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尼奥的世界彻底颠覆。
原来人类身处在一个破败的未来世界，人类被机器囚禁在充满液体的培养皿中，作为能源供应。
墨菲斯向尼奥讲述了他所了解到的关于矩阵的信息：
原来在很久很久以前，人类早就已经发明了具有高度智能的ai，然后机器人们觉醒以后就具有了自主意识。
之后人类跟ai之间发生了一次或者数次战争，中间的过程不得而知，但是只有一点是可以肯定的——
那就是人类将整个天空给染黑了，厚重的乌云遮挡住了太阳，导致地球上面缺乏足够的太阳能。
因为他们相信，机器是能源几乎都是来自于太阳，只要封锁了太阳能，那么机器人早晚也会有一天灭绝的。
可是，机器人发现了另外一个更加惊人的事情：
人类会源源不断产生生物电，可以通过聚变效应将人类身上所产生的电能利用起来提供给机器人进行活动，也就是说，人类对于ai来说只不过是一些干电池而已。
为了达到这个目的，ai就建造了矩阵，然后通过矩阵来摹拟人类的世界，并且将这个世界的时间点设置在所谓的1999年。
看起来人类生活在1999年，但实际上很有可能已经是2199年了。
ai通过在现实当中建造培养皿来饲养人类，把人类当做用来功能的单位放入到培养皿当中，并且在他们的身上接入了神经网络系统，然后再通过矩阵来模拟出1999年的虚拟世界。
让这些在培养皿当中活着的可怜家伙们认为自己是生活在1999年的现实世界】当中。
可是，这一切都是被模拟出来的。
人类是被饲养的，这就是所谓的真相。
……
看到这里，克里斯全身鸡皮疙瘩都起来了。
原本他设想过无数的可能，却没有想到居然有如此爆炸式的反转，远远超出了他的预期。
同时墨菲斯对尼奥所说的话，也让克里斯感到害怕起来：
“什么才是真实？
你所看到的听到的闻到的，所有一切可以触摸到的东西，很有可能只是你的大脑通过生物电的刺激所做出的反馈而已。
这些反馈也仅仅是大脑模拟出来的感受】而已。
换句话来说，只要我们依赖的是大脑来辨别世界的真相，那么我们永远也无法得到答案。”
而答案就是——
世界是被模拟出来的。
听到这里的时候克里斯只觉得头皮发麻，与此同时他感到女友的手也顺着伸了过来，似乎是有着同样的感受。
他握紧了女友的手两个人就像是飘荡在大海当中的两叶孤舟，毫无方向，迷茫又觉得恐惧只能互相依偎着取暖，好获得一丝慰藉。
这样的事情太可怕了。
因为如果所有的对于世界的认知都不过是大脑所做出来的处理的话，我又怎么能知道这个世界到底是真的还是假的？
或许我仅仅是被大脑所欺骗了呢？
我是不是跟尼奥一样，同样生活在一个虚假的世界当中。
而墨菲斯现在所描述的真实世界又是否是真实呢？
难道不存在着被虚拟出来的可能性吗？
一想到这些，克里斯整个人都快要崩溃了。
好在电影足够精彩，将他的注意力重新吸了回去。
现在根本没有多余的时间和脑子来让他思考一些终极的哲学命题，因为黑客帝国这部电影的节奏实在是太紧凑了。
墨菲斯刚给尼奥解释了世界的真相，就带领尼奥见到了一个由觉醒的人类组成的反抗组织。
他们隐藏在城市的暗处，通过黑客手段与矩阵又或者叫做母体抗争。
在墨菲斯的指导下，尼奥开始了艰苦的训练，学习如何操控这个虚拟世界，以及如何与母体中的特工战斗。
……
墨菲斯说，传说当中在矩阵建立之初，曾经诞生过那么一个人，他可以随心所欲地进出矩阵，并且操控矩阵，改变矩阵。
正是这个人的存在，他才将人类的先民解放出来，也才有了墨菲斯他们。
这个人死亡之后，先知预言他会回来。
而这次，他会彻底摧毁矩阵，结束这场战争，然后拯救所有人类。
这个人就被称为救世主】
所以墨菲斯穷尽一生就是未来找到他。
这一次他之所以要救回尼奥，是因为他相信，他已经找到了这个人。
尼奥没有说话，不过他已经明白了墨菲斯的意思，他说的是自己。
……
接下来墨菲斯和尼奥的训练过程和打斗真的是精彩极了，在极短的时间之内尼奥就已经学会了中国功夫。
这些打斗过程都是多亏了有香江第一武指袁和平，所以整个画面呈现出来的战斗感和打斗场面都让现场的观众们直呼好厉害。
墨菲斯在教尼奥如何解放自己的意识，只有解放意识你才能够做到无法做到的事情。
不过呢，墨菲斯也让尼奥在虚拟场景】训练当中意识到了一件很重要的事情——
虽然你的身体不在矩