自此，火星成为了帝国的一部分，双头鹰旗帜已经展开，
伟大的远征即将开始。
就像古泰拉传说中的众神一样，原体横扫银河系的战场，他们的力量被证明是不可抗拒的。
然而，原体尽管表现出所有的优越感和看似永生，但仍然是人类，而且他们拥有太多自人类诞生以来一直困扰着人类的相同人类缺陷。
帝皇创造出的军团原体中最受宠爱的战帅荷鲁斯被混沌邪神们诱惑。
并说服一半的兄弟背叛了帝皇。两位巨人的争斗撼动了帝国的根基，迫使昔日的亲友针锋相对，这场反乱被称为“荷鲁斯叛乱”。
怀言者洛嘉是九大军团叛变的罪魁祸首，洛嘉在攻城略地中还不忘传播崇拜帝皇为神的信仰，这使得第十七军团进度缓慢，帝皇命令极限战士轰炸掉完美之城！并让洛嘉和第十七军团在废墟中下跪忏悔！
极限战士和怀言者从此结下仇了，混沌派女先知卡尔菲罗诱导洛嘉（帝皇不让洛嘉信奉自己为神，洛嘉偏要信奉，你不让我信奉你，那我就信奉其他人），洛嘉和怀言者最终改信混沌四神。
叛乱的第七年
在内战的最后一战中，荷鲁斯由于忠诚派援军即将赶来主动邀请与圣血天使的原体圣吉列斯和帝皇决战。在泰拉围攻期间的最后对抗达到顶峰时，在荷鲁斯自己的旗舰，荣耀级战列舰 复仇之魂号上，帝皇与战帅发生了冲突。
帝皇不愿对他最心爱的儿子使用他全部的灵能，直到荷鲁斯将帝皇致残并杀死圣吉列斯，帝皇才最终释放出他难以想象的全部灵能。
荷鲁斯在进攻地球皇宫时与帝皇展开了决斗，最终他落败身亡，但是帝皇也身负重伤。
他最终打倒了战帅，甚至连战帅的灵魂都从亚空间中根除了，这样毁灭性的力量使四神无法将他们的傀儡恢复。
大部分剩余的叛徒军团在荷鲁斯战败后逃入了恐惧之眼，他们的原体将他们的灵魂出卖给了混沌，成为了恶魔王子在恐惧之眼的腐化领域中统治着一个小小的混沌帝国。
荷鲁斯叛乱对帝国造成了无可估量的伤害。帝皇被搬入黄金宝座的静滞场内，如此方能维持一线生机。他的精神仅够维持着星炬，无法再亲自统治整个帝国。尽管叛军撤入了名为“恐惧之眼”（Eye of Terror）的亚空间裂缝中，但帝国仍然花费了数百年才平息了叛逆的余波。仍保持着忠诚的军团被分割成诸多小规模的“战团"以防重蹈覆辙。
帝国海军诞生于荷鲁斯之乱后对帝国军事力量的重新分拆，原本的帝国军被分拆为帝国海军和帝国卫队，后者也就是日后有帝皇的货币美誉的星界军。此举和拆分阿斯塔特军团的初衷相近，都是避免将一支庞大的军事力量置于少数人的控制下。
尽管大部分历史只强调了大叛乱后军事改革对帝国星际战士造成的影响以及分裂，但由于荷鲁斯之乱中倒向战帅一方的人几乎存在于任何一个大型组织或派系，因此在叛乱结束后，几乎每个相应组织都遭到了更严厉的约束或拆分作为惩罚。
机械神教被改组为机械修会，此举引发的震动在万机神的信徒中甚至超过了大叛乱本身，作为补偿，机械修会被给予了帝皇升天后，帝国理论上的最高统治机构，高领主议会的固定席位。
在大叛乱中“表现出色”的赛博尼提卡军团，机械神教中专司战斗机器人与自动化作战的组织，则被施加了尤其严厉的约束，禁止他们越过深红协定的雷池。
泰坦军团和骑士家族受到的公开限制较少，这是因为失去了星际战士的军团制度，他们很难再进行亚空间机动和战场投放（大远征期间这些工作都是星际战士的运兵船完成的），刺客庭和机械神教同样向这些家族中派出了眼线。
帝国军所遭受的拆分是最为精密和审慎的，帝国军中的虚空战力，包括舰队，战斗机群，具有亚空间机动能力的运兵船和炮艇（根据旧设定，海航的部分重型战斗机是配备有导航员和亚空间引擎的）都被归入帝国海军重新编组。
编组后的一支舰队，一般也不会多于四十条舰船，其中主力舰一般不超过二十艘。
而剩余的，不具备长距离实体宇宙机动能力和亚空间机动能力的凡人军团则被进一步分拆，类似现代的各个军种，超重装甲团主要装备帝皇毒刃或者影刃这样的超重型坦克。
但不会拥有大量步兵和远程火炮，同样，步兵团和炮兵团只拥有有限的装甲力量，同时，星界军使用的大部分战斗机只具备大气层内机动的能力，只有少数能进入宇宙（。
拆分的结果是，任何单独战舰或帝国卫队团的叛变，都不足以对帝国构成无法处理的威胁，同时由于其自持能力有限，有补给和情报优势的帝国可以将之迅速击溃。
这一方面确实和荷鲁斯之乱极大削弱了帝国的国力并导致帝国原本比较理想的领导人，人类帝皇无法再直接领导帝国，但实际上叛乱造成的战争意志打击和物质损失。
主要是物资损失，，科技损失是无法衡量也无法弥补的。
帝国不再拥有建造巨型战舰，例如帝皇级战列舰或者荣光女王级战列舰，乃至“超荣光女