高效的控制系统却存在着这样一个极易被人忽略的关键问题：整套高效的操作控制系统其存在根本完全仰仗于基多拉的头颅和头颅间的心灵感应。要知道，在操作控制系统当中，对于各项操作的控制权限实际上是有着明确且严格的层级划分的。如此一来，身为整个系统基石般存在的基多拉头颅自然就拥有着整套系统至高无上的操作控制权限。倘若基多拉头颅已然彻底死亡，那么情况或许还不至于太过糟糕。
但令所有人始料未及的是，为了让机械哥斯拉完美启动运转，如今机械哥斯拉所运用的是源自于地心世界，孕育泰坦巨兽的地心能源！这种无比纯净且强大无比的能量，犹如一把神奇的钥匙，成功地唤醒了沉睡在基多拉头颅内部那残存的微弱意识。这也就意味着，此时此刻，真正掌控着机械哥斯拉操作大权的并非人类，而是基多拉那尚未消散的残留意志。面对这般局面，人类已然束手无策，再也无法驾驭这台被基多拉残留意识所操纵的机械巨兽。于是乎，暴走的机械哥斯拉如同脱缰野马一般失去控制，开始疯狂肆虐、横冲直撞起来……