面对这个僵局，昭宗大为头疼。两边都有强藩撑腰，都不能得罪，不过相比之下，李克用对朝廷的威胁似乎要比李茂贞等人小一些。所以最后，昭宗只能两害相权取其轻，以李克用奏请在先为由，拒绝了李茂贞等人的请求。
如此一来，关中三镇与朝廷的矛盾便再度激化了。
五月，李茂贞等三镇各出数千精兵，浩浩荡荡杀进了长安，准备废掉昭宗，另立吉王李保。不过，他们很快就得到了李克用自河东出兵的消息，于是不敢久留，只杀了一些与他们不睦的朝臣和宦官，同时迫使昭宗把河中给了王珙，随后留下部分兵力控制朝廷，方才各回本镇。
六月，李克用率兵大举南下，传檄讨伐李茂贞等三人。当时，驻留长安的兵力有两支：一支是李茂贞的义子李继鹏，另一支是王行瑜的弟弟王行实。
听说李克用大兵压境，两人大为恐惧，于是长安城中就出现了相当戏剧化的一幕：李继鹏企图劫持昭宗前往凤翔，而王行实也想劫持昭宗前往邠州，两军随即大打出手，一时京师大乱。最后，昭宗只好在禁军部将李筠的保护下逃离长安，越过秦岭，于七月初到达石门（今陕西蓝田西南）。
昭宗登基之时，几乎所有人都认为他的品德与才干远胜僖宗百倍，可没人会料到，他最终不但重蹈了僖宗的流亡命运，而且日后的遭遇比僖宗还要不幸百倍！
八月，李克用大军进驻渭桥，派兵前往石门护驾，并分兵进攻三镇。李茂贞知道自己不是沙陀军的对手，只好杀掉李继鹏，上表请罪。昭宗随即赦免李茂贞，命李克用讨伐王行瑜。
八月底，昭宗返回长安。
九月，李克用开始大举进攻王行瑜，很快便兵临邠州（今陕西彬县）城下。王行瑜登上城头，痛哭流涕：“我王行瑜没有罪啊，胁迫天子的事都是李茂贞和李继鹏干的，请您到凤翔去问罪吧，我王行瑜愿意自缚向朝廷请罪。”
李克用在城下仰着头说：“王尚父，你谦恭得有点过头了吧？我奉朝廷之命讨伐三个叛贼，阁下是其中之一。你想自己回朝廷，我可不敢擅自做主。”
数日后，王行瑜抛弃城池，带着全家老小向西而逃。可他刚刚跑到庆州（今甘肃庆阳县）地界时，就被自己的部将砍杀了，首级也被传送京师。
一场祸乱总算平息了。
十二月，昭宗加封李克用为晋王，他的所有部下和子孙也全都加官晋爵。李克用遣使谢恩，同时秘请昭宗诛杀李茂贞。
昭宗觉得，如果杀了李茂贞，李克用的势力将更为强大，到时候就没人可以制衡了。因此，昭宗婉拒了李克用的请求。李克用不禁对左右感叹：“我看朝廷的意思，似乎怀疑我别有用心。我敢断言，李茂贞不除，关中将永无宁日！”
后来发生的事情，果然被李克用不幸言中。
昭宗从石门返京后，深感手下无兵之苦，于是很快就招募了数万人，在禁军之外又组建了殿后四军，全部交给宗室亲王统领。
得知朝廷招兵买马的消息，李茂贞立刻跳了起来。在他看来，天子此举显然是在针对他。乾宁三年（公元896年）七月，李茂贞再次勒兵，直逼京畿。昭宗大恐，一边遣使向李克用告急，一边再次逃离长安，准备前往太原。没想到，昭宗一行刚刚跑到华州（今陕西华县），便被韩建给扣了下来。
当时，李克用正被幽州的刘仁恭牵制，无暇南下勤王，于是昭宗便被韩建软禁了整整两年。在此期间，韩建与李茂贞互为表里，逼迫昭宗解散了刚刚组建的殿后四军，处决了护驾有功的禁军将领李筠，并且罢黜了诸王的兵权。不久，又发兵围攻诸王府邸，丧心病狂地将通、沂、睦、济、韶、彭、韩、陈、覃、延、丹十一王全部杀死。其后，又迫使昭宗下诏罪己，恢复了李茂贞的所有官爵。
做完这一切，韩建和李茂贞才于第三年八月把昭宗放还。
昭宗第二次回到长安之后，改元“光化”。
这是他登基后的第五次改元。纵观昭宗一生，在位十五年，总共七次改元，平均差不多两年改一个年号，是自安史之乱以来改元最频繁的一任天子。
也许，改元本身并不能直接说明什么问题。但是，当我们回溯整个唐朝历史，就会有一个耐人寻味的发现：唐太宗李世民一生在位二十三年，仅仅使用了“贞观”一个年号；而唐玄宗李隆基一生中最鼎盛的二十九年，也仅仅使用了“开元”一个年号。而这两个年号，却成了盛唐的标志，成了太平盛世的代名词。
而反观唐昭宗七次改元所置身的这个时代，我们也许就会有一种近乎无奈的顿悟——原来，唐朝末年这七个年号并不是普通的年号。
它们是七簇血迹、七道泪痕，是一个巅峰王朝临终前的七声呼告，是一个末世帝王绝境中的七次挣扎，是一个突围未遂的士兵遗落在战场上的七把断戟，是一个失败的男人灵魂中永不愈合的——七道伤口。
光化政变：天子成了阶下囚
自从光化元年（公元898年）回到长安后，昭宗李晔就仿佛变了