神秘列车中。
神谷皆月、毛利小五郎、柯南和世良真纯正在讨论着一起火灾。
因为现在八号车厢内的四个房间内，住着的都是在那起火灾之中幸存的人。
世良真纯正在网络上调查着火灾的线索：“起火的原因似乎认定是电力系统故障引发大火，但详细的原因似乎没有查出来。”
毛利小五郎突然不再坚持室桥悦人是自杀了：“如果这起杀人事件是因为以前发生的火灾而酿造的复仇剧，那不就越来越像是东方快车杀人事件了吗？看来我们还是再去问问那些乘客吧！”
柯南正在询问列车工作人员：“这节车厢的A室的灯泡好像坏了，可是为什么事先却没有换新的呢？”
列车工作人员回答道：“因为头等车厢的后方就是货车箱，原本会事先准备好备用的灯泡，可是却怎么也找不到。”
柯南继续询问道：“那么，在发车之前负责检查列车的人是车长先生吗？”
“没错，我们会有两三个人检查房内的所有设备，对了，我们穿的这件车长制服好像也少了一件耶。”
柯南拿出了手机，这时候世良真纯凑到了柯南的身后蹲在了柯南的背后：“你是不是发现了什么令人在意的事情？”
柯南急忙收回了手机，干笑道：“没有啦，我也正在看那场大火的文章，但是现在什么都搞不清楚。”
世良真纯笑眯眯的说道：“我看我们也快点调查吧，我猜凶手现在也非常的焦虑，毕竟在这个以时速八十公里行驶的列车中可根本就无处可逃了！”
...
在七号车厢内待着的灰原哀，心里已经渐渐的恢复了平静。
不过灰原哀收到了一封邮件，当灰原哀打开一看，心脏猛的一跳。
[你做好了觉悟吗？——贝尔摩德]
灰原哀双手微微颤抖着。
现在神谷皆月不在身边，如果贝尔摩德现在就来找她的话，那么这里的人很有可能都会被杀害。
“灰原，你有邮件吗？”
“是谁寄来的？”
“是不是柯南寄来的？”
光彦、步美和元太好奇的询问着灰原哀。
灰原哀强颜欢笑道：“不是，只是一般的广告信而已。”
灰原哀从沙发上跳了下来，朝着门外走去。
阿笠博士疑惑的问道：“小哀，你要去哪？”
“厕所，我还要顺便吃药，可能会花点时间。”
灰原哀离开了房间，因为担心灰原哀，毛利兰想要跟着一起去，但是一出门就发现灰原哀不见了。
灰原哀在拐角处喘息着，从兜里拿出了一个小药盒，看着其中的一粒红白色的药，灰原哀想起了她母亲在录音带里给她留的话。
“那么，接下来就等你十九岁生日吧，拜拜，还有，现在这个时机差不多可以告诉你了，其实妈妈啊，正在制作一个非常恐怖的药，实验室里的伙伴们认为那还是梦幻般的药物。
爸爸和妈妈用自己心底的愿望替药取了名字，银色子弹，就是银弹喔。
但是为了要完成这个药，爸爸跟妈妈非得跟你分隔两地不可，希望你可以理解，志保。”
灰原哀的眼角挂着泪珠，用力的合上了药盒，呢喃道：“对不起，妈，我还是不能理解，这个药...绝对不能让它诞生！”
这时候，灰原哀面前的房门突然打开，看到眼前之人，灰原哀呆住了。
“你们真不愧是姐妹，预测你们的行动简直轻而易举，好了，你就过来吧，过来我的领域，神谷那家伙现在沉迷侦探扮演，应该也顾不上你了。”
灰原哀眼前之人，就是赤井秀一所伪装的冲矢昴。
灰原哀如释重负的靠在墙上，松了一大口气。
“你倒是出现的真是时候啊，可是你怎么会出现在这里呢？”
“进来说吧，这里不是说话的地方。”
灰原哀进入冲矢昴的房间内，却还发现了一个陌生的女人也在。
灰原哀询问道：“她是？”
赤井秀一介绍道：“她是这场剧幕的化妆师。”
“你好啊，灰原哀...不，应该是宫野志保才对。”
因为那个女人低着头玩手机，还戴着帽子，所以灰原哀看不清这个女人的样貌，以为是FBI的一员。
灰原哀也不管这个女人，看向赤井秀一等他说明。
赤井秀一解释道：“那些孩子放在网络上的关于你的影像我看到了，也看到了你手上的这枚神秘列车的通行证戒指，所以就猜到了你要上这辆列车。
关于你的影像，在我看到的时候就马上骇入了毛利事务所的电脑删除了，但是在我骇入电脑的时候，发现有人正在查看影像，那个人的身份很明显，就是组织的成员，所以我来到了这辆列车上。”
灰原哀瞳孔猛的一缩：“组织成员在查看毛利事务所的电脑，那岂不是说...”
赤井秀一回答道：“这一点你不用担心，那个家伙被神谷死死的压制着，他不敢做什么，更加不敢对毛利事务所的任何人有所动作。”
灰原哀询问道：“那么，盯上我的组织成员是谁？应该不止贝