牢牢地掌握在自己手中，所以，在设立军机处的同时，他还制定了一些制度来限制军机处的权力。就像把“办理军机处”的银印收藏在内廷，但凡有需要盖章的文件，都得由值班章京亲自跑到内奏事处去“请印”，用完了再交回去。这么做减少了中间的步骤，方便皇帝直接指挥地方官员。可以说，军机处的设立，是雍正帝把皇权高度集中在自己手中的一个重要象征哦。
与此同时，雍正帝又在太和门外设立了稽查钦奉上谕事件处。主要负责稽查、督促皇帝交给各部院衙门或者八旗办理的事情。其管理大臣，仍由满汉大学士兼任。这个机构的设立，有助于各项上谕的落实。自此之后，各部院衙门，凡是钦奉上谕特交事件，当天就要交稽查处查核，每月还要检查存案，年终再行汇奏，这样，皇权的运用和发挥，有了进一步的保证。