，明军伤亡仅三十七人，日军伤亡四千八百余人。
与此同时，九州岛被明军彻底攻陷，戚继光攻入京都、江户两座日本重城。
消息传回朝鲜战场，足利义合连忙命令日本舰队歼灭南大西洋舰队，疏通对马海峡海运。
在他的命令下，日本舰队不得已结束了自己的游击作战，并对驻扎对马岛的明军南大西洋舰队发起进攻。
日本舰队军舰四十六艘，其中五千吨军舰四艘，三千吨以上十二艘，剩余三十艘的吨位基本都在两千吨左右，舰队总吨位在十五万吨左右。
相比较之下，南大西洋舰队军舰数量仅有二十四艘，其中八千吨三艘，五千吨九艘，五千吨以下十二艘。
腊月初二辰时，日军率先发起进攻。
当双方舰队进至相距约五里时，日本舰队一面以猛烈炮火射击，一面加快速度，横越南大西洋舰队阵前，左转舵，改道飞驰，绕攻南大西洋舰队右翼之睢宁、靖海、常德、怀庆四舰。
四舰均为弘治十五年以前所下水，舰龄已达十七年，然而即便如此，四舰吨位也达到了四千吨。
面对日舰的一舷齐射的优势火力攻击，四舰坚挺抗过了炮击，并适时反击。
南大西洋舰队其余二十艘军舰见状，也终于反应过来，向日舰发起炮击。
南大西洋舰队主力军舰的八千吨东洲号在第一批排炮中，将日本舰队旗舰风雪号望台击毁。
正在望台上督战的日本海军知事山本五十四被炮弹的冲击波掀飞，重重砸在甲板上，不能指挥战事。
接着，东洲号又将日军坐船帅旗打落，信号索具也被摧毁。
日舰信旗无由发出，舰队失去指挥和联络。
趁日军舰队失去统一指挥，南大西洋舰队各舰以舰首主炮为主，开始猛烈轰击日本舰队。
京都、扶桑、江户、陆奥等后续诸舰，因速度迟缓，护甲薄弱而被南大西洋舰队纵阵拦腰截断，与舰队主力被分割为二。
这时，南大西洋舰队的东洲、金门及右翼各舰发右舷炮火猛轰敌舰九州、四国、石见等军舰，日军各舰在南大西洋舰队的猛烈炮火轰击下，四舰不能航行，三舰水密舱中弹即将沉没。
瞧着七艘日舰无法动弹，南大西洋舰队立马发挥痛打落水狗的本能，不断炮击日舰，最终将七舰沉没海中。
本岛、墩贺等十二舰试图迂回到东洲号左翼对其发起进攻，然而却被海军将领陈磷设伏，被南大西洋舰队包入口袋中。
于是，本岛等十二舰遭到了四面八方的猛烈轰击，以至舰体、帆樯、索具几无完肤，悬挂在樯头的军旗亦被击碎。
接着，又被东洲号以220mm巨炮击中右舷。
炮弹在后樯中爆炸，破坏下甲板，引起大火，数十名日军被击成碎粉而死，海军将领石田太郎被打得四分五裂。
顷刻间，该舰后部舱面已起火灾，喷出浓烟，甚高甚烈，在熊熊烈火中沉没海中。
作战成功后，陈磷如法炮制，当即指挥南大西洋舰队围攻剩余日舰。
围攻中，明军军舰再次击中赤城、鸟取、大阪等舰桥右侧炮楯，打死炮手十数名，鲜血及脑浆溅在炮台上，血腥异常。
接着，又有无数炮弹飞来，将大樯轰倒，前后总共被打死三十余人，舰上军官几乎全被击毙。
再往后，南大西洋舰队在陈磷指挥下不断围剿日舰，雪风号见状率领残余日舰撤退，对马海战结束。
此役，日本海军军舰沉没三十二艘，仅有十四艘突围成功，其中两艘因为受伤过重而沉没海上，最终撤回釜山的仅有雪风号等十二舰。
日本舰队被打死官兵一千八百二十四日，军官二百一十六人，溺亡约两千人。
与之相比，南大西洋舰队未沉一舰，仅有二十四人阵没，九十二人负伤。
毫无疑问，对于日本来说，这是一场彻彻底底的惨败。
海战的失败，让登录朝鲜的日军彻底陷入了绝望中。
朱厚照也清楚日军所面对的绝望，所以在腊月初七，他发动了汉城战役。
不出意外，面对明军的进攻，日军彻底放弃了仁川和汉城，转而向南边的忠州和清州撤退。
同时，朱厚照派人授朝鲜国王李峘为朝鲜侯，俸禄以亲王为待遇，每年一万五千两。
他的几个子嗣，也基本得到了正三品的世袭散阶，虽然不至于大富大贵，但最少几代人衣食无忧。
册封过后，李峘等人被接往了北京生活，而朝鲜也如战前承诺一般，被纳入大明版图，并设朝鲜三司管辖。
腊月二十四日，朱厚照发起第四次战役，向忠州和清州发起进攻。
日军无法撤退，只能开始逐山逐水地死守，饶是如此，他们却还是不得不交出忠州和清洲，并后退八十里，这才勉强阻止住明军的进攻。
明军的弹药量十分充足，加上有制海权和陆权，日军渐渐陷入绝望中。
朱厚照不再追求进攻，转而开始包围日军，企图困死日军。
期间，足利义合三次提出投降的事情，但都因为足利义合的条件“狮子大开口”而被终止。
在朱厚照看来，日军不仅得