庆长一九年，也就是公元1614年，此时的日本天皇已经是个吉祥物，德川家康建立的江户幕府独揽朝政，在九年前，德川家康已经将征夷大将军的位置传给了德川秀忠，自任大御所，但依旧掌控着日本的军政大权，为了确定德川幕府第三代继承人选，德川家康已经操碎了心，因为此时的朝堂有一半人支持秀忠的长子“竹千代”，另一半人支持次子“国千代”。
恰逢此时，德川幕府和丰臣秀吉的残余势力又到了决战前夕，一旦处理不当，德川家族会面临灭顶之灾，所以有“黑衣宰相”之称的南光坊天海被德川家康找来处理此事，他是德川家康的幕僚，身份非常神秘。有传闻他就是弄死织田信长的明智光秀，他善于运筹帷幄，并且诡计多端。
由于德川家康急于击溃丰臣秀吉的次子丰臣秀奈，完全统一日本的大决战迫在眉睫，所以武士的性命就不能消耗在德川家里的内斗之中，所以他希望南光坊天海给自己出一条好的计谋解决此事。
“如今天下大定在即，忍者这个组织在此后将没有什么太大的作用，可如果他们被对手利用将非常麻烦，不如让忍者来代替武士进行争斗。” 南光谏言道。
“哦？有什么好处？” 德川家康问道，示意他进一步解释。
“一来可以让朝堂上的两股势力都闭嘴，二来甲贺和伊贺是如今最大的两派，他们可以被相互消耗，以免未来做大，难以控制。” 南光毕恭毕敬地回答道。
“嗯，一石二鸟，此计甚妙！” 德川家康听后，点头称赞。
几天后，德川家康将甲贺，伊贺两派的族长叫到了“骏府城”，并且请来服部半藏做见证，此时的服部半藏是腹部家族的族长，第四代服部半藏正广，他是如今所有忍者派系的总统领。
德川家康先是以借观摩欣赏的理由，让甲贺和伊贺两组相互比拼忍术，甲贺派出的是风待将监，他体形如同蜘蛛一般，敏捷度极高。能从口中喷吐炮弹状的痰液，其密度有如铁球，粘度是普通痰的数百倍。
伊贺派出的是夜叉丸，他的忍术为“纵绳之术”，手足上有女人的头发上涂抹特殊的动物油使其变成又细又硬的杀伤武器，能自由操纵细线切断岩石。
两人在德川家康的郡府城里各显神通，两人格斗许久，不分胜负，却让德川家康见识到忍术的可怕，万一他们刺杀自己该怎么办？而到了太平时期，如果让忍者一族做大，也会成为隐患。德川家康此时下定决心，要把忍者集团彻底铲除。
就在此时，风待将监和夜叉丸的搏斗已经进入白热化，眼看两人在屋顶斗得你死我活，德川家康下令让两人住手，
“好了！都给我住手！” 德川家康大声喊道。两边的族长紧急发出指令，让风待将监和夜叉丸停了下来。
“我决定让伊贺派代表长孙竹千代，甲贺派代表次孙国千代，两边各派出十名最强忍者，并且将他们的名字写在各自的卷轴上，两队开始比拼，最后的胜者，拿着卷轴回到郡府城，他所代表的主子将成为第三代的家主。也就是未来的征夷大将军。”
“是！” 两边的族长各自领取卷轴，将名字写了上去，然后交了上去。
“获胜一方的忍者，将立下从龙之功，我们德川家必保千年的荣华富贵。” 德川家康的话吊住了大家的胃口，也让两派视对方为死敌。
之后，服部半藏宣布以前签订的“止战契约”作废，甲贺与伊贺的千年恩怨随着腥风血雨在此时即将重演。
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时间回到天正九年，1851年。伊贺忍者的首领阿幻，正在瀑布下淋浴，她等待着情人的幽会，此时她还不知道织田信长正在进攻她所在的伊贺忍者所在的村庄。原因在于2年前，织田信长的儿子织田信雄因为进攻伊贺村而丢了性命，这一次织田信长是为了复仇，等阿幻洗完澡，穿好衣裳，此时她的情人才姗姗来迟，此人正是甲贺流的忍者甲贺弹正，他也是甲贺族的族长首领。
“阿幻！”“弹正！” 两人呼唤着彼此的名字，拥抱在了一起，她们是相爱多年的恋人，却因为不同的流派而只能做地下情人。
“阿幻，你已经十八岁了，我打算这次带你回去，就宣布娶你为妻。”
“嗯！” 阿幻开心地点着头，又把头埋进了弹正的怀里。
就在两人你侬我侬之时，不远处从伊贺村传来的炮声惊醒了她们。
“不好，有人袭击我的村落。” 阿幻挣脱开弹正，朝着村庄奔去，此时村庄里呼喊声一片，在织田信长强大的炮火下，不断有人死伤，四处燃烧着火焰，让阿幻自责，她正要带人反击，一颗子弹射中了她的肩膀，而更多的敌人看见她，朝着她攻击而来。
就在危难之际，甲贺弹正用忍术打败了进攻小队，救出了阿幻，而服部半藏也带领一群忍者开始救人，可面对织田信长的火力，服部半藏的办法也不多，无法有效反击，只能让人带着阿幻和弹正先行离开。
大家逃到一片树林里，阿幻清点为数不多的忍者，心里满是愧疚，正当她计划卷土重来之时，一个忍者镖射向了她，还好弹正用剑挡住了致命一击，可还是被阿幻认清了忍者镖的样子，这