影院中的影院。
是的，画面突然跳转，浮现出了整个东京。
熙熙攘攘的街道、人来人往的电车站台、电影院中姿态各异但状态一致的百无聊赖的观众……
怎、怎么了？
电影院七歪八扭的观众们突然躁动起来，人们坐起了身子，有的身子前倾、有的环顾周围，似乎是要确认自己看到的不是幻觉。
的确，自己坐在电影院里，看到了被拍摄下的影院里的观众们。
怎么突然从二维升到三维了？！
虚渊玹一瞬间仿佛透过大屏幕看到了自己和身边的人。
……这是自己所存在的、真实的世界啊？
一行字幕浮现在画面中央，影片在问真嗣、在问着所有人。
【开心了吗？】
让真实的世界离去，让自己陷入一片【补完】的理想混沌中……这就是【你】想要的吗？
真嗣明白了……
在这“现实”的画面转播背景下，真嗣的声音诉说着：“这不是现实。”
“这是没有人的世界，而【我】也不存在于这里。”
丽：“梦，这只是被编造出来的让自己安心的借口，以此对现实进行报复。”
真嗣：“可这难道不行吗？”
丽：“你是在虚幻之中逃避真实吧……”
真嗣：“不能做只有我一个人的梦吗？”
丽：“这并不是梦，只是以此来补偿现实而已。”
“……”
真嗣：“那……我的梦在哪里？”
丽：“那是现实的延续。”
真嗣：“那我的现实在哪里？”
丽：“那是梦的终结。”
“……”
是呀……梦也该醒了。
白色莉莉丝的脖子裂出一道豁口，鲜红的血液喷出，构成一道巨大的半弧。
真嗣再一睁眼，发现自己正沉浸在生命之源的海洋里，是一个失去了AT力场，失去了所有形体，所有生命合为一体的暧昧的世界，也正是真嗣内心所期望的的世界。
可这真的是自己想要的吗？
现在，真嗣意识到这是不对的。
丽-莉莉丝-母亲，她们给了真嗣一次重新选择的机会。
“如果现在再次期望他人的存在，心之壁将再次将人们分隔开，对他人的恐惧又将重现。”
真嗣看着美里给她的十字架，露出了释怀的笑。
人类与神明，握了手。
于是橙色的海转变成了熟悉的蓝绿色海洋，渚薰和丽——亚当和莉莉丝对真嗣说。
“AT力场，再次伤害你和他人也没关系吗？”
“没关系。”
最后，真嗣问两位神明，自己心中的你们到底是什么？
丽回答：“是希望。”
即使这都是自己的一厢情愿，即使有一天会被他人背叛，即使会被抛弃，即使所有人都不爱自己，他还是选择了相信人与人之间的感情，还是抱有对相互理解的希望。
正因为彼此有隔阂，人类才会去尝试相处隔阂，过程中所带来的痛苦，也是最终走向理解的必经之路。
画面中出现了所有人的笑颜，那是真嗣真心期望的，现实中的欢乐和谐的一天。
人类重新站起，神明再度陨落。
巨大的白色莉莉丝向后仰倒，她猩红的眼球仿佛大地，初号机冲破地面重生于世。
光翼展开，灵魂之血在黑之月表面延伸出经纬，地球上，所有被吸入的灵魂都被释放，散落回到世界的各个角落。
莉莉丝的形态不复存在，缓缓分裂，丽的头颅倒在了地上。
【现实存在于未知中，梦存在于现实中】
【而真实存在于心中】
【人类自身的形象是由人的内心塑造的】
【新的意向将改变人的心灵和形态，意向、想象力、我们的未来，是在漫长的时间洪流开拓的】
【人类需要靠着自身意志去行动，失去的自我只能靠自己的力量来寻回】
【只要用心去创造自己的形象，任何人都能恢复人形】
初号机拔下了生命之树，随即变回了朗基鲁斯之枪的模样，所有的EVA都被摧毁，灵魂的十字光落回了地球，一切恢复到了平静。
冥冥之中，真嗣想起了了母亲的话。
那是在初号机灵魂实验的前夕，母亲对冬月博士、对自己说过的……
“不用担心……
所有的生命都有着复原的力量，都有希望活下去的心，只要活着，哪里都会是天堂的，会有获得幸福的机会的……”
最后，真嗣与母亲道了别。
他将返回到原来的世界，而初号机漂浮在浩瀚的星河之中，母亲将会伴随着EVA在孤寂中永生，作为人类存在的证明……
最后的最后，真嗣回来了。
他被生命之海冲刷到了岸边，视野中，那道灵魂血点构成的血弧划破长空。
但是谁也没有来。
雪白的大地上，只有真嗣和明日香……
真嗣慢慢坐了起来，环顾四周，对于刚刚发生的一切还是有点不理解。
他掐住明日香的