加上杨芳原本对后勤方面就很了解，胜任这一职位不成问题。
至于额勒登保和明亮，那就更好办了，新政府中虽然对权利重新洗牌，但还是保留许多虚职衔。这部分就是郑应天留给那些追名逐利的满系官员的。
参赞大臣勒保因为之前夺了马慧裕的功劳，被都察院查出来，经审定确凿。大理寺将他一撸到底，让勒保回家种田去了。
马慧裕在知道是郑应天为他平反时，顿时激动地泪流满面，写了首诗，用以表达自己的兴奋和感激：
《喜复得雪》
前日风回雪，沾濡恐未齐。一番重洒落，几寸遍高低。井邑丰年穀，山川息鼓鼙。何当呵冻笔，欢喜更标题！
白莲军中的徐天德、齐旺飞被郑应天送往陆军军校，成为插班生。在军校中他们将接受系统的军事教育，让他们更加的适合吃军队这一行饭，以期脱胎换骨。
而高田升则是被郑应天送往了南方军校的军事政治学院，同往的还有王三槐，他是自愿填报海军。
处理完白莲军，郑应天立马着手对全国的军队进行大整顿。清朝的军事制度已经完全不符合这个时代发展的需要，郑应天不出手则已，一出手则是大刀阔斧的改革。
地方军现在除了各地的乡勇、绿军还有其他五花八门的军队，这时候各地的士绅、贵族、地主还有私军。
经过各方协调，最终，郑应天将八旗军、乡勇和绿军整编为国防军。裁撤其他地方军，成立警察部队。
具体的处理交由国防部下的陆军部及其下属机构办理。
一番整编，总共保留了国防军总计50万，十万驻扎在西南军区，十万驻扎在西北军区，十万驻扎在东北军区，十万驻扎在东南军区，还有十万驻扎在京津地区。
除了对陆军进行整顿，郑应天也对海军进行大规模的整顿。海陆军整编过程中，郑应天采用了后世的军衔制，并稍微加以改变应用到海陆军中。
军衔制采用7等24级。
元帅3级：大元帅、国家元帅、兵种元帅；
将官4级：大将、上将、中将、少将；
校官4级：大校、上校、中校、少校；
尉官4级：大尉、上尉、中尉、少尉；
士官3级：一级士官长、二级士官长、三级士官长；
军士3级：上士、中士、下士；
士兵3级：上等兵，一等兵，列兵。
新成立的海军部大臣现在暂缺，下属各局人员由原来的两广海军部担任。