当耿精忠叛乱时，清军就有效地割断了耿、吴叛军的会合。对西北则采取稳定策略。陕西提督******，态度暖昧，叛而附，附而又叛，甚至杀害了陕西经略莫洛。康熙以极大的耐心争取他，表示。往事一概不究”，极力安抚，终于在康熙十五年（1676年）把******争取过来，保住了陕西，使吴三桂打通西北的阴谋未能得逞，清军得以腾出兵力增援南方。又利用耿精忠同郑经的矛盾，多方招抚耿精忠。不久耿归附清廷，清收复福建。尚之信也于康熙十六年五月降服，稳住了广东。由于康熙处置得当，吴三桂失去了外援，军事上完全陷于孤立。这样，从康熙十五年起，战争的优势逐渐转到清军方面来了。而吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清岳乐之军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年（1678年），战势对叛军更加不利。吴三桂已经起兵六载，年已67岁。势穷力竭的吴三桂为了鼓舞士气，于这年三月在衡州称帝，立国号为周，建元昭武，大封诸将。但这一招并未起什么作用，他坐困衡州，一筹莫展，未几即忧愤成疾，于这年八月病死。部将迎其孙吴世瑶即帝位，改元洪化，退居贵阳。清军乘势发动攻击，康熙十八年（1679年），清军平岳州、常德、长沙、街州等地后，恢复了湖南全省，同时收复广西。康熙十九年（1680年），清军克汉中，定成都，取重庆，收复四川。同时，康熙处分了奉命攻打重庆而中道退返荆州的宁南靖寇大将军勒尔锦，命令彰泰为定远平寇大将军接替指挥，率师由湖南进攻云贵。
康熙二十年（1681）正月，清军收复贵州，彰泰开始进入云南。二月，赖塔率师由广西抵云南。九月，清将赵良栋宰师由四川至云南，与另二路先期抵达的军队会合，加紧围攻昆明。此时，被清军俘获后发给银粮返还原籍的苗族兵将，纷纷帮助清军。十月，昆明城中，粮尽援绝，南门守将开门迎降，吴世璠服毒自杀，云贵平定。历时八年，波及十数省的三藩之乱，终于被削平了。
吴三桂等人发动的叛乱，目的在于搞分裂割据，得不列人民群众的支持，失败是必然的。而清朝平叛避免了国家的分裂，有利于多民族统一国家的巩固和发展，符合人民的愿望，能得到各族人民群众的支持。同时中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。此后，清廷开始致力于解决边疆问题。
雅克萨之战
雅克萨之战，是沙俄侵略者妄图侵占我国黑龙江流域大片领土，我国军民被迫进行的一次反对侵略、收复失地的自卫战争。
黑龙江、乌苏里江流域自古以来就是中国领土。秦汉以后各朝均在此设官统辖。清朝建立之后，继续对这一地区行使管辖权，加强统治。除设盛京将军（驻今辽宁沈阳）、宁古塔将军（驻今黑龙江宁安）和黑龙江将军（驻今黑龙江爱辉）外，还把当地居民编为八旗。与此同时，还加强了吉林、黑龙江将军所辖的各镇，在沿江重要地区建立船厂，设置仓屯，陆上开辟台站驿道，发