以城都联盟为目标的小智一行人现在来到一处乡间。
三人走在路上，遇到一个带着长尾怪手戴着红头巾的女训练家。
你是神奇宝贝训练家吧？
我是真新镇的小智
小生名叫小刚请问你的芳名？
我叫小凌，那小智能否和你来场对战？
要怎么办呢？小智
送上门的对战没有拒绝的道理。
去吧，小锯鳄
拜托你了，布鲁皇
布鲁皇用咬住！
跳舞的技巧躲开！
小锯鳄躲开了布鲁皇的攻击
跳起来使用水枪！
水流冲击下布鲁皇倒地。
接下来，麒麟奇
去吧，菊草叶。
麒麟奇使用践踏。
躲开后使用藤鞭。
菊草叶灵活避开了攻击并用藤鞭抓住了它的脚让它摔倒。
使用幻象光
超能力系光束从角发射而出。
菊草叶避开了攻击。
趁现在用飞叶风暴
无数叶子攻击下麒麟奇倒地。
……
双方6v6对战，最后以小智胜利为这场对战画下句号。
对战之后几人一起吃午餐
小智你们真的好厉害，我们也要加倍修行不可。 小凌斗志还挺高昂的
还好了，我们也有很多不足。
这个星期经历好几场战斗，大家早就都累了，也要适当休息
小凌小姐附近有神奇宝贝中心吗？
穿过森林后的绿色园野有。
几人一起前往绿色原野，路上小凌讲述绿色原野的特别之处。
穿过森林是一片花海，一行人在花海上奔跑前往神奇宝贝中心结果发现了结晶塔。
周围一切也在不断结晶化
君莎小姐骑着摩托疾驰而过，电视台的人也来到这里进行报道。
远在真新镇的大木博士和花子也看到了电视的报导，两人一致决定要前往，毕竟是自己的同学、学生可能遇到了危险。
结晶化在不断蔓延，房子里一大群未知图腾在围绕着转。
在绿色原野神奇宝贝中心门囗，商讨委员已经过来。
大木博士，我们恭候多时
博士！
皮卡丘跑了过去，花子也从车上下来
妈妈
你们也在这里啊
好久不见了大木博士。
我就知道您一定会过来的。
几人坐下来聊秀力博士的事情。
原来如此啊。
花子:他的家变成这样我也很担心。
这时皮卡丘突然摆出战斗架势。
炎帝！X3
玛夏多出现训斥:干什么，你想造反吗？
花子:你想干什么？
你是…妈妈…
花子一愣
你就是妈妈
花子眼神无光晕了过去，“炎帝”把她抓走，皮卡丘抓住“炎帝”跑了很远，小智他们也在追。
一直来到结晶塔外围
皮卡丘用了十万伏特一点用都没有。
这时影子球打来。
炎帝抵挡住了攻击
玛夏多:冒牌货！
“炎帝”不以理会直接逃走。
皮卡丘！玛夏多！小智他们跑了过来。
玛夏多心电感应:对不起，勇者大人没能拦住它，但我发现它不是真的炎帝，甚至它根本不是生命。
什么意思啊？
只有进到里面才知道。
小智不要冲动里面都不知道有什么危险。小刚拉着小智说道
可是…
回去再商量对策吧。
一行人回到神奇宝贝中心。
大木博士:根据玛夏多的描述，整件事情和另一个神奇宝贝有关一一未知图腾。
没错，就是那个。
我想未知图腾就在那房子里。
果然是这样。
傍晚喷火龙山谷。
小智的喷火龙看了电视上的报道，看向天空下定了决心。
夜晚推土机想去除结晶但被看着新闻的小美尽收眼底。未知图腾把她的想法具象化，阻止了推土机的前行。
大木博士那边突然接到邮件。
爸爸妈妈都回来了，小美觉得很高兴，这样就很好，我的生活不需要有人来打扰。
能发邮件，看来她是没事。
小霞:这女孩的爸爸不是下落不明吗？
玛夏多:不要忘了那个“炎帝”，它也许就是未知图腾造出来的假象，炎帝是个很温柔的家伙被她当做父亲也不奇怪。
小智来到外面看向结晶塔
小智:玛夏多有什么办法解决问题？
现在只有进入个结晶塔找到未知图腾。
那就现在走，强攻！
勇者大人你的心情我能理解，但是一大群未知图腾造成的具象化非常棘手。玛夏多挡在小智面前说道
那就先潜入吧。
我也要去
也不要抛下我呀
小霞，小刚
这时长尾怪手送来通讯器。
小智你把那个神奇宝贝齿轮带着吧